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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物化学 » Hela 细胞中mRNA的序列
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chinahcp2014

新虫 (初入文坛)

[求助] Hela 细胞中mRNA的序列 已有2人参与

最近在做mRNA的检测，但是找不到Hela细胞的序列，有做过高人知道的么？
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1楼 2015-01-20 10:52:46
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781055707

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chinahcp2014: 金币+8, ★★★★★最佳答案 2015-01-21 09:18:10
Dictyostelium fasciculatum putative RNA helicase (helA) mRNA, complete cds
NCBI Reference Sequence: XM_004350757.1
FASTA Graphics
LOCUS       XM_004350757            3231 bp    mRNA    linear   INV 26-MAR-2013
DEFINITION  Dictyostelium fasciculatum putative RNA helicase (helA) mRNA,
            complete cds.
ACCESSION   XM_004350757
VERSION     XM_004350757.1  GI:470237701
KEYWORDS    RefSeq.
SOURCE      Dictyostelium fasciculatum
  ORGANISM  Dictyostelium fasciculatum
            Eukaryota; Amoebozoa; Mycetozoa; Dictyosteliida; Dictyostelium.
REFERENCE   1  (bases 1 to 3231)
  AUTHORS   Gloeckner,G., Schaap,P., Noegel,A.A., Felder,M., Eichinger,L.,
            Heidel,A.J. and Platzer,M.
  TITLE     Living fossils from the dawn of multicellularity
  JOURNAL   Unpublished
REFERENCE   2  (bases 1 to 3231)
  AUTHORS   Gloeckner,G., Schaap,P., Noegel,A.A., Felder,M. and Platzer,M.
  TITLE     Direct Submission
  JOURNAL   Submitted (29-JAN-2010) Genome Analysis, Fritz Lipmann Institute,
            Beutenbergstr. 11, Jena 07745, Germany
COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
            NCBI review. This record is derived from an annotated genomic
            sequence (NW_004457624).
            COMPLETENESS: incomplete on both ends.
FEATURES             Location/Qualifiers
     source          1..3231
                     /organism="Dictyostelium fasciculatum"
                     /mol_type="mRNA"
                     /strain="SH3"
                     /db_xref="taxon:261658"
                     /chromosome="Unknown"
     gene            <1..>3231
                     /gene="helA"
                     /locus_tag="DFA_11864"
                     /db_xref="GeneID:14865676"
     CDS             1..3231
                     /gene="helA"
                     /locus_tag="DFA_11864"
                     /codon_start=1
                     /product="putative RNA helicase"
                     /protein_id="XP_004350808.1"
                     /db_xref="GI:470237702"
                     /db_xref="GeneID:14865676"
                     /translation="MQMAGGKPKPTTSSGSNANVKIKNKENQGKNDKQNKYLNQKKKE
                     SKTGNLKYLPNKKDDKKDKPVAPGSTLLQGTQDLKAPEKGWSVHSSFFNQDFLKGKAA
                     DKHSQFESSANKFNFNIDDHSDGDDNQELDDNYDTNLFADVGGFNLQDDEGMLDDDDF
                     DLLDYDDEALEDHEGEAREAKAIAEEGGVFFEDQYSLSVEEKMQERKKKIDQSFKTKD
                     DDLLKSFPSIGREDEDGKTVSMDNDDEMDEDAKKVARLTDIQDERKKKMGGFQGMDLH
                     KFLFKAVMKKGFKQPTPIQRLTIPLILEGQDVVGMARTGSGKTAAFVIPMIQKLAQHS
                     HKVGARAIILSPTRELALQTYRVVKELSSGSDLRSCVIVGGDNMADQFTELARNPDII
                     IATPGRLVHHLTEVNMGLHTVQYIVFDEADRLFEMGFADQLQEIITKLSPSRQTLLFS
                     ATLPSMLAEFVRAGLSNPKLVRLNTDTKISDQLSLSFFTCRHDEKFAALLYLLKDIIK
                     DDEPTIVFTATKFHVEYLHILLDQARIANTFIHGQMDPVARKINLAKFRSKVVNVMVV
                     TDLAARGIDIPMLDNVINFDFAPKEKIFIHRVGRVARAGRKGTAYSLVSPDEIPYMLD
                     LHLYIAKKLTNKLLPGQTVEDLEYSFYGNIPQQIIDRENEFVAIKAKECVELLSLKRT
                     IFNAHGKYVRTRPGASHESNKRAKGLDKSQYHPLMYNFINSNEAVRNDFVQSLKAFRP
                     NQTVFEMTGKKSSAADIMQTKREFHSTVIGQQHRRTQAEIEEYKKQDQLNRNSEDGEE
                     AASTKKNSKRKRDKNEDDEGFLQELEQNTKQAAEEENGKKKQKGHIIDENEQEEGDDQ
                     VKYKITIDDSESKAAELKNSKKKTRSSTKDEAFFMSSTPSNYYQERALAITDKFTRDD
                     EVNMGTDDGQNKTPGGSSGKKWDRKKKKFVSVQADADREKERKKWVRNEAGVLVDTSK
                     NKKNLYEEWKKKTNSRIQRTGEEENARFMPAKPTYVPVKWRGNKQQAAEGEDGKKKNI
                     RTGIKDIDDVRKERDRRDHHSKIKHTSATKNKFNKGKGGKGGKKRK"
ORIGIN      
        1 atgcaaatgg caggaggtaa accaaaacct actactagta gtggtagtaa tgccaatgta
       61 aagataaaga ataaagagaa tcaaggaaag aatgataaac aaaacaaata cttgaatcaa
      121 aagaaaaagg aatcaaagac tggcaacctc aagtacttgc ccaacaaaaa ggacgataaa
      181 aaggacaagc ctgtagcacc gggcagcaca ttgttgcaag gtacacaaga cctcaaggca
      241 cccgagaagg gatggagtgt gcacagctca ttctttaacc aagatttcct caagggcaag
      301 gctgccgaca aacacagtca attcgaatcg agtgccaaca agtttaactt taacattgac
      361 gatcatagcg acggcgacga caaccaagag ttggacgaca actatgacac taatctcttt
      421 gccgacgtcg gcgggttcaa cctgcaagac gacgagggta tgttggacga cgacgacttt
      481 gatttgttgg actatgacga cgaagcattg gaggatcacg aaggtgaggc tcgtgaagcc
      541 aaggctatcg ccgaagaggg tggtgtgttc tttgaagacc agtactcctt gtcggtggag
      601 gaaaagatgc aagagcgtaa gaaaaagatc gaccagtcgt tcaagacaaa ggacgacgac
      661 ttgctcaaga gtttcccatc aattggcagg gaagatgagg acggcaagac cgtgtcgatg
      721 gacaacgacg acgagatgga cgaggacgcc aaaaaggttg cgcgtctcac cgatattcaa
      781 gacgagcgca agaagaagat gggtgggttc cagggtatgg acctgcacaa gttcctcttc
      841 aaggccgtca tgaaaaaggg gttcaagcaa cccaccccta ttcaaagact caccatccca
      901 ctcatcctcg aaggtcaaga tgtcgttggt atggcacgta ccggttccgg taagactgcc
      961 gctttcgtca ttccaatgat tcaaaagctc gcacaacatt ctcacaaggt tggtgcacgt
     1021 gccatcatcc tctcgcccac tcgtgaactt gctctccaga cataccgtgt cgtcaaggaa
     1081 ttgtcgagtg gatctgatct cagatcgtgc gtcattgtcg gtggtgacaa tatggccgac
     1141 cagtttacag agctcgctag aaaccccgat atcatcattg ccactccagg tcgtcttgtc
     1201 catcatctca ccgaagtcaa catgggtctc cacactgtcc aatacattgt attcgatgaa
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     1441 gatcaattat ctttatcatt ctttacatgt agacatgatg aaaaatttgc agcattactt
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     2041 agaactatat ttaatgcaca tggaaaatat gttagaacta gaccaggagc atcacatgaa
     2101 tcaaataagc gtgccaaggg attggacaag tcacagtacc atccattgat gtacaatttt
     2161 atcaattcca acgaagctgt ccgtaacgac tttgtacagt cactcaaagc attccgtcca
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     2941 tggaagaaga agaccaactc gagaattcaa cgtaccggag aagaagaaaa cgctagattc
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     3121 agaaaggaac gtgatagaag agatcatcat agcaagatta aacatacttc tgccactaaa
     3181 aacaaattca acaaaggtaa aggtggtaaa ggtggtaaaa agagaaaata a
//
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采菊东篱下，悠然见南山。
2楼2015-01-20 12:19:23
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781055707

