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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 诸位大侠救命！求助：关于使用bader电荷计算电荷转移量？
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前田庆次

木虫 (著名写手)

[求助] 诸位大侠救命！求助：关于使用bader电荷计算电荷转移量？

我想计算石墨烯吸附原子后的电荷转移量，
首先bader分析的可执行文件（编译好的，应该是，但我想应该是对应4.6版本的）从小木虫上下了一个，chgsum.pl也下了一个
根据小木虫上的资料：
“1.在静态计算时，在INCAR 中加入LAECHARG 参数，并设置LAECHG =.TRUE.
运算完毕会生成AECCAR0 AECCAR1 AECCER2,
然后运行chsum.pl AECCAR0 AECCAR2,
会生成CHARGCAR_sum 文件，
2.然后运行
bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum”

我在静态计算的时候加入了LAECHG =.TRUE. 得到了AECCAR0 AECCAR1 AECCER2文件,将chgsum.pl与bader移动到静态计算后的文件夹中，但是./chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2运行不了，chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2也不行，加上绝对路径也不行，总之怎么都不成，就是运行不了
后来 抱着试试看的方法，打了个./bader CHGCAR，结果居然开始分析了，然后得到了三个dat文件，ACF.dat……里面的结果也比较靠谱（未经过验证，但是起码不离谱，比较可靠），这是怎么回事？？？
大侠快来救命！
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
1楼 2013-11-10 20:47:48
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

jpchou

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
前田庆次: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2013-11-17 10:07:47
????????ī???????????????????
????bader?????????????????????????????????????????4.6?汾???

> ????N??  "???"
   ?@?e????_????????
   4.6 ???c 5.x ???????????Щ????
   ???????????? (??????????Щ?Д??M?)
   ???????з?汾???~
   ?????????_??汾

??С??????????????chgsum.pl????????
????С???????????
??1.?????????????INCAR ?м???LAECHARG ????????????LAECHG =.TRUE.
????????????AECCAR0 AECCAR1 AECCER2,
???????chsum.pl AECCAR0 AECCAR2,
??????CHARGCAR_sum ?????

> ?@?e?С??????   
   ????N?"????С??????????"?
   ?????o?????????N?????????W?? @_@
   ???????????W??????
   (?????f~????^????ǹ?W~????С??x?.....)
   ??W·????????
   ?????в??????  
   ???????r?g????????????W????????f??
   ??????W·??????????????????f??
   ???X?????? ....

   ??W??????ú???? (???????K?]?к??y???Z??????????e??)
   http://theory.cm.utexas.edu/vasp/bader/vasp.php
   ??W?e?挑?????????
   ?????????????攢??
   ???????? chgsum.pl
   These two charge density files can be summed using the chgsum.pl script
   ????@??? (core and valence) charge ??????
   ????n?? CHGCAR_sum
   ?@???n????????o bader ?@??????????



2.???????
bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum??

???????????????????LAECHG =.TRUE. ?????AECCAR0 AECCAR1 AECCER2???,??chgsum.pl??bader????????????????????У?????./chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2???в????chgsum.pl AECCAR0 AECCAR2????У????????·??????У?????????????????????в???

> ???l????"???в???"??????
   ?????????Еr??X?????f????N
   ????????^?? Error message
   ???@???N???????ЙC????Q
   
   ?????3 ?? anewtry ????
   ?????_?J chgsum.pl ?@??????B
   ?@????浽?? linux ?????
   ???????n??????????
   ??????????????????
   ???W????LINUX???P?W??????????
   ???????????????^???????

   ???ε?????(?_?J?n??????)????
   ??~???? chgsum.pl ??????
   ???? ls   -al    (?? LS  -AL?????? IS  -AI?~ ????С?? L)
   ????????F?n???????  
   ???@??
   -rwx------ 1 xxx yyy  791K  2013-10-02  11:09  chgsum.pl
   ???????
   1) ?????: chgsum.pl
   2) ?a???n???r?g : ????10:09
   3) ?a???n?????? : 2013-10-12
   4) ?n????С : 791K
   5) ?n??????????????c??M : xxx & yyy
   6) ?n?????? (?????)
             r:  read  ???x
            w: write  ???
            x: execute ?????
       ??????????????????]???? x
       ???@???????o??????
      

