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至尊木虫 (著名写手)

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[交流] 植物同源基因的表达模式分析问题探讨已有1人参与

最近在植物中扩增基因的ORF序列，测序后，发现同一基因存在2-4个不等的同源基因，有的同源基因之间仅存在1个碱基的差异；那么做基因表达分析时，应该怎样设计引物？是让同源基因差异碱基放在qPCR引物的3'端吗？这样是否可行，有没有虫友遇到同样问题的？你们是怎么解决的，分享一下，谢谢！

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追梦的人

1楼 2015-01-27 23:47:41

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logowang

铜虫 (小有名气)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2015-01-28 11:33:22

首先，你确定你的同源基因间只差一个碱基是克隆和测序造成的误差还是实际真实存在呢？换句话说，如果发生这种情况，请多做几个克隆并测序，确定是真实存在还是同一个基因结果被测了两次。

如果真如LZ所说，那么实际qpcr会很难设计引物，对于这种高同源的基因，一般会选择taqman 并且由公司设计合成，sybr green基本就是废，分不出来。

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