24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 3390  |  回复: 7

bojanchang

银虫 (小有名气)

[求助] 如何根据miRNA的序列预测其靶基因,有推荐的软件或网址吗 已有1人参与

实验室根据miRNA表达谱鉴定到几个Noval的miRNA,后面想做这些Noval的靶基因预测,我发现一些靶基因预测的网站数据库都针对已经发现的miRNA,像我这种情况,只知道Noval miRNA的序列,预测其靶基因用哪个数据库比较好啊?
还请大家指点,分享一下经验,不胜感激!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
bojanchang(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-23 19:34:44
常用的英文数据库有 TargetScan、miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等。
另外,新手的话可以使用中文的web-service,简单实用,上手快捷。例如“云生信”http://www.biocloudservice.com
你,长大了吗?~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2015-03-20 13:10:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bojanchang

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-20 13:10:03
常用的英文数据库有 TargetScan、miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等。
另外,新手的话可以使用中文的web-service,简单实用,上手快捷。例如“云生信”http://www.biocloudservice.com。

谢谢,我知道上面的几个,可是大多是已发现的miRNA,没法满足我希望通过新的小RNA序列找靶基因的要求,我现在用的是psRNATarget,请问您知道相似的吗?
3楼2015-03-23 09:09:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
bojanchang(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-23 19:34:55
bojanchang: 金币+28, ★★★很有帮助 2015-03-24 16:33:08
你做的是植物的miRNA预测吗?psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。
你,长大了吗?~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2015-03-23 13:16:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bojanchang

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-23 13:16:27
你做的是植物的miRNA预测吗?psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。

好的,谢谢!
5楼2015-03-24 16:33:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

christina89

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by bojanchang at 2015-03-24 16:33:03
好的,谢谢!...

你好,我也在做这方面的,请问你找到方法可以预测novel miRNA的靶基因了吗
6楼2015-09-24 09:42:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

残留躯壳

新虫 (小有名气)

请问您有相关的本地预测软件没有,我刚进行高通量测序,也有想做的候选基因,但是没有相关的本地预测软件安装包,请问您能不能发我一下(邮箱:liuhongzhu2017@outlook.com),感激不尽!
卧薪藏胆,三千越甲可吞吴
7楼2018-08-29 22:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bioinfo_gg

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-23 13:16:27
你做的是植物的miRNA预测吗?psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。

请问能给我传一份miRanda的本地程序吗?不知道为什么我一直上不去MiRanda的网站。我的邮箱是shizg_bioinfo@163.com.万分感谢!
8楼2018-10-18 09:35:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bojanchang 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 申博/考博 +4 啃面包的小书虫 2026-04-17 8/400 2026-04-21 16:26 by 啃面包的小书虫
[考研] 一志愿中科大材料与化工,353分还有调剂学校吗 +11 否极泰来2026 2026-04-15 13/650 2026-04-20 22:31 by Equinoxhua
[考研] 085600材料与化工调剂 5+3 孜孜不倦2002 2026-04-19 6/300 2026-04-20 21:25 by babero
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 7/350 2026-04-20 15:45 by 豆豆7758
[教师之家] 又一批高校组建人工智能学院 师资行吗 不是骗人吗 +4 yexuqing 2026-04-19 4/200 2026-04-20 14:47 by brantleo
[考研] 337求调剂 +3 jyz04 2026-04-18 3/150 2026-04-20 12:24 by 研可安
[考博] 申博 +3 Xyyx. 2026-04-18 3/150 2026-04-20 10:44 by YuY66
[考博] 湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息 +3 南风观火 2026-04-18 5/250 2026-04-20 10:13 by 南风观火
[考研] 求计算机方向调剂 +3 Toffee2 2026-04-16 6/300 2026-04-19 22:37 by ll叶
[考研] 294求调剂 +8 淡然654321 2026-04-17 9/450 2026-04-19 19:51 by Equinoxhua
[考研] 304求调剂 +8 castLight 2026-04-16 8/400 2026-04-19 17:14 by 中豫男
[考研] 求调剂 +10 小聂爱学习 2026-04-16 12/600 2026-04-19 16:51 by 中豫男
[考研] 291求调剂 +12 关忆北. 2026-04-14 13/650 2026-04-19 16:50 by 中豫男
[考研] 求调剂 +6 苦命人。。。 2026-04-18 7/350 2026-04-19 16:27 by 中豫男
[考研] 300求调剂 +12 橙a777 2026-04-15 12/600 2026-04-18 23:51 by 路病情
[考研] 297,工科调剂? +5 河南农业大学-能 2026-04-14 5/250 2026-04-18 15:17 by Equinoxhua
[考研] 收到复试调剂但是去不了 +8 小蜗牛* 2026-04-16 8/400 2026-04-18 11:15 by zixin2025
[考研] 一志愿华中农业071010,320求调剂 +17 困困困困坤坤 2026-04-14 19/950 2026-04-17 20:08 by 关一盏灯cd
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
信息提示
请填处理意见