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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs里文献上提到的一个问题,谢谢!! 已有1人参与

想请教一下,下面这段话摘自一篇文献的method,想问一下最后一句话是指静电相互作用cutoff 是10A,Lennard-Jones interactions cutoff 是12A吗???Lennard-Jones是指的什么呢?在Gromacs手册上也经常看到Lennard-Jones,文献上也经常提及,但是不大理解指的是什么作用力啊??谢谢。。

The MD simulations were conducted with NAMD (28) and performed with periodic boundary conditions at a constant pressure (1 atm) and temperature (300K) using Langevin dynamics with Nosé-Hoover Langevin piston pressure control. The long-range electrostatic interactions were calculated using the particle mesh Ewald algorithm. Both the electrostatic and the Lennard-Jones interactions had a twin-range cutoff of 10-12 A.
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by bluewhale at 2015-01-23 08:33:09
先找任何一本分子模拟的书看一下,里面有这类最基本的问题的讲解。
或者,google, or baidu一下。

有这么基础吗??好吧,不好意思,刚接触分子模拟这块,还没买书。百度出来的是定义和一堆公式。
因为有些文献会说 electrostatic and the van der Waals interactions………………。有些文献会说electrostatic and the Lennard-Jones interactions………………。而在GROMACS的配置文件上找不到Lennard-Jones这个指标对应的参数。。
3楼2015-01-23 10:24:42
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
先找任何一本分子模拟的书看一下,里面有这类最基本的问题的讲解。
或者,google, or baidu一下。
2楼2015-01-23 08:33:09
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