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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
汕头大学海洋科学接受调剂
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维特的日记

木虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题 已有1人参与

我在做一个金属纳米团簇熔化的模拟，由于需要Lidemann指数来判断熔点，lammps里没有现成的命令来计算把？感觉是不是要自己编程来算。。。
我对<Rij^2>和<Rij>^2不是很理解，在计算的时候怎么区别他们呢？怎样是先取了系综平均<>，我不知道用程序怎么实现他，希望研究过的各位前辈指点一下，谢谢哈！
提前祝大家新年快乐！

LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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1楼 2015-02-16 12:38:59
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
维特的日记: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-02-16 18:41:56
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2015-02-16 19:33:20
维特的日记: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-02-17 18:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N-1
计算i原子为中心与原子j 的距离Rij=，此时要注意一下周期性边界条件
把所有的Rij累加，把所有Rij平方累加，然后除以总原子数
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2楼2015-02-16 15:09:36
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维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白
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3楼2015-02-16 18:38:50
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-16 18:38:50
谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白...

如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。
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4楼2015-02-17 09:00:23
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njuedu007

禁虫 (著名写手)
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5楼2015-02-17 09:47:53
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njuedu007

禁虫 (著名写手)
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6楼2015-02-17 09:48:13
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维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-17 09:00:23
如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。...

晶格参数是指盒子的大小吗 还是晶格常数 还是有点不理解为啥周期性边界的处理方法为什么会不一样 我感觉不是只计算一个原子和所有原子之间的距离吗 是说如过i原子与j原子的距离超过了盒子的一半 这时候他们之间的距离由于镜像的关系 应该选择镜像里更近的没有超过盒子一半的呢
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7楼2015-02-17 11:19:10
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 11:19:10
晶格参数是指盒子的大小吗 还是晶格常数 还是有点不理解为啥周期性边界的处理方法为什么会不一样 我感觉不是只计算一个原子和所有原子之间的距离吗 是说如过i原子与j原子的距离超过了盒子的一半 这时候他们之间的距 ...

你说得对，我讲错了，是盒子大小。
比如，一个2D的，盒子大小是8，如果一个原子原始坐标是(8，8)，由于运动和周期性边界条件，它的坐标可能会变为(1，1)，如果按它xy各运动了7个单位，肯定是错误的，因为它在x和y上只各运动了一个单位。你想一想是不是这个道理？
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8楼2015-02-17 11:33:42
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维特的日记

木虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-17 11:33:42
你说得对，我讲错了，是盒子大小。
比如，一个2D的，盒子大小是8，如果一个原子原始坐标是(8，8)，由于运动和周期性边界条件，它的坐标可能会变为(1，1)，如果按它xy各运动了7个单位，肯定是错误的，因为它在x和y ...

嗯嗯 明白了 就是说如果两个原子之间的距离大于盒子的一半 肯定会存在一个更近的原子 所以应该考虑更近的原子与它之间的距离
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9楼2015-02-17 11:41:51
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abinitio

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9楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 11:41:51
嗯嗯 明白了 就是说如果两个原子之间的距离大于盒子的一半 肯定会存在一个更近的原子 所以应该考虑更近的原子与它之间的距离...

楼主果然天资聪颖，骨骼清奇，一点就透，实在是百年难得一遇的MD奇才
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10楼2015-02-17 14:42:56
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