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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Siesta&Smeagol&Atk » SIESTA 计算石墨烯，模型增大体系不收敛
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xwu10

铜虫 (小有名气)

[求助] SIESTA 计算石墨烯，模型增大体系不收敛 已有1人参与

各位好

我在用SIESTA进行石墨烯的简单计算时，遇到了一个问题。我用MS进行石墨烯体系的建模，当石墨烯体系较小时（小于30个原子），SIESTA计算可以很好地收敛；然而当我增大石墨烯体系时（其他参数不变），去发现体系始终无法收敛，这个时候不管我修改何种参数，体系都无法收敛。我想问的是，SIESTA针对大体系计算难道就会出现收敛性问题吗？这是软件本身的bug还是什么其他原因？各位是否有可靠建议？（我试过修改MixingWeight和NumberPulay参数，以及Kgrid，结果依旧不能收敛）

两种体系的fdf文件如下，也供初学者学习参考
#graphene-small supercell
SystemName          graphene
SystemLabel         graphene

NumberOfAtoms          30
NumberOfSpecies        1

%block ChemicalSpeciesLabel
  1   6  C
%endblock ChemicalSpeciesLabel


%block PAO.Basis                 # Define Basis set
C           2                    # Species label, number of l-shells
n=2   0   1                         # n, l, Nzeta
   4.088   
   1.000   
n=2   1   1                       # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
   4.870      
   1.000      
%endblock PAO.Basis

XC.functional GGA

LatticeConstant     1.0 Ang
%block LatticeVectors
   20.00000000        0.0000000000        0.0000000000
   0.000000000        15.0000000000        0.0000000000
   0.000000000        0.0000000000       20.0000000000
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
1.7 2.13 1.23 1
1.7 2.841 0 1
1.7 4.261 0 1
1.7 4.971 1.23 1
1.7 6.391 1.23 1
1.7 7.101 0 1
1.7 8.522 0 1
1.7 9.232 1.23 1
1.7 10.652 1.23 1
1.7 11.362 0 1
1.7 2.13 3.69 1
1.7 2.841 2.46 1
1.7 4.261 2.46 1
1.7 4.971 3.69 1
1.7 6.391 3.69 1
1.7 7.101 2.46 1
1.7 8.522 2.46 1
1.7 9.232 3.69 1
1.7 10.652 3.69 1
1.7 11.362 2.46 1
1.7 2.13 6.15 1
1.7 2.841 4.92 1
1.7 4.261 4.92 1
1.7 4.971 6.15 1
1.7 6.391 6.15 1
1.7 7.101 4.92 1
1.7 8.522 4.92 1
1.7 9.232 6.15 1
1.7 10.652 6.15 1
1.7 11.362 4.92 1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1   0   0  0.0
   0   10   0  0.0
   0   0  10  0.5
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack

MeshCutoff         500.0 Ry

MaxSCFIterations     1000
DM.MixingWeight      0.05
DM.NumberPulay       10
DM.Tolerance         0.0001

WriteCoorXmol .true.

BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors

%block BandLines
1   0.0 0.0 0.0 \Gamma
100 0.0 0.0 0.5 X
%endblock BandLines

SolutionMethod       diagon
TS.WriteHS  .true.

#graphene-large supercell
SystemName          graphene
SystemLabel         graphene

NumberOfAtoms          50
NumberOfSpecies        1

%block ChemicalSpeciesLabel
  1   6  C
%endblock ChemicalSpeciesLabel


%block PAO.Basis                 # Define Basis set
C           2                    # Species label, number of l-shells
n=2   0   1                         # n, l, Nzeta
   4.088   
   1.000   
n=2   1   1                       # n, l, Nzeta, Polarization, NzetaPol
   4.870      
   1.000      
%endblock PAO.Basis

XC.functional GGA
XC.authors    PBE

LatticeConstant     1.0 Ang
%block LatticeVectors
   20.00000000        0.0000000000        0.0000000000
   0.000000000        15.0000000000        0.0000000000
   0.000000000        0.0000000000       20
%endblock LatticeVectors

