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15216105346金虫 (著名写手)
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[求助]
求计算键角、配位数的程序 已有3人参与
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本人做的工作是通过分子动力学模拟计算冰晶石Na3AlF6熔体（非晶体）中的O-F-O的键角，Al原子周围F的配位数。 目前我已得到平衡构像中所有原子的三维坐标， 现求助通过原子坐标数据来计算键角、配位数的程序！！！！ 哪位大神有计算A-B-A型键角、配位数的程序，请发我一份！ 我的邮箱：15216105346@163.com， 不甚感激！   |
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 动力学模拟 |
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abinitio
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
15216105346: 金币+40, ★★★很有帮助 2015-01-24 17:09:45
感谢参与，应助指数 +1
15216105346: 金币+40, ★★★很有帮助 2015-01-24 17:09:45
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建一循环，算出任意两个原子之间的距离，如果大于第一近邻的截断就不要，如果小于就保留为最近邻列表。 在每个原子的最近邻列表中，算出中心原子 与其它原子 的空间夹角，(数学问题，已知三角形三边长求夹角)，最后算统计 不会编程会很麻烦，因为给你代码也需要你自己根据自己的数据格式进行调整。matlab会用不？ 配位数可以通过lammps中的 compute coord/atom来得到 |
Liupeng-MD5楼2015-01-24 14:08:32
wbf3ng
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congtaiupc
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3楼2015-01-23 09:01:24
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