应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
251/3返回列表123下一页
查看: 3550  |  回复: 24
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

维特的日记

木虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题 已有1人参与

我在做一个金属纳米团簇熔化的模拟，由于需要Lidemann指数来判断熔点，lammps里没有现成的命令来计算把？感觉是不是要自己编程来算。。。
我对<Rij^2>和<Rij>^2不是很理解，在计算的时候怎么区别他们呢？怎样是先取了系综平均<>，我不知道用程序怎么实现他，希望研究过的各位前辈指点一下，谢谢哈！
提前祝大家新年快乐！

LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
0.png
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

熔化理论

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-02-16 12:38:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
维特的日记: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-02-16 18:41:56
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2015-02-16 19:33:20
维特的日记: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-02-17 18:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N-1
计算i原子为中心与原子j 的距离Rij=，此时要注意一下周期性边界条件
把所有的Rij累加，把所有Rij平方累加，然后除以总原子数
赞一下 回复此楼
2楼2015-02-16 15:09:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白
赞一下 回复此楼
3楼2015-02-16 18:38:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-16 18:38:50
谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白...

如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。
赞一下 回复此楼
4楼2015-02-17 09:00:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njuedu007

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2015-02-17 09:47:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

njuedu007

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2015-02-17 09:48:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-17 09:00:23
如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。...

晶格参数是指盒子的大小吗 还是晶格常数 还是有点不理解为啥周期性边界的处理方法为什么会不一样 我感觉不是只计算一个原子和所有原子之间的距离吗 是说如过i原子与j原子的距离超过了盒子的一半 这时候他们之间的距离由于镜像的关系 应该选择镜像里更近的没有超过盒子一半的呢
赞一下 回复此楼
7楼2015-02-17 11:19:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 11:19:10
晶格参数是指盒子的大小吗 还是晶格常数 还是有点不理解为啥周期性边界的处理方法为什么会不一样 我感觉不是只计算一个原子和所有原子之间的距离吗 是说如过i原子与j原子的距离超过了盒子的一半 这时候他们之间的距 ...

你说得对，我讲错了，是盒子大小。
比如，一个2D的，盒子大小是8，如果一个原子原始坐标是(8，8)，由于运动和周期性边界条件，它的坐标可能会变为(1，1)，如果按它xy各运动了7个单位，肯定是错误的，因为它在x和y上只各运动了一个单位。你想一想是不是这个道理？
赞一下 回复此楼
8楼2015-02-17 11:33:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-17 11:33:42
你说得对，我讲错了，是盒子大小。
比如，一个2D的，盒子大小是8，如果一个原子原始坐标是(8，8)，由于运动和周期性边界条件，它的坐标可能会变为(1，1)，如果按它xy各运动了7个单位，肯定是错误的，因为它在x和y ...

嗯嗯 明白了 就是说如果两个原子之间的距离大于盒子的一半 肯定会存在一个更近的原子 所以应该考虑更近的原子与它之间的距离
赞一下 回复此楼
9楼2015-02-17 11:41:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 11:41:51
嗯嗯 明白了 就是说如果两个原子之间的距离大于盒子的一半 肯定会存在一个更近的原子 所以应该考虑更近的原子与它之间的距离...

楼主果然天资聪颖，骨骼清奇，一点就透，实在是百年难得一遇的MD奇才
赞一下 回复此楼
10楼2015-02-17 14:42:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 维特的日记 的主题更新
251/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +3 yang婷 2026-03-02 3/150 2026-03-02 13:08 by houyaoxu
[考研] 272求调剂 +7 材紫有化 2026-02-28 7/350 2026-03-02 12:48 by 无际的草原
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +6 礼堂丁真258 2026-02-28 9/450 2026-03-02 12:04 by 52hz~~
[考研] 哈工大计算机刘劼团队招生 +4 hit_aiot 2026-03-01 6/300 2026-03-02 11:53 by 一声问好
[考研] 求调剂 +8 yunziaaaaa 2026-03-01 9/450 2026-03-02 11:03 by 黑！在干嘛
[考研] 0856材料与化工，270求调剂 +8 YXCT 2026-03-01 9/450 2026-03-02 11:01 by 无际的草原
[考研] 275求调剂 +3 L-xin? 2026-03-01 6/300 2026-03-02 10:22 by 热情沙漠
[考研] 0854复试调剂 276 +4 wmm9 2026-03-01 6/300 2026-03-02 09:28 by 热情沙漠
[考研] 高分子化学与物理调剂 +6 好好好1233 2026-02-28 13/650 2026-03-02 07:27 by 好好好1233
[考研] 0857调剂 +4 一ll半 2026-02-28 5/250 2026-03-02 02:33 by 908055542
[考研] 材料化工调剂 +12 今夏不夏 2026-03-01 13/650 2026-03-01 23:32 by L135790
[基金申请] 成果系统访问量大，请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦，已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[考研] 化工299分求调剂 一志愿985落榜 +5 嘻嘻(*^ω^*) 2026-03-01 5/250 2026-03-01 19:47 by 无际的草原
[考研] 0856材料求调剂 +4 麻辣鱿鱼 2026-02-28 4/200 2026-03-01 16:51 by caszguilin
[考研] 311求调剂 +6 亭亭亭01 2026-03-01 6/300 2026-03-01 15:41 by 324616
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 材料284求调剂，一志愿郑州大学英一数二专硕 +10 想上岸的土拨鼠 2026-02-28 10/500 2026-03-01 14:12 by yc258
[考研] 311求调剂 +9 南迦720 2026-02-28 10/500 2026-03-01 10:55 by sunny81
[考研] 307求调剂 +4 73372112 2026-02-28 6/300 2026-03-01 00:04 by ll247
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