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DGGE切胶回收后有部分P不出条带！急急急急求帮助！
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好不容易把DGGE做出了一张漂亮些的图 就卡在回收上了。 DGGE前扩16s rDNA V3区用的是HDA1-GC，HDA2，序列如下： HDA1-GC 5'-CGC CCG GGG CGC GCC CCG GGC GGG GCG GGG GCA CGG GGG GAC TCC TAC GGG AGG CAG CAG T-3' HDA2 5'-GTA TTA CCG CGG CTG CTG GCA C-3' 切胶是师兄帮忙切的，他之前经验很丰富来着，表示没见过我这种大批扩不出来的情况。。 后面用的引物是HDA1和HDA2，序列如下： HDA1 5'-ACT CCT ACG GGA GGC AGC AG-3' HDA2 5'-GTA TTA CCG CGG CTG CTG GCA C-3' 切胶后用80微升的无菌水浸没，4°隔了24h以上进行的PCR，最怪的就是一共回收了48条带，其中上面24条里大多数能扩出来，但后面24条基本就没东西了。但是DGGE图上的条带都是很分明的，量也差不多的样子。PCR程序和之前用带GC夹子的引物进行扩增时的程序是一样的。 还有一点最怪的是！marker对应100bp以下那块区域上，引物二聚体那条带在所有PCR产物里特别明显！！ 为什么会出现这种情况呢？？ 因为我是新手，刚开始半个月，本来不该着急的，但现在卡成这样就差最后一步了，试剂公司测样公司都快放假了，欲哭无泪。。求大家解答！ |
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2楼2015-02-04 21:23:06