| 查看: 3899 | 回复: 11 | |||
[求助]
诸位大侠救命！求助：关于使用bader电荷计算电荷转移量？
|
|||
|
我想计算石墨烯吸附原子后的电荷转移量， 首先bader分析的可执行文件（编译好的，应该是，但我想应该是对应4.6版本的）从小木虫上下了一个，chgsum.pl也下了一个 根据小木虫上的资料： “1.在静态计算时，在INCAR 中加入LAECHARG 参数，并设置LAECHG =.TRUE. 运算完毕会生成AECCAR0 AECCAR1 AECCER2, 然后运行chsum.pl AECCAR0 AECCAR2, 会生成CHARGCAR_sum 文件， 2.然后运行 bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum” 我在静态计算的时候加入了LAECHG =.TRUE. 得到了AECCAR0 AECCAR1 AECCER2文件,将chgsum.pl与bader移动到静态计算后的文件夹中，但是./chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2运行不了，chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2也不行，加上绝对路径也不行，总之怎么都不成，就是运行不了 后来 抱着试试看的方法，打了个./bader CHGCAR，结果居然开始分析了，然后得到了三个dat文件，ACF.dat……里面的结果也比较靠谱（未经过验证，但是起码不离谱，比较可靠），这是怎么回事？？？ 大侠快来救命！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 第一性原理计算-tg |
» 猜你喜欢
寻求一种能扛住强氧化性腐蚀性的容器密封件
已经有3人回复
-
请问哪里可以有青B申请的本子可以借鉴一下。
已经有4人回复
-
真诚求助：手里的省社科项目结项要求主持人一篇中文核心，有什么渠道能发核心吗
已经有6人回复
-
孩子确诊有中度注意力缺陷
已经有14人回复
-
三甲基碘化亚砜的氧化反应
已经有4人回复
-
请问下大家为什么这个铃木偶联几乎不反应呢
已经有5人回复
-
请问有评职称，把科研教学业绩算分排序的高校吗
已经有5人回复
-
2025冷门绝学什么时候出结果
已经有3人回复
-
天津工业大学郑柳春团队欢迎化学化工、高分子化学或有机合成方向的博士生和硕士生加入
已经有4人回复
-
康复大学泰山学者周祺惠团队招收博士研究生
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
关于电荷转移积分
已经有9人回复- bader电荷，Lowdin电荷及Born电荷有什么区别？
已经有7人回复
- 激发态电荷转移计算入手方法
已经有12人回复
- 关于NH4+电荷问题
已经有12人回复
- 关于NBO及Mulliken电荷分析的疑问
已经有10人回复
- bader电荷布局分析怎么运行啊？
已经有14人回复
- Vasp能计算电荷转移的具体数值么？
已经有6人回复
- 求大侠指点如何测定材料表面是否带有电荷，并且带电荷量是多少，用什么仪器比较准确。
已经有5人回复
- 怎么计算和分析电荷转移量
已经有11人回复
- NBO 电荷分析中电荷总和不为零 分析 处理
已经有6人回复
- 怎么使用bader电荷分析出原子轨道上的电子数，或者其它能够得出轨道电子的软件？
已经有29人回复
- 怎么计算电荷转移的数量值
已经有5人回复
- 【求助】密立根电荷和NBO电荷的差异
已经有4人回复
- 【求助】电荷转移积分的计算
已经有10人回复
- 【求助】bader电荷分析的几个问题
已经有11人回复
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
前田庆次: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-11-17 10:07:47
前田庆次: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-11-17 10:07:47
|
