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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何根据miRNA的序列预测其靶基因，有推荐的软件或网址吗
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bojanchang

银虫 (小有名气)

[求助] 如何根据miRNA的序列预测其靶基因，有推荐的软件或网址吗 已有1人参与

实验室根据miRNA表达谱鉴定到几个Noval的miRNA，后面想做这些Noval的靶基因预测，我发现一些靶基因预测的网站数据库都针对已经发现的miRNA，像我这种情况，只知道Noval miRNA的序列，预测其靶基因用哪个数据库比较好啊？
还请大家指点，分享一下经验，不胜感激！
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1楼 2015-03-19 10:13:34
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
bojanchang(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-23 19:34:44
常用的英文数据库有 TargetScan、miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等。
另外，新手的话可以使用中文的web-service，简单实用，上手快捷。例如“云生信”http://www.biocloudservice.com。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2015-03-20 13:10:03
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bojanchang

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-20 13:10:03
常用的英文数据库有 TargetScan、miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等。
另外，新手的话可以使用中文的web-service，简单实用，上手快捷。例如“云生信”http://www.biocloudservice.com。

谢谢，我知道上面的几个，可是大多是已发现的miRNA，没法满足我希望通过新的小RNA序列找靶基因的要求，我现在用的是psRNATarget，请问您知道相似的吗？
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3楼2015-03-23 09:09:13
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
bojanchang(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-23 19:34:55
bojanchang: 金币+28, ★★★很有帮助 2015-03-24 16:33:08
你做的是植物的miRNA预测吗？psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。
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你，长大了吗？~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2015-03-23 13:16:27
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bojanchang

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-23 13:16:27
你做的是植物的miRNA预测吗？psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。

好的，谢谢！
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5楼2015-03-24 16:33:03
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christina89

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bojanchang at 2015-03-24 16:33:03
好的，谢谢！...

你好，我也在做这方面的，请问你找到方法可以预测novel miRNA的靶基因了吗
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6楼2015-09-24 09:42:27
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残留躯壳

新虫 (小有名气)
请问您有相关的本地预测软件没有，我刚进行高通量测序，也有想做的候选基因，但是没有相关的本地预测软件安装包，请问您能不能发我一下（邮箱：liuhongzhu2017@outlook.com）,感激不尽！
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卧薪藏胆，三千越甲可吞吴
7楼2018-08-29 22:48:13
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bioinfo_gg

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-23 13:16:27
你做的是植物的miRNA预测吗？psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。

请问能给我传一份miRanda的本地程序吗？不知道为什么我一直上不去MiRanda的网站。我的邮箱是shizg_bioinfo@163.com.万分感谢！
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8楼2018-10-18 09:35:36
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