???? ????????????????

> ???~~~
   ?@??????@???y????
   ????????
   ?]???κ??????e?????~??????????????????N????
   ??W?????_???? (http://theory.cm.utexas.edu/vasp/bader/vasp.php)
   1)  ???????? chgsum.pl ?a?? CHGCAR_sum
   2)  CHGCAR_sum ?? bader ?@???????????? input file
        ??]????a??~????]?????_?a??~~ CHGCAR_sum
        ?? bader ???????????N???

?????./bader CHGCAR?????????????????????????????dat?????ACF.dat???????????????????δ???????????????????????????????????????????????
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

前田庆次
5楼2013-11-17 01:19:38
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普通回帖

前田庆次

木虫 (著名写手)
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
2楼2013-11-13 11:55:55
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anewtry

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
identation: 金币+1, 谢谢交流 2013-11-16 10:53:08
前田庆次: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-11-16 23:43:00
你把chgsum.pl 和bader 改成可执行文件了吗？我把它们改成可执行文件，然后chgsum.pl空格ACEEAR0空格AECCAR2，就得到CHGCAR_sum. 然后就是bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum，就行啦
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3楼2013-11-16 09:50:32
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前田庆次

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by anewtry at 2013-11-16 09:50:32
你把chgsum.pl 和bader 改成可执行文件了吗？我把它们改成可执行文件，然后chgsum.pl空格ACEEAR0空格AECCAR2，就得到CHGCAR_sum. 然后就是bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum，就行啦

前辈，bader是我直接从官网上下的，直接作用在CHGCAR上，即./bader CHGCAR，也得到了三个文件，网上也是这么说的。
但是我记得官网上好像还说过那种先chgsum.pl空格ACEEAR0空格AECCAR2，得到CHGCAR_sum. 然后bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum那种方法，但是我后来找不到了，也不知道这两种方法有什么不一样？另外要怎么把chgsum.pl变成可执行文件？请您指教
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4楼2013-11-16 23:42:50
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前田庆次

木虫 (著名写手)
???????:
5?: Originally posted by jpchou at 2013-11-17 01:19:38
????????ī???????????????????
????bader?????????????????????????????????????????4.6?汾???

> ????N??  "???"
   ?@?e????_????????
   4.6 ???c 5.x ?????????? ...

??????????????????????????x????????@???????????????????
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
6楼2013-11-17 10:07:40
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前田庆次

木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by jpchou at 2013-11-17 01:19:38
我想计算石墨烯吸附原子后的电荷转移量，
首先bader分析的可执行文件（编译好的，应该是，但我想应该是对应4.6版本的）

> 為什麼是  "應該"
   這裡的不確定性是??
   4.6 版與 5.x 版在格式上有 ...

前輩，問題搞明白了，我的程序有問題，?墓倬W重新下載一個就好了……感謝您不厭其煩的反?椭附蹋湍欢湫〖t花
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长枪一横花飘零，松风追月伴我行。无双人间世如梦，倾奇万世永留名。
7楼2013-11-17 18:16:29
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sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by jpchou at 2013-11-17 01:19:38
我想计算石墨烯吸附原子后的电荷转移量，
首先bader分析的可执行文件（编译好的，应该是，但我想应该是对应4.6版本的）

> 為什麼是  "應該"
   這裡的不確定性是??
   4.6 版與 5.x 版在格式上有 ...

想问下前辈文件夹里总共需要哪几个文件，除了bader CHGCAR_sum
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希望有一天成为大神
8楼2015-09-18 09:34:31
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by sungjen at 2015-09-18 09:34:31
想问下前辈文件夹里总共需要哪几个文件，除了bader CHGCAR_sum...

請讀官網手冊

http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/
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9楼2015-09-18 15:19:35
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sungjen

银虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jpchou at 2015-09-18 15:19:35
請讀官網手冊

http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/...

读过了，只不过想确认下

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希望有一天成为大神
10楼2015-09-18 15:57:18
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