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bojanchang

银虫 (小有名气)

[求助] 如何根据miRNA的序列预测其靶基因,有推荐的软件或网址吗 已有1人参与

实验室根据miRNA表达谱鉴定到几个Noval的miRNA,后面想做这些Noval的靶基因预测,我发现一些靶基因预测的网站数据库都针对已经发现的miRNA,像我这种情况,只知道Noval miRNA的序列,预测其靶基因用哪个数据库比较好啊?
还请大家指点,分享一下经验,不胜感激!
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
bojanchang(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-23 19:34:44
常用的英文数据库有 TargetScan、miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等。
另外,新手的话可以使用中文的web-service,简单实用,上手快捷。例如“云生信”http://www.biocloudservice.com
你,长大了吗?~有目的的希望小木虫不要倒闭
2楼2015-03-20 13:10:03
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bojanchang

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-20 13:10:03
常用的英文数据库有 TargetScan、miRanda、MirTarget2、PicTar、PITA等。
另外,新手的话可以使用中文的web-service,简单实用,上手快捷。例如“云生信”http://www.biocloudservice.com。

谢谢,我知道上面的几个,可是大多是已发现的miRNA,没法满足我希望通过新的小RNA序列找靶基因的要求,我现在用的是psRNATarget,请问您知道相似的吗?
3楼2015-03-23 09:09:13
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xingzhou823

木虫 (正式写手)

五道杠

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
bojanchang(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-23 19:34:55
bojanchang: 金币+28, ★★★很有帮助 2015-03-24 16:33:08
你做的是植物的miRNA预测吗?psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。
你,长大了吗?~有目的的希望小木虫不要倒闭
4楼2015-03-23 13:16:27
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bojanchang

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-23 13:16:27
你做的是植物的miRNA预测吗?psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。

好的,谢谢!
5楼2015-03-24 16:33:03
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christina89

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by bojanchang at 2015-03-24 16:33:03
好的,谢谢!...

你好,我也在做这方面的,请问你找到方法可以预测novel miRNA的靶基因了吗
6楼2015-09-24 09:42:27
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残留躯壳

新虫 (小有名气)

请问您有相关的本地预测软件没有,我刚进行高通量测序,也有想做的候选基因,但是没有相关的本地预测软件安装包,请问您能不能发我一下(邮箱:liuhongzhu2017@outlook.com),感激不尽!
卧薪藏胆,三千越甲可吞吴
7楼2018-08-29 22:48:13
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bioinfo_gg

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by xingzhou823 at 2015-03-23 13:16:27
你做的是植物的miRNA预测吗?psRNATarget是预测植物的。
之前我说的软件targetscan miranda是可以本地化的。可以自己运行程序预测新miRNA的靶基因。

请问能给我传一份miRanda的本地程序吗?不知道为什么我一直上不去MiRanda的网站。我的邮箱是shizg_bioinfo@163.com.万分感谢!
8楼2018-10-18 09:35:36
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