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汕头大学海洋科学接受调剂
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维特的日记

木虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题 已有1人参与

我在做一个金属纳米团簇熔化的模拟,由于需要Lidemann指数来判断熔点,lammps里没有现成的命令来计算把?感觉是不是要自己编程来算。。。
我对<Rij^2>和<Rij>^2不是很理解,在计算的时候怎么区别他们呢?怎样是先取了系综平均<>,我不知道用程序怎么实现他,希望研究过的各位前辈指点一下,谢谢哈!
提前祝大家新年快乐!

LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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abinitio

版主 (著名写手)

引用回帖:
21楼: Originally posted by 奉天大元帅 at 2016-09-16 11:24:26
版主你好,我也在算这个Lindemann指数,计算的是球形金属颗粒熔化过程,我是dump出atom文件,利用每个原子的相对坐标来计算这个指数,我的盒子是固定边界的,然后按照公式编写好了程序,自己也用几个简单的坐标试了 ...

我的理解应该还是用绝对座标吧。因为如果 是相对坐标,它的差值也是相对差值,和盒子大小有关。
比如 6-4=2
6/2-4/2=2/2=1

关于问题4,我想熔化都是从固态开始的,这时候原子位置相对固定,原地振动的值应该是0.随着温度上升,原子 的振动加强,lindemann参加开始增加。这应该是合理的。
22楼2016-09-18 10:59:24
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
维特的日记: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-02-16 18:41:56
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2015-02-16 19:33:20
维特的日记: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-02-17 18:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值,<Rij>^2是两点距离平均的平方值,系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数,
编程思路是:
如果有N个原子,先做i=1:N的循环,,再j=1:N-1
计算i原子为中心与原子j 的距离Rij=,此时要注意一下周期性边界条件
把所有的Rij累加,把所有Rij平方累加,然后除以总原子数
2楼2015-02-16 15:09:36
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维特的日记

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值,<Rij>^2是两点距离平均的平方值,系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数,
编程思路是:
如果有N个原子,先做i=1:N的循环,,再j=1:N ...

谢谢你的回答!大体已经明白了,但是那个周期性边界要怎么处理呢,这个地方没怎么想明白
3楼2015-02-16 18:38:50
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-16 18:38:50
谢谢你的回答!大体已经明白了,但是那个周期性边界要怎么处理呢,这个地方没怎么想明白...

如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半,就将该方向的位移减或加上一个晶格参数,你想一下周期性边界条件的定义,就会理解了。
4楼2015-02-17 09:00:23
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