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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » lammps跨节点安装合适吗？
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1612

木虫 (小有名气)

[求助] lammps跨节点安装合适吗？

请问在 服务器 上安装lammps，多节点安装为什么运行速度极慢？怎么办？
谢谢！
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机器虫
1楼 2013-10-17 21:57:56
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h1h2x3

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1612: 金币+2, ★有帮助 2013-10-23 15:23:44
你怎么断定跨节点会慢的，请详细说明依据
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2楼2013-10-18 10:42:45
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1612

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by h1h2x3 at 2013-10-18 10:42:45
你怎么断定跨节点会慢的，请详细说明依据

1）很明显，试算几千步，单节点用“mpirun -np 8...”10分钟左右结束；
    跨节点用“mpirun -np 8...” 时间比单节点多一点点，这可以理解，但用“mpirun -np 16...”半小时也没算完。
2）是否跨节点lammps的安装方法应该和普通的方法不一样? 如编译不用Makefile.g++而用Makefile.mkl
3）手册也看不明白怎么跨节点安装啊。
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机器虫
3楼2013-10-18 11:25:02
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h1h2x3

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

对不同的计算量并行时有一个最优核数，当核数过多时效率反而会降低很多（通讯时间增多而并行效率没有提高），这很正常， 你算的这个任务的最优核数可能小于8， 才导致你用16个核计算时反而更费时， 你用8个核跨节点的时间只比单节点8核时间稍多充分说明了这一点（节点间通讯时间会比节点内通讯时间长）。
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4楼2013-10-18 13:11:02
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
1612: 金币+5, ★有帮助 2013-10-23 15:23:38
不太同意楼上说的线程过多的问题
就lz的8线程来说  一般md都是几乎线性的 通常都是到了几十个CPU才开始下降很明显
根据我的感觉 lz的机器肯定只是一般的机器 两台机器的连接用的应该是千兆网络
这个情况下 主要的问题在于网络通讯太慢了 造成了进程的大量等待 结果就是你加上去线程之后会明显变慢 而线程很少的时候则由于通讯量少的多 还是计算占主要时间 这一问题就并不明显
而同样的线程数在一台机器上跑 通信开销不在一个数量级上 是可以保持增长直到下一个瓶颈出现的
如果还是想试试千兆网络的极限 建议比较好的交换机和六类千兆网线
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5楼2013-10-19 13:32:10
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yaozhq

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 1612 at 2013-10-18 11:25:02
1）很明显，试算几千步，单节点用“mpirun -np 8...”10分钟左右结束；
    跨节点用“mpirun -np 8...” 时间比单节点多一点点，这可以理解，但用“mpirun -np 16...”半小时也没算完。
2）是否跨节点lammps的 ...

如果想提高性能可以考虑使用intel的编译器配合mkl库
但是这个和跨节点并没有直接关系 跨节点需要的只是在另一个节点上该程序也能被访问到并够运行（库依赖）
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6楼2013-10-19 13:45:20
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1612

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by yaozhq at 2013-10-19 13:32:10
不太同意楼上说的线程过多的问题
就lz的8线程来说  一般md都是几乎线性的 通常都是到了几十个CPU才开始下降很明显
根据我的感觉 lz的机器肯定只是一般的机器 两台机器的连接用的应该是千兆网络
这个情况下 主要 ...

谢谢大家！
我用的节点是美国SUN公司的Blade6000刀片服务器，计算机群由160刀片组成。
请问谁有类似设备的安装经验？
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机器虫
7楼2013-10-19 20:18:10
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1612

木虫 (小有名气)
lammps手册中有用16核计算的语句。
是否是用单节点16核的刀片？
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机器虫
8楼2013-10-19 20:20:37
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