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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 用intel编译器在RHEL6.2安装lammps-17Feb12过程
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bs340248

铜虫 (小有名气)

[交流] 用intel编译器在RHEL6.2安装lammps-17Feb12过程 已有2人参与

需要准备的文件：
fftw-3.3.tar.gz (http://www.fftw.org/)
openkim-api-latest.tgz (http://www.openkim.org/)
mpich2-1.4.1p1.tar.gz (http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/)
lammps.tar.gz (http://lammps.sandia.gov/)
l_ccompxe_2011.9.293.tgz (http://www.intel.com/software/products/noncom)
l_fcompxe_2011.9.293.tgz (http://www.intel.com/software/products/noncom)
--------------------------------------------------------------
安装顺序（所有过程使用root权限）：
0、修改环境变量；
1、intel编译器；
2、MPICH2；
3、FFTW3；
4、KIM；
5、LAMMPS
--------------------------------------------------------------
0、修改环境变量：
vi /etc/bashrc
最后添加：
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/compilervars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/bin/idbvars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1.9.293/mkl/bin/mklvars.sh intel64
export KIM_DIR=/usr/local/openkim-api-v1.0.1/
export KIM_INTEL="yes"
export KIM_SYSTEM32="no"
注：32位系统的KIM_SYSTEM32设为yes，intel64->ia32
完成后在命令行运行：
source /etc/bashrc
不要理会出现的错误，安装完下面的软件就不再报错了
--------------------------------------------------------------
1、intel编译器（Fortran和C都要装，这两个不在乎先后）：
./install.sh
按提示，安装到默认位置
--------------------------------------------------------------
2、MPICH2：
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort
make
make install
--------------------------------------------------------------
3、FFTW3：
./configure CC=icc CXX=icpc FC=ifort F77=ifort
make
make install
--------------------------------------------------------------
4、KIM：
文件解压到/usr/local/
cd $KIM_DIR
make examples
--------------------------------------------------------------
5、LAMMPS：
第一步：
在src文件夹下使用命令行，确保如下安装包已选定(其余包未测试)
Installed YES: package ASPHERE
Installed YES: package CLASS2
Installed YES: package COLLOID
Installed YES: package DIPOLE
Installed YES: package FLD
Installed  NO: package GPU
Installed YES: package GRANULAR
Installed YES: package KIM
Installed YES: package KSPACE
Installed YES: package MANYBODY
Installed YES: package MC
Installed YES: package MEAM
Installed YES: package MOLECULE
Installed YES: package OPT
Installed YES: package PERI
Installed YES: package POEMS
Installed YES: package REAX
Installed YES: package REPLICA
Installed YES: package SHOCK
Installed YES: package SRD
Installed YES: package XTC

Installed YES: package USER-MISC
Installed YES: package USER-ATC
Installed  NO: package USER-AWPMD
Installed YES: package USER-CG-CMM
Installed  NO: package USER-CUDA
Installed YES: package USER-EFF
Installed YES: package USER-EWALDN
Installed YES: package USER-OMP
Installed YES: package USER-REAXC
Installed YES: package USER-SPH
--------------------------------------------------------------
第二步：
在lib/reax文件夹下使用命令行
make -f Makefile.ifort
修改Makefile.lammps
-lompstub -> -liompstubs5

在lib/poems文件夹下使用命令行
make -f Makefile.icc

在lib/meam文件夹下使用命令行
make -f Makefile.ifort
修改Makefile.lammps
-lompstub -> -liompstubs5

在lib/kim文件夹下
修改Makefile.lammps
KIM = /usr/local/openkim-api-v1.0.1

在lib/linalg文件夹下
make -f Makefile.gfortran

在lib/atc文件夹下
make -f Makefile.icc
修改Makefile.lammps
user-atc_SYSINC = -I../../lib/linalg
user-atc_SYSLIB = -llinalg -lgfortran
user-atc_SYSPATH = -L../../lib/linalg
--------------------------------------------------------------
第三步
修改src/MAKE/下的Makefile.linux
FFT_INC = -DFFT_FFTW3
FFT_LIB = -lfftw3
--------------------------------------------------------------
第四步（完成）：
在src文件夹下使用命令行
make clean-all
make linux
--------------------------------------------------------------
获得lmp_linux文件即为所需
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1楼 2012-03-01 10:11:17
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wmnick
2楼2012-03-01 20:01:41
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雪藏撒哈拉

新虫 (初入文坛)
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送鲜花一朵
请问楼主 第一步环境变量没有设置的话  那其余的项目怎么删除了重新整啊？
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青春如烟花，转瞬即逝。
3楼2013-03-05 20:35:13
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雪藏撒哈拉

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
intel64->ia32  请问楼主，这句话的意思是将前面几句话的intel64改为ia32 吗？
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青春如烟花，转瞬即逝。
4楼2013-03-05 20:45:01
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