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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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奉天大元帅

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

版主你好，我也在算这个Lindemann指数，计算的是球形金属颗粒熔化过程，我是dump出atom文件，利用每个原子的相对坐标来计算这个指数，我的盒子是固定边界的，然后按照公式编写好了程序，自己也用几个简单的坐标试了下，结果没问题，但我有几点不是很清楚：1、<>表示的时间平均我就直接用每步输出的相对坐标代替计算了，这样可以吗？2、因为我用的相对坐标，当我改变整个盒子大小时候 得出的结果不一样，如何解决这样的问题？3、最后得出的Lindemann指数趋势跟文献相近，但是具体变化数值则相差2个数量级左右。4、文献中Lindemann曲线从0开始，我是实在想不出怎么能从0开始呢？
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21楼2016-09-16 11:24:26
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by 奉天大元帅 at 2016-09-16 11:24:26
版主你好，我也在算这个Lindemann指数，计算的是球形金属颗粒熔化过程，我是dump出atom文件，利用每个原子的相对坐标来计算这个指数，我的盒子是固定边界的，然后按照公式编写好了程序，自己也用几个简单的坐标试了 ...

我的理解应该还是用绝对座标吧。因为如果 是相对坐标，它的差值也是相对差值，和盒子大小有关。
比如 6-4=2
6/2-4/2=2/2=1

关于问题4，我想熔化都是从固态开始的，这时候原子位置相对固定，原地振动的值应该是0.随着温度上升，原子 的振动加强，lindemann参加开始增加。这应该是合理的。
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22楼2016-09-18 10:59:24
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zenghuadong1

铜虫 (小有名气)
楼主，您好，能否贴出计算Lindemann index的脚本呢?谢谢
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奋斗才有收获
23楼2017-11-21 16:11:26
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zenghuadong1

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
&lt;Rij^2&gt;是两点距离平方的平均值，&lt;Rij&gt;^2是两点距离平均的平方值，系综平均&lt;&gt;就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做 ...

您好，能否贴出计算Lindemann index的脚本呢？谢谢
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奋斗才有收获
24楼2017-11-21 16:12:16
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wjb2017

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
24楼: Originally posted by zenghuadong1 at 2017-11-21 16:12:16
您好，能否贴出计算Lindemann index的脚本呢？谢谢...

请问您是否做出了lindermann的图像呢？我是小白，想参考一下您的lammps的脚本，不知道是否可以，谢谢您！
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25楼2017-12-18 19:49:57
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