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bs340248铜虫 (小有名气)
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用intel编译器在RHEL6.2安装lammps-17Feb12过程 已有2人参与
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需要准备的文件： fftw-3.3.tar.gz (http://www.fftw.org/) openkim-api-latest.tgz (http://www.openkim.org/) mpich2-1.4.1p1.tar.gz (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/) lammps.tar.gz (http://lammps.sandia.gov/) l_ccompxe_2011.9.293.tgz (http://www.intel.com/software/products/noncom) l_fcompxe_2011.9.293.tgz (http://www.intel.com/software/products/noncom) -------------------------------------------------------------- 安装顺序（所有过程使用root权限）： 0、修改环境变量； 1、intel编译器； 2、MPICH2； 3、FFTW3； 4、KIM； 5、LAMMPS -------------------------------------------------------------- 0、修改环境变量： vi /etc/bashrc 最后添加： source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/idbvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/bin/mklvars.sh intel64 export KIM_DIR=/usr/local/openkim-api-v1.0.1/ export KIM_INTEL="yes" export KIM_SYSTEM32="no" 注：32位系统的KIM_SYSTEM32设为yes，intel64->ia32 完成后在命令行运行： source /etc/bashrc 不要理会出现的错误，安装完下面的软件就不再报错了 -------------------------------------------------------------- 1、intel编译器（Fortran和C都要装，这两个不在乎先后）： ./install.sh 按提示，安装到默认位置 -------------------------------------------------------------- 2、MPICH2： ./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort make make install -------------------------------------------------------------- 3、FFTW3： ./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort make make install -------------------------------------------------------------- 4、KIM： 文件解压到/usr/local/ cd $KIM_DIR make examples -------------------------------------------------------------- 5、LAMMPS： 第一步： 在src文件夹下使用命令行，确保如下安装包已选定(其余包未测试) Installed YES: package ASPHERE Installed YES: package CLASS2 Installed YES: package COLLOID Installed YES: package DIPOLE Installed YES: package FLD Installed NO: package GPU Installed YES: package GRANULAR Installed YES: package KIM Installed YES: package KSPACE Installed YES: package MANYBODY Installed YES: package MC Installed YES: package MEAM Installed YES: package MOLECULE Installed YES: package OPT Installed YES: package PERI Installed YES: package POEMS Installed YES: package REAX Installed YES: package REPLICA Installed YES: package SHOCK Installed YES: package SRD Installed YES: package XTC Installed YES: package USER-MISC Installed YES: package USER-ATC Installed NO: package USER-AWPMD Installed YES: package USER-CG-CMM Installed NO: package USER-CUDA Installed YES: package USER-EFF Installed YES: package USER-EWALDN Installed YES: package USER-OMP Installed YES: package USER-REAXC Installed YES: package USER-SPH -------------------------------------------------------------- 第二步： 在lib/reax文件夹下使用命令行 make -f Makefile.ifort 修改Makefile.lammps -lompstub -> -liompstubs5 在lib/poems文件夹下使用命令行 make -f Makefile.icc 在lib/meam文件夹下使用命令行 make -f Makefile.ifort 修改Makefile.lammps -lompstub -> -liompstubs5 在lib/kim文件夹下 修改Makefile.lammps KIM = /usr/local/openkim-api-v1.0.1 在lib/linalg文件夹下 make -f Makefile.gfortran 在lib/atc文件夹下 make -f Makefile.icc 修改Makefile.lammps user-atc_SYSINC = -I../../lib/linalg user-atc_SYSLIB = -llinalg -lgfortran user-atc_SYSPATH = -L../../lib/linalg -------------------------------------------------------------- 第三步 修改src/MAKE/下的Makefile.linux FFT_INC = -DFFT_FFTW3 FFT_LIB = -lfftw3 -------------------------------------------------------------- 第四步（完成）： 在src文件夹下使用命令行 make clean-all make linux -------------------------------------------------------------- 获得lmp_linux文件即为所需 |
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2楼2012-03-01 20:01:41
雪藏撒哈拉
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