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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 核酸杂交 » 想做基因芯片研究一个转录因子的靶基因，怎么设计芯片
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by 蓝色泡沫321 at 2015-01-30 09:27:09
可是我现在不知道靶基因有哪些，差异分析要怎么做呢，我就是想在大范围的搜索这个转录因子对其他基因表达水平的影响...

他这种做法，找不到直接的靶基因，但可以了解这个转录因子调控那些通路，是有意义的。差异分析方法很多，测转录组，蛋白双向电泳，cDNA-aflp等等。
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11楼2015-01-30 10:23:51
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蓝色泡沫321

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by titus0805 at 2015-01-30 10:20:27
这可不是预测。
现把你做的转录因子表达出来。或者直接从活体里纯化出来（这样能确保有活性）。
做footprinting，就知道转录因子结合序列了，然后用生物信息学的手段找出具有这些结合序列的位置，排除掉不是基因 ...

我们已经有人在做chip了，可是chip只能定向分析靶基因，我就是想用芯片大范围的搜索
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12楼2015-01-30 10:32:03
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John_ZhangDE

金虫 (小有名气)
加油
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厚德载物，宁静致远。
13楼2015-01-30 11:18:30
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John_ZhangDE

金虫 (小有名气)
加油楼主，基因序列问题
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厚德载物，宁静致远。
14楼2015-01-30 11:20:33
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by 蓝色泡沫321 at 2015-01-30 10:32:03
我们已经有人在做chip了，可是chip只能定向分析靶基因，我就是想用芯片大范围的搜索...

那你的芯片设计时候应该把基因组里所有有预测的基因带着调控区域都点上去。
芯片这么贵，为什么不做chip-seq，现在测序便宜。。。
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15楼2015-01-30 11:21:31
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titus0805

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
12楼: Originally posted by 蓝色泡沫321 at 2015-01-30 10:32:03
我们已经有人在做chip了，可是chip只能定向分析靶基因，我就是想用芯片大范围的搜索...

chip-chip的本质就是通过杂交手段确定chIP富集的片段的序列，现在能高通量测序了，我认为microarray几乎没什么优势了
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16楼2015-01-30 11:25:14
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224224

新虫 (初入文坛)
亲，请问你现在是将基因芯片和其他技术结合还是又用其他方法了

新来的菜鸟，希望得道高人指点
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17楼2016-02-17 15:31:46
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