应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
汕头大学海洋科学接受调剂
251/3返回列表123下一页
查看: 3643  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

维特的日记

木虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题 已有1人参与

我在做一个金属纳米团簇熔化的模拟，由于需要Lidemann指数来判断熔点，lammps里没有现成的命令来计算把？感觉是不是要自己编程来算。。。
我对<Rij^2>和<Rij>^2不是很理解，在计算的时候怎么区别他们呢？怎样是先取了系综平均<>，我不知道用程序怎么实现他，希望研究过的各位前辈指点一下，谢谢哈！
提前祝大家新年快乐！

LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
0.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

熔化理论

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-02-16 12:38:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
维特的日记: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-02-16 18:41:56
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2015-02-16 19:33:20
维特的日记: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-02-17 18:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N-1
计算i原子为中心与原子j 的距离Rij=，此时要注意一下周期性边界条件
把所有的Rij累加，把所有Rij平方累加，然后除以总原子数
赞一下 回复此楼
2楼2015-02-16 15:09:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白
赞一下 回复此楼
3楼2015-02-16 18:38:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-16 18:38:50
谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白...

如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。
赞一下 回复此楼
4楼2015-02-17 09:00:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njuedu007

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2015-02-17 09:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njuedu007

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-02-17 09:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-17 09:00:23
如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。...

晶格参数是指盒子的大小吗 还是晶格常数 还是有点不理解为啥周期性边界的处理方法为什么会不一样 我感觉不是只计算一个原子和所有原子之间的距离吗 是说如过i原子与j原子的距离超过了盒子的一半 这时候他们之间的距离由于镜像的关系 应该选择镜像里更近的没有超过盒子一半的呢
赞一下 回复此楼
7楼2015-02-17 11:19:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 11:19:10
晶格参数是指盒子的大小吗 还是晶格常数 还是有点不理解为啥周期性边界的处理方法为什么会不一样 我感觉不是只计算一个原子和所有原子之间的距离吗 是说如过i原子与j原子的距离超过了盒子的一半 这时候他们之间的距 ...

你说得对，我讲错了，是盒子大小。
比如，一个2D的，盒子大小是8，如果一个原子原始坐标是(8，8)，由于运动和周期性边界条件，它的坐标可能会变为(1，1)，如果按它xy各运动了7个单位，肯定是错误的，因为它在x和y上只各运动了一个单位。你想一想是不是这个道理？
赞一下 回复此楼
8楼2015-02-17 11:33:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-17 11:33:42
你说得对，我讲错了，是盒子大小。
比如，一个2D的，盒子大小是8，如果一个原子原始坐标是(8，8)，由于运动和周期性边界条件，它的坐标可能会变为(1，1)，如果按它xy各运动了7个单位，肯定是错误的，因为它在x和y ...

嗯嗯 明白了 就是说如果两个原子之间的距离大于盒子的一半 肯定会存在一个更近的原子 所以应该考虑更近的原子与它之间的距离
赞一下 回复此楼
9楼2015-02-17 11:41:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 11:41:51
嗯嗯 明白了 就是说如果两个原子之间的距离大于盒子的一半 肯定会存在一个更近的原子 所以应该考虑更近的原子与它之间的距离...

楼主果然天资聪颖，骨骼清奇，一点就透，实在是百年难得一遇的MD奇才
赞一下 回复此楼
10楼2015-02-17 14:42:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 维特的日记 的主题更新
251/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290求调剂 +15 luoziheng 2026-04-10 15/750 2026-04-13 16:31 by 张zhihao
[考研] 化工学硕294分，求导师收留 +22 yzyzx 2026-04-12 23/1150 2026-04-13 15:26 by 张zhihao
[考研] 271求调剂 +30 2261744733 2026-04-11 34/1700 2026-04-13 15:24 by Kilig0317
[考研] 求调剂 +9 何气正 2026-04-13 10/500 2026-04-13 15:18 by 给个书
[考研] 考研英一数一338分 +6 长江大学东校区 2026-04-13 7/350 2026-04-13 09:40 by fqwang
[考研] 生物学调剂，一志愿西南大学348，Top期刊一区二作、二区三作，三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 0860004 求调剂 309分 +9 Yin DY 2026-04-08 9/450 2026-04-11 22:55 by dongdian1
[考研] 求调剂 +11 翩翩一书生 2026-04-09 11/550 2026-04-11 19:57 by 逆水乘风
[考研] 085501机械专硕 302分 不挑专业求调剂 +7 汪某. 2026-04-09 7/350 2026-04-11 14:37 by luhong1990
[考研] 0854调剂 +5 音像店听花鼓戏 2026-04-10 5/250 2026-04-11 10:49 by qingpingzhu
[考研] 22408调剂求助 +7 毂12 2026-04-09 9/450 2026-04-11 09:23 by 哦哦123
[考研] 考研调剂 +26 硕星赴 2026-04-09 27/1350 2026-04-10 22:24 by 猪会飞
[论文投稿] mdpi小修rvr时间四五天了 20+3 哈哈high 2026-04-08 5/250 2026-04-10 16:02 by 北京莱茵润色
[考研] 071000生物学调剂求助 +17 zzzzwww 2026-04-09 20/1000 2026-04-10 15:55 by 求调剂zz
[考研] 机械还有还有名额吗？太难了 +6 笑笑袁 2026-04-10 6/300 2026-04-10 11:54 by 高维春
[考研] 一志愿中科大070300化学，314分求调剂 +12 wakeluofu 2026-04-09 12/600 2026-04-10 09:57 by liuhuiying09
[考研] 085404，285分求调剂 +12 薇薇考研 2026-04-07 14/700 2026-04-09 23:10 by parmtree
[考研] 275 求调剂 +8 Lei812514 2026-04-07 8/400 2026-04-08 12:46 by chemisry
[考研] 求考研材料调剂 +3 材化李可 2026-04-07 3/150 2026-04-08 00:21 by JourneyLucky
[考研] 11408 325分 +3 jgtxuxgkx 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:10 by lbsjt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