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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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维特的日记

木虫 (小有名气)

[求助] LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题 已有1人参与

我在做一个金属纳米团簇熔化的模拟，由于需要Lidemann指数来判断熔点，lammps里没有现成的命令来计算把？感觉是不是要自己编程来算。。。
我对<Rij^2>和<Rij>^2不是很理解，在计算的时候怎么区别他们呢？怎样是先取了系综平均<>，我不知道用程序怎么实现他，希望研究过的各位前辈指点一下，谢谢哈！
提前祝大家新年快乐！

LAMMPS里模拟纳米团簇熔化时关于Lindemann指数的计算问题
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1楼 2015-02-16 12:38:59
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zenghuadong1

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
&lt;Rij^2&gt;是两点距离平方的平均值，&lt;Rij&gt;^2是两点距离平均的平方值，系综平均&lt;&gt;就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做 ...

您好，能否贴出计算Lindemann index的脚本呢？谢谢
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奋斗才有收获
24楼2017-11-21 16:12:16
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
维特的日记: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-02-16 18:41:56
ben_ladeng: 金币+2, 谢谢指教 2015-02-16 19:33:20
维特的日记: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2015-02-17 18:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N-1
计算i原子为中心与原子j 的距离Rij=，此时要注意一下周期性边界条件
把所有的Rij累加，把所有Rij平方累加，然后除以总原子数
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2楼2015-02-16 15:09:36
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维特的日记

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-02-16 15:09:36
<Rij^2>是两点距离平方的平均值，<Rij>^2是两点距离平均的平方值，系综平均<>就是将所有任何两个原子之间遍历后求总和再除原子数，
编程思路是：
如果有N个原子，先做i=1：N的循环，，再j=1：N ...

谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白
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3楼2015-02-16 18:38:50
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-02-16 18:38:50
谢谢你的回答！大体已经明白了，但是那个周期性边界要怎么处理呢，这个地方没怎么想明白...

如果在某一方向的位移值绝对值超过了晶格参数的一半，就将该方向的位移减或加上一个晶格参数，你想一下周期性边界条件的定义，就会理解了。
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4楼2015-02-17 09:00:23
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