我想计算石墨烯吸附原子后的电荷转移量， 首先bader分析的可执行文件（编译好的，应该是，但我想应该是对应4.6版本的） > 為什麼是 "應該" 這裡的不確定性是?? 4.6 版與 5.x 版在格式上有一些出入 所以是不能共用 (除非程式有寫一些判斷進去) 如果程式有分版本的話~ 那就要用正確的版本 从小木虫上下了一个，chgsum.pl也下了一个 根据小木虫上的资料： “1.在静态计算时，在INCAR 中加入LAECHARG 参数，并设置LAECHG =.TRUE. 运算完毕会生成AECCAR0 AECCAR1 AECCER2, 然后运行chsum.pl AECCAR0 AECCAR2, 会生成CHARGCAR_sum 文件， > 這裡要小抱怨一下 為什麼要"根据小木虫上的资料"? 我一直無法理解為什麼不去看看官網呢 @_@ 而是上其他網站找答案呢 (或是說~最源頭應該是官網~不是小木蟲呀.....) 用網路上提供的程式 若是有不了解之處 應該第一時間就是先找?碓淳W站所寫的說明 若是找網路上其他阿貓阿狗寫的說明 你覺得安心嬤 .... 官網其�?寫得很清楚 (英文部份?K沒有很難的語法或單字在裡面) http://theory.cm.utexas.edu/vasp/bader/vasp.php 官網裡面寫的清清楚楚 內容就如同你上面敘述 一定要先做 chgsum.pl These two charge density files can be summed using the chgsum.pl script 要把這兩個 (core and valence) charge 加起?� 得到檔案 CHGCAR_sum 這個檔案才能交給 bader 這個程式去分析 2.然后运行 bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum” 我在静态计算的时候加入了LAECHG =.TRUE. 得到了AECCAR0 AECCAR1 AECCER2文件,将chgsum.pl与bader移动到静态计算后的文件夹中，但是./chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2运行不了，chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2也不行，加上绝对路径也不行，总之怎么都不成，就是运行不了 > 當發生了"运行不了"的情形 要先看看執行時電腦跟你說了什麼 也就是所謂的 Error message 把這個貼出?聿庞袡C會解決 如同上3 樓 anewtry 所言 你要先確認 chgsum.pl 這程式的狀態 這邊牽涉到了 linux 的功力 要看一個檔案是否能執行 是屬於最最最基本的概念 請上網找找LINUX相關網站或是去看書 把最基本的章�?看過就會懂了 最簡單的作法(確認檔案屬性)就是 到~具有 chgsum.pl 的目錄下 執行 ls -al (是 LS -AL，不是 IS -AI喔~ 都是小寫 L) 然後就會出現檔案的屬性 像這樣 -rwx------ 1 xxx yyy 791K 2013-10-02 11:09 chgsum.pl ?挠业阶� 1) 程式名: chgsum.pl 2) 產生檔案時間 : 早上10:09 3) 產生檔案日期 : 2013-10-12 4) 檔案大小 : 791K 5) 檔案擁有者的名字與群組 : xxx & yyy 6) 檔案屬性 (共十欄) r: read 可讀 w: write 可寫 x: execute 可執行 你若是左邊數?淼谒臋跊]看到 x 那這個程式就無法執行 后来 抱着试试看的方法， > 大哥~~~ 這可不能這樣?y試一通呀 它有順序的 沒有任何其他別的方法~要用它們的程式就只有一種方法 官網上明確寫出 (http://theory.cm.utexas.edu/vasp/bader/vasp.php) 1) 一定要先用 chgsum.pl 產生 CHGCAR_sum 2) CHGCAR_sum 是 bader 這程式的其中一個 input file 你沒成功產生~或是沒有正確產生~~ CHGCAR_sum 那 bader 到底在分析什麼呢? 打了个./bader CHGCAR，结果居然开始分析了，然后得到了三个dat文件，ACF.dat……里面的结果也比较靠谱（未经过验证，但是起码不离谱，比较可靠），这是怎么回事？？？ |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
前田庆次5楼2013-11-17 01:19:38
2楼2013-11-13 11:55:55
anewtry
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1152.5
- 散金: 3
- 帖子: 155
- 在线: 104.8小时
- 虫号: 2072989
- 注册: 2012-10-19
- 专业: 无机材料化学
3楼2013-11-16 09:50:32
4楼2013-11-16 23:42:50
6楼2013-11-17 10:07:40
7楼2013-11-17 18:16:29
8楼2015-09-18 09:34:31
9楼2015-09-18 15:19:35
10楼2015-09-18 15:57:18