24小时热门版块排行榜

返回列表

15216105346

金虫 (著名写手)

应助: 13 (小学生)
金币: 2062.4
散金: 2693
红花: 7
帖子: 1205
在线: 298小时
虫号: 3441372
注册: 2014-09-25
专业: 固体无机化学

[求助] 求计算键角、配位数的程序已有3人参与

本人做的工作是通过分子动力学模拟计算冰晶石Na3AlF6熔体（非晶体）中的O-F-O的键角，Al原子周围F的配位数。
目前我已得到平衡构像中所有原子的三维坐标，
现求助通过原子坐标数据来计算键角、配位数的程序！！！！
哪位大神有计算A-B-A型键角、配位数的程序，请发我一份！
我的邮箱：15216105346@163.com，
不甚感激！

回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

动力学模拟

» 猜你喜欢

寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件已经有3人回复
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。已经有4人回复
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗已经有6人回复
孩子确诊有中度注意力缺陷已经有14人回复
三甲基碘化亚砜的氧化反应已经有4人回复
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢已经有5人回复
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗已经有5人回复
2025冷门绝学什么时候出结果已经有3人回复
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入已经有4人回复
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生已经有6人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

forcite 进行径向分布函数分析已经有4人回复
径向分布函数怎么画已经有5人回复
请问编程计算配位数时如何处理周期性边界条件？已经有10人回复
表面弛豫怎么计算已经有6人回复
【求助】求思路：分子模拟壳聚糖吸附铅离子已经有14人回复
分布函数积分求助~ 已经有4人回复
如何解释径向分布函数与r之间的关系？已经有8人回复
vmd-做径向分布函数已经有6人回复
怎么用Diamond软件计算离子配位数？已经有9人回复
请问对XRD进行精修是要干什么啊？已经有10人回复
【求助】中心原子周围有8个配位原子，可以说中心原子位于8面体场吗？已经有8人回复
【求助】怎样由径向分布函数计算配位数已经有3人回复
【求助】从单晶结构图上构如何定义分子属于什么构型已经有6人回复
【求助】电子配分函数求规定熵已经有5人回复
【原创】计算熔盐结构（近程有序的离子熔体），用那些软件可以计算呢？已经有6人回复
【求助】应用MS计算径向分布函数已经有15人回复
【求助成功】径向分布函数如何分析？已经有14人回复

1楼2015-01-22 22:01:04

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

abinitio

版主 (著名写手)

模拟EPI: 2
应助: 221 (大学生)
贵宾: 0.093
金币: 7365.2
散金: 3917
红花: 57
帖子: 1317
在线: 485.2小时
虫号: 368545
注册: 2007-05-11
性别: GG
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
管辖: 分子模拟

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
15216105346: 金币+40, ★★★很有帮助 2015-01-24 17:09:45

引用回帖:

4楼: Originally posted by 15216105346 at 2015-01-23 12:55:19
我的原子分布是没有周期性的，共1320个原子。
我想通过循环找到任意一个离Al原子最近的两个F原子坐标，这样计算这三个原子之间的距离a，b，c，再通过余弦定理求得夹角，
统计得到夹角的分布频率。
苦于不会编写 ...

建一循环，算出任意两个原子之间的距离，如果大于第一近邻的截断就不要，如果小于就保留为最近邻列表。
在每个原子的最近邻列表中，算出中心原子与其它原子的空间夹角，(数学问题，已知三角形三边长求夹角)，最后算统计

不会编程会很麻烦，因为给你代码也需要你自己根据自己的数据格式进行调整。matlab会用不？

配位数可以通过lammps中的 compute coord/atom来得到