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行侠仗义

铁虫 (正式写手)

[求助] 请教:vasp计算bader电荷,电子步已经收敛,却无法正常结束!无法产生CHGCAR!! 已有2人参与

OUTCAR里面已经提示:

------------------------ aborting loop because EDIFF is reached ----------------------------------------

但是却无法产生CHGCAR, out文件里面有提示:

Job  /lsfhome/Soft/lsf/8.0/linux2.6-glibc2.3-x86_64/bin/openmpi_wrapper /home-gg/users/nscc609_SZJ/bin/vasp-5.2.12

TID   HOST_NAME   COMMAND_LINE            STATUS            TERMINATION_TIME
===== ========== ================  =======================  ===================
00000 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:28
00001 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:27
00002 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:26
00003 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:26
00004 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:27
00005 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:28
00006 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:27
00007 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:27
00008 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:26
00009 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:27
00010 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:26
00011 gg1423     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:27
00012 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:23
00013 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00014 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00015 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00016 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00017 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:23
00018 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:24
00019 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00020 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00021 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:13:24
00022 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00023 gg1026     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00024 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:12
00025 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:12
00026 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:14:10
00027 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:14:09
00028 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:12
00029 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:12
00030 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:13
00031 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:12
00032 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:12
00033 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:14:10
00034 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGPIPE)       01/18/2015 18:14:12
00035 gg0822     /home-gg/users/n  Signaled (SIGKILL)       01/18/2015 18:14:10

--------------------------------------------------------------------------
mpirun has exited due to process rank 1 with PID 22309 on
node gg1423 exiting without calling "finalize". This may
have caused other processes in the application to be
terminated by signals sent by mpirun (as reported here).
--------------------------------------------------------------------------
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
行侠仗义: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-19 18:08:33
行侠仗义: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2015-01-20 21:43:44
机器内存不够大,建议适当降低k点,将CONTCAR拷贝成POSCAR,重新交。
2楼2015-01-18 20:17:28
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行侠仗义

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-18 20:17:28
机器内存不够大,建议适当降低k点,将CONTCAR拷贝成POSCAR,重新交。

请问为何算了几十个电子步都可以,到收敛的时候,却突然跳出来了?
前面做的电子步需要的内存很小,而收敛瞬间内存需求变大?


类似的bader作业我交了几个,都是出现这种错误。
3楼2015-01-18 20:30:19
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未岸亡灵

铁杆木虫 (著名写手)

暂时离开小木虫


引用回帖:
3楼: Originally posted by 行侠仗义 at 2015-01-18 20:30:19
请问为何算了几十个电子步都可以,到收敛的时候,却突然跳出来了?
前面做的电子步需要的内存很小,而收敛瞬间内存需求变大?


类似的bader作业我交了几个,都是出现这种错误。...

just try, and then you will know the truth.
4楼2015-01-19 09:04:16
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hookah

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
请给出计算过程的主要控制文件:INCAR和KPOINTS请给出来,否则我们也只能瞎猜测。
5楼2015-01-19 09:39:12
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行侠仗义

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hookah at 2015-01-19 09:39:12
请给出计算过程的主要控制文件:INCAR和KPOINTS请给出来,否则我们也只能瞎猜测。

ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR= 0
SIGMA= 0.2
PREC = N
LREAL= A
GGA=PE
#VOSKOWN=1
#NBANDS= 280
ISPIN= 2
ENCUT= 500
#NPAR=4
#NEDOS=602
#EMIN=-10
#EMAX=20
NELM = 500
NELMIN = 4
EDIFF = 1.0E-5
NELMDL = -5
NSW = 0
EDIFFG = -2.0E-02
ISIF = 2
IBRION = -1
#POTIM=0.2
#WIGS =1.286  0.900
#LORBIT =11
LWAVE = F
LCHARG= T
#IALGO= 38
#ALGO = F
LVHAR=T
LAECHG=T
NGXF=280
NGYF=280
NGZF=672
#ISYM=0
#IDIPOL=3
#LDIPOL=T


K-points
0
G
4 4 1
0 0 0
6楼2015-01-19 12:42:12
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行侠仗义

铁虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-19 09:04:16
just try, and then you will know the truth....

Thank you. It might be a problem with lack of memory. I find one task terminated normally. This task have used 50% cores more than the abnormally terminated jobs.

I will try to calculate other bader-jobs in this way (take up more cores to allocate enough memory).
7楼2015-01-19 12:54:20
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@Ellete-blue

新虫 (小有名气)

请教楼主,如何用vasp算bader电荷?是vasp会直接给出bader电荷数值,还是先计算电荷密度,再用分析程序分析得到bader电荷?谢谢
8楼2015-01-22 12:42:04
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缺心眼桌

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 未岸亡灵 at 2015-01-18 20:17:28
机器内存不够大,建议适当降低k点,将CONTCAR拷贝成POSCAR,重新交。

您好!请教一下,vasp 5.2可以分析bader电荷吗?
chgsum.pl运行正常,但是下一步不行-bash: bader: command not found,可以麻烦您说说原因吗?
9楼2015-04-13 14:44:31
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