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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸杂交 » 想做基因芯片研究一个转录因子的靶基因，怎么设计芯片
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蓝色泡沫321

银虫 (初入文坛)

[求助] 想做基因芯片研究一个转录因子的靶基因，怎么设计芯片 已有4人参与

我现在想做一个番茄中转录因子的靶基因研究，想要运用基因芯片技术，要怎么确定芯片上嵌入的序列呢，是把番茄所有的基因序列全都放在芯片上吗，我刚刚接触这方面，完全菜鸟，求大神指导
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1楼 2015-01-29 11:08:40
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2015-01-29 17:19:21
这好像不用做芯片吧。把转录因子的结合序列都确定了，然后生物信息手段在基因组里找就行了
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2楼2015-01-29 11:29:33
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红卫大兵

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2015-01-29 17:19:30
芯片是得问公司的，你自己不能做
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3楼2015-01-29 17:02:06
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luojing

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2015-01-29 17:19:37
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4楼2015-01-29 17:03:45
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zshw_001

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
不用芯片，构建对照材料，二者比较差异来分析。
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永远相信未知的总是美好的！
5楼2015-01-29 21:22:06
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maila
6楼2015-01-30 08:32:59
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蓝色泡沫321

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-29 11:29:33
这好像不用做芯片吧。把转录因子的结合序列都确定了，然后生物信息手段在基因组里找就行了

可是生物信息学只能预测啊，导师想要更加有说服力的实验方法来找靶基因
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7楼2015-01-30 09:22:36
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蓝色泡沫321

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 红卫大兵 at 2015-01-29 17:02:06
芯片是得问公司的，你自己不能做

我知道芯片是要公司做的，可是芯片上的嵌入什么基因不是要自己定吗？
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8楼2015-01-30 09:23:11
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蓝色泡沫321

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zshw_001 at 2015-01-29 21:22:06
不用芯片，构建对照材料，二者比较差异来分析。

可是我现在不知道靶基因有哪些，差异分析要怎么做呢，我就是想在大范围的搜索这个转录因子对其他基因表达水平的影响
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9楼2015-01-30 09:27:09
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 蓝色泡沫321 at 2015-01-30 09:22:36
可是生物信息学只能预测啊，导师想要更加有说服力的实验方法来找靶基因...

这可不是预测。
现把你做的转录因子表达出来。或者直接从活体里纯化出来（这样能确保有活性）。
做footprinting，就知道转录因子结合序列了，然后用生物信息学的手段找出具有这些结合序列的位置，排除掉不是基因调控区的，剩下的就是这个转录因子可能调控的靶序列，之后再逐一验证。
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10楼2015-01-30 10:20:27
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