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汕头大学海洋科学接受调剂
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维特的日记

木虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题 已有1人参与

我在做一个金属纳米团簇熔化的模拟,由于需要Lidemann指数来判断熔点,lammps里没有现成的命令来计算把?感觉是不是要自己编程来算。。。
我对<Rij^2>和<Rij>^2不是很理解,在计算的时候怎么区别他们呢?怎样是先取了系综平均<>,我不知道用程序怎么实现他,希望研究过的各位前辈指点一下,谢谢哈!
提前祝大家新年快乐!

LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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abinitio

版主 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 11:19:10
晶格参数是指盒子的大小吗 还是晶格常数 还是有点不理解为啥周期性边界的处理方法为什么会不一样 我感觉不是只计算一个原子和所有原子之间的距离吗 是说如过i原子与j原子的距离超过了盒子的一半 这时候他们之间的距 ...

你说得对,我讲错了,是盒子大小。
比如,一个2D的,盒子大小是8,如果一个原子原始坐标是(8,8),由于运动和周期性边界条件,它的坐标可能会变为(1,1),如果按它xy各运动了7个单位,肯定是错误的,因为它在x和y上只各运动了一个单位。你想一想是不是这个道理?
8楼2015-02-17 11:33:42
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
维特的日记: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-02-16 18:41:56
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2015-02-16 19:33:20
维特的日记: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-02-17 18:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值,<Rij>^2是两点距离平均的平方值,系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数,
编程思路是:
如果有N个原子,先做i=1:N的循环,,再j=1:N-1
计算i原子为中心与原子j 的距离Rij=,此时要注意一下周期性边界条件
把所有的Rij累加,把所有Rij平方累加,然后除以总原子数
2楼2015-02-16 15:09:36
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维特的日记

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值,<Rij>^2是两点距离平均的平方值,系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数,
编程思路是:
如果有N个原子,先做i=1:N的循环,,再j=1:N ...

谢谢你的回答!大体已经明白了,但是那个周期性边界要怎么处理呢,这个地方没怎么想明白
3楼2015-02-16 18:38:50
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-16 18:38:50
谢谢你的回答!大体已经明白了,但是那个周期性边界要怎么处理呢,这个地方没怎么想明白...

如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半,就将该方向的位移减或加上一个晶格参数,你想一下周期性边界条件的定义,就会理解了。
4楼2015-02-17 09:00:23
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