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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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维特的日记

木虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题 已有1人参与

我在做一个金属纳米团簇熔化的模拟，由于需要Lidemann指数来判断熔点，lammps里没有现成的命令来计算把？感觉是不是要自己编程来算。。。
我对<Rij^2>和<Rij>^2不是很理解，在计算的时候怎么区别他们呢？怎样是先取了系综平均<>，我不知道用程序怎么实现他，希望研究过的各位前辈指点一下，谢谢哈！
提前祝大家新年快乐！

LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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1楼 2015-02-16 12:38:59
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xjniudong

新虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by abinitio at 2015-04-07 22:44:26
自己写得，用一楼的公式，非常简单
...

对于符号"<>"系纵平均来说，不是要经历一个对时间的平均么？我对这个系纵平均的概念不是太懂，看版主的意思是通过一个特定时刻下各个粒子的坐标信息求得林得曼参数，不用考虑时间平均么？？多谢赐教。
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15楼2015-04-07 22:59:48
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
维特的日记: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-02-16 18:41:56
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2015-02-16 19:33:20
维特的日记: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-02-17 18:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N-1
计算i原子为中心与原子j 的距离Rij=，此时要注意一下周期性边界条件
把所有的Rij累加，把所有Rij平方累加，然后除以总原子数
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2楼2015-02-16 15:09:36
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维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白
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3楼2015-02-16 18:38:50
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-16 18:38:50
谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白...

如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。
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4楼2015-02-17 09:00:23
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