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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-17 14:42:56
楼主果然天资聪颖，骨骼清奇，一点就透，实在是百年难得一遇的MD奇才...

额。。。让前辈见笑了 谢谢前辈的解答 这个问题解决了 哈哈
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11楼2015-02-17 18:08:35
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xjniudong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

你好版主，麻烦问下，林德曼数的求得在lammps里能直接实现么？？还是需要另外的写代码来实现，求赐教
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12楼2015-04-07 19:12:43
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xjniudong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-17 18:08:35
额。。。让前辈见笑了 谢谢前辈的解答 这个问题解决了 哈哈...

楼主，请问下这个参数的求得是可以直接通过lammps求得还是需要额外的写个代码？？
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13楼2015-04-07 19:33:13
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by xjniudong at 2015-04-07 19:33:13
楼主，请问下这个参数的求得是可以直接通过lammps求得还是需要额外的写个代码？？...

自己写得，用一楼的公式，非常简单

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14楼2015-04-07 22:44:26
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xjniudong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by abinitio at 2015-04-07 22:44:26
自己写得，用一楼的公式，非常简单
...

对于符号"<>"系纵平均来说，不是要经历一个对时间的平均么？我对这个系纵平均的概念不是太懂，看版主的意思是通过一个特定时刻下各个粒子的坐标信息求得林得曼参数，不用考虑时间平均么？？多谢赐教。
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15楼2015-04-07 22:59:48
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abinitio

版主 (著名写手)
引用回帖:
15楼: Originally posted by xjniudong at 2015-04-07 22:59:48
对于符号"<>"系纵平均来说，不是要经历一个对时间的平均么？我对这个系纵平均的概念不是太懂，看版主的意思是通过一个特定时刻下各个粒子的坐标信息求得林得曼参数，不用考虑时间平均么？？多谢 ...

我的理解，对于一个md过程，除非是在特别的研究驰誉过程，否则我们都会以体系稳定后才开始研究，如何体系稳定，说明体系对时间上的变化已趋于固定值 ，因此，不再考虑时间上的平均(当然了，也可以取几个时间进行平均一下，但我认为差别不大)。 这是我的理解，不知正确与否。不敢赐教，共同讨论。
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16楼2015-04-08 07:52:17
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xjniudong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by abinitio at 2015-04-08 07:52:17
我的理解，对于一个md过程，除非是在特别的研究驰誉过程，否则我们都会以体系稳定后才开始研究，如何体系稳定，说明体系对时间上的变化已趋于固定值 ，因此，不再考虑时间上的平均(当然了，也可以取几个时间进行平 ...

17楼2015-04-08 09:29:49
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fuga

铜虫 (初入文坛)
这跟lammps里面自带的msd（mean squared distance)计算有什么区别吗? 我怎么觉得不需要自己编程
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18楼2015-08-20 23:39:26
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维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by xjniudong at 2015-04-07 19:12:43
你好版主，麻烦问下，林德曼数的求得在lammps里能直接实现么？？还是需要另外的写代码来实现，求赐教...

抱歉 现在才看到 要自己另外写才行

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19楼2015-09-12 22:42:58
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维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

后来我编程的时候发现那个公式里的sigma求和就是指的系综平均吧 不然我们做系综平均后那个sigma无法求和呀 因为在系综平均的时候已经求和过一次了

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20楼2015-09-12 22:58:25
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