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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求计算键角、配位数的程序
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15216105346

金虫 (著名写手)

[求助] 求计算键角、配位数的程序 已有3人参与

本人做的工作是通过分子动力学模拟计算冰晶石Na3AlF6熔体（非晶体）中的O-F-O的键角，Al原子周围F的配位数。
目前我已得到平衡构像中所有原子的三维坐标，
现求助通过原子坐标数据来计算键角、配位数的程序！！！！
哪位大神有计算A-B-A型键角、配位数的程序，请发我一份！
我的邮箱：15216105346@163.com，
不甚感激！
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1楼 2015-01-22 22:01:04
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Liupeng-MD

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by abinitio at 2015-01-24 14:08:32
建一循环，算出任意两个原子之间的距离，如果大于第一近邻的截断就不要，如果小于就保留为最近邻列表。
在每个原子的最近邻列表中，算出中心原子 与其它原子 的空间夹角，(数学问题，已知三角形三边长求夹角 ...

最近在学习这个编程，但是matlab只会基础，感觉好难。麻烦王老师发一份类似程序，万分感谢！

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13楼2017-03-31 09:24:22
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
配位数作个图就知道了，测量键角，pymol就可以，甚至自己可以算，三个点坐标算一个角的纯数学问题。

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2楼2015-01-23 07:08:21
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
配位数可以通过分析RDF，然后再在Origin中作图，积分就是配位数。方法不只局限于一种~
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用青春书写青春
3楼2015-01-23 09:01:24
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15216105346

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-01-23 07:08:21
配位数作个图就知道了，测量键角，pymol就可以，甚至自己可以算，三个点坐标算一个角的纯数学问题。

我的原子分布是没有周期性的，共1320个原子。
我想通过循环找到任意一个离Al原子最近的两个F原子坐标，这样计算这三个原子之间的距离a，b，c，再通过余弦定理求得夹角，
统计得到夹角的分布频率。
苦于不会编写程序。

配位数是怎么作图的啊！请详细介绍一下，大神！
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4楼2015-01-23 12:55:19
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