AtomicCoordinatesFormat Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
1.7 2.13 1.23 1
1.7 2.841 0 1
1.7 4.261 0 1
1.7 4.971 1.23 1
1.7 6.391 1.23 1
1.7 7.101 0 1
1.7 8.522 0 1
1.7 9.232 1.23 1
1.7 10.652 1.23 1
1.7 11.362 0 1
1.7 2.13 3.69 1
1.7 2.841 2.46 1
1.7 4.261 2.46 1
1.7 4.971 3.69 1
1.7 6.391 3.69 1
1.7 7.101 2.46 1
1.7 8.522 2.46 1
1.7 9.232 3.69 1
1.7 10.652 3.69 1
1.7 11.362 2.46 1
1.7 2.13 6.15 1
1.7 2.841 4.92 1
1.7 4.261 4.92 1
1.7 4.971 6.15 1
1.7 6.391 6.15 1
1.7 7.101 4.92 1
1.7 8.522 4.92 1
1.7 9.232 6.15 1
1.7 10.652 6.15 1
1.7 11.362 4.92 1
1.7 2.13 8.61 1
1.7 2.841 7.38 1
1.7 4.261 7.38 1
1.7 4.971 8.61 1
1.7 6.391 8.61 1
1.7 7.101 7.38 1
1.7 8.522 7.38 1
1.7 9.232 8.61 1
1.7 10.652 8.61 1
1.7 11.362 7.38 1
1.7 2.13 11.07 1
1.7 2.841 9.84 1
1.7 4.261 9.84 1
1.7 4.971 11.07 1
1.7 6.391 11.07 1
1.7 7.101 9.84 1
1.7 8.522 9.84 1
1.7 9.232 11.07 1
1.7 10.652 11.07 1
1.7 11.362 9.84 1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

%block kgrid_Monkhorst_Pack
   1   0   0  0.0
   0   10   0  0.0
   0   0  10  0.5
%endblock Kgrid_Monkhorst_Pack

MeshCutoff         500.0 Ry

MaxSCFIterations     1000
DM.MixingWeight      0.1
DM.NumberPulay       10
DM.Tolerance         0.0001

WriteCoorXmol .true.

BandLinesScale ReciprocalLatticeVectors

%block BandLines
1   0.0 0.0 0.0 \Gamma
100 0.0 0.0 0.5 X
%endblock BandLines

SolutionMethod       diagon
TS.WriteHS  .true.
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1楼 2015-01-24 18:36:04
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xwu10

铜虫 (小有名气)
问题解决了，竟然是编译器的问题，换了个编译器重新编译了下就解决了。小模型还能收敛，这个软件真神奇
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2楼2015-01-26 14:55:53
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)

star watcher

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ljw4010: 金币+2, 谢谢交流！ 2015-01-30 21:47:09
引用回帖:
2楼: Originally posted by xwu10 at 2015-01-26 14:55:53
问题解决了，竟然是编译器的问题，换了个编译器重新编译了下就解决了。小模型还能收敛，这个软件真神奇

其实siesta基本就是个废物，还不如openmx。
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3楼2015-01-26 21:09:01
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
内容已删除
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弘德明志博学笃行
4楼2015-01-26 21:42:12
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zhangguangping

木虫 (著名写手)
有一个siesta板块，在第一性原理里面。建议直接把帖子转到那儿去。虽然没有遇到你样的问题，但是我想你的这个帖子对别人还是很有参考价值的。只要编译有问题，再好的代码也没办法。所以尽量不要用-O3选项编译SIESTA.不知道你用的什么优化选项。我一直用的-O2，我之前用-O3编译都编译不过去，又一次编译过去了，虽然有的体系计算速度提升好几倍，但是很多体系，压根就不给算。
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弘德明志博学笃行
5楼2015-01-26 21:45:10
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guohuazhong

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xwu10 at 2015-01-26 14:55:53
问题解决了，竟然是编译器的问题，换了个编译器重新编译了下就解决了。小模型还能收敛，这个软件真神奇

楼主用的什么编译器解决siesta不收敛的问题了啊，能否分享一下，我用ifort 11.1编译算石墨烯也不收敛。
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6楼2015-01-27 20:44:34
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xwu10

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by guohuazhong at 2015-01-27 20:44:34
楼主用的什么编译器解决siesta不收敛的问题了啊，能否分享一下，我用ifort 11.1编译算石墨烯也不收敛。...

The old one is gfortran. Ifrot is ok
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7楼2015-01-28 09:44:28
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chengxiajie

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xwu10 at 2015-01-26 14:55:53
问题解决了，竟然是编译器的问题，换了个编译器重新编译了下就解决了。小模型还能收敛，这个软件真神奇

我也遇到了不收敛的问题，请问你是怎么解决的？这个和编译器有什么关系呢？新手小白 谢谢啦
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8楼2016-05-12 22:58:07
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