木虫 (著名写手)
这段序列全是MRNA.
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3楼2015-01-20 12:21:44
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chinahcp2014

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2015-01-20 12:19:23
Dictyostelium fasciculatum putative RNA helicase (helA) mRNA, complete cds
NCBI Reference Sequence: XM_004350757.1
FASTA Graphics
LOCUS       XM_004350757            3231 bp    mRNA    linear   I ...

你好，谢谢你的回复，我这方面知识欠缺，这是一整条链，还是几段啊？
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4楼2015-01-20 16:34:47
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ptttmt

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你这问题问的真是太不专业了，Hela细胞的mRNA序列？？？？你确定是问Hela细胞？还是helA基因？？
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5楼2015-01-20 16:49:40
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781055707

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by chinahcp2014 at 2015-01-20 16:34:47
你好，谢谢你的回复，我这方面知识欠缺，这是一整条链，还是几段啊？...

这是一整条，编码蛋白的序列，ATG开始，TAA终止。
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6楼2015-01-20 17:22:49
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781055707

木虫 (著名写手)
提取HeLA的MRNA后，反转录成CDNA,在这段序列里设计引物，就能P出目的条带了。
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7楼2015-01-20 17:26:28
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紫玉惠

金虫 (小有名气)

紫玉惠
引用回帖:
6楼: Originally posted by 781055707 at 2015-01-20 17:22:49
这是一整条，编码蛋白的序列，ATG开始，TAA终止。...

我想检测样品中miRNA的含量了，所以想知道hela细胞中标志性的比较短的miRNA的序列，找不到想要的。
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秀出最美的自己
8楼2015-01-21 12:30:13
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781055707

木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 紫玉惠 at 2015-01-21 12:30:13
我想检测样品中miRNA的含量了，所以想知道hela细胞中标志性的比较短的miRNA的序列，找不到想要的。...

那你得做个荧光定量呀，你可以在序列里设计引物，扩出你想要有多大的目的片段，连到载体上，在计算质粒的拷贝数，长短不是主要的，主要是特异性。
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采菊东篱下，悠然见南山。
9楼2015-01-21 12:56:05
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人

好吧，原来有个基因叫Hela, 无力吐槽了~~~
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
10楼2015-01-23 09:58:02
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