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15216105346

金虫 (著名写手)

[求助] 求计算键角、配位数的程序 已有3人参与

本人做的工作是通过分子动力学模拟计算冰晶石Na3AlF6熔体(非晶体)中的O-F-O的键角,Al原子周围F的配位数。
目前我已得到平衡构像中所有原子的三维坐标,
现求助通过原子坐标数据来计算键角、配位数的程序!!!!
哪位大神有计算A-B-A型键角、配位数的程序,请发我一份!
我的邮箱:15216105346@163.com
不甚感激!
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15216105346

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 我是砖头 at 2015-09-14 15:41:13
楼主您好,我也在学习熔体的分子动力学模拟,可以告诉我初始构象该怎么建吗?

晶体cif文件导入,升温3000k融化,在降温到目标温度

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-09-14 22:55:44
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
配位数作个图就知道了,测量键角,pymol就可以,甚至自己可以算,三个点坐标算一个角的纯数学问题。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2015-01-23 07:08:21
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congtaiupc

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
配位数可以通过分析RDF,然后再在Origin中作图,积分就是配位数。方法不只局限于一种~
用青春书写青春
3楼2015-01-23 09:01:24
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15216105346

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-01-23 07:08:21
配位数作个图就知道了,测量键角,pymol就可以,甚至自己可以算,三个点坐标算一个角的纯数学问题。

我的原子分布是没有周期性的,共1320个原子。
我想通过循环找到任意一个离Al原子最近的两个F原子坐标,这样计算这三个原子之间的距离a,b,c,再通过余弦定理求得夹角,
统计得到夹角的分布频率。
苦于不会编写程序。

配位数是怎么作图的啊!请详细介绍一下,大神!
4楼2015-01-23 12:55:19
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