应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » Bader 电荷分析，结果如何解读
171/2返回列表12下一页
查看: 7607  |  回复: 16
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

[求助] Bader 电荷分析，结果如何解读已有3人参与

我的模型是在石墨烯表面添加羰基，模型中只有C和O两种元素。分析的目的是得到每个原子所带的电荷量。请问根据我下面得到的结果，如何计算电荷量呢？
我先用MS得到den_fmt文件，然后转化为cub文件，然后用http://theory.cm.utexas.edu/henkelman/code/bader/提供的程序对cube文件进行电荷分析。得到三个文件ACF.dat ，AVF.dat ， BCF.dat ，结果如下：
第一个ACF.dat：
    #         X           Y           Z        CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1      0.0186      0.0127      2.9656      0.2899      0.1891    312.0165
    2      1.3420      2.3345      3.0530      0.2608      0.8195    270.2930
    3      4.0353     -2.3118      3.0488      0.2649      0.8252    273.8727
    4      5.3223      0.0197      3.3807      0.2407      0.8859    189.6628
    5      8.0853     -4.6364      2.9612      0.2683      0.9505    233.3229
    6      9.4408     -2.3661      3.1315      0.2491      0.7091    338.7172
    7     12.0941     -6.9567      2.9423      0.2647      1.0233    274.6942
    8     13.4395     -4.6299      2.9472      0.2434      0.7511    239.6019
    9      0.0092      4.6638      2.9802      0.2638      0.8392    243.2989
   10      1.3407      7.0117      2.9440      0.2248      0.7067    178.8065
   11      4.0109      2.2886      3.3807      0.2214      0.7217    142.7166
   12      5.2716      4.7117      3.8258      0.2201      0.1767     61.0301
   13      8.0550     -0.0821      3.8363      0.2037      0.6277     58.8589
   14      9.5018      2.3267      4.1567      0.2202      0.6286     56.9810
   15     12.0833     -2.3156      3.0571      0.2170      0.9072    180.5083
   16     13.4329      0.0410      3.1187      0.3239      0.8842    264.1313
   17      0.0066      9.3297      2.9293      0.2864      0.8815    253.3924
   18      1.3515     11.6477      2.9396      0.2481      0.8156    245.0594
   19      3.9880      7.0500      3.1091      0.2592      0.1996    335.3723
   20      5.3623      9.3177      3.0490      0.1973      0.1275    175.6963
   21      8.0847      4.7757      4.1511      0.2127      0.6090     53.2840
   22      9.4432      7.0661      3.3856      0.2446      0.7848    210.1431
   23     12.1678      2.3393      3.3997      0.1301      0.2217    161.9059
   24     13.4479      4.6637      3.1738      0.2407      0.8745    235.1420
   25      0.0120     13.9616      2.9738      0.2670      0.6641    285.3745
   26      1.3558     16.2933      2.9665      0.2770      0.9202    288.0152
   27      4.0471     11.6512      2.9440      0.2738      0.9407    254.3313
   28      5.3823     13.9735      2.9855      0.2480      0.8588    227.7480
   29      8.0814      9.3144      3.1149      0.2413      0.8163    231.0342
   30      9.4221     11.6377      2.9393      0.2397      0.7465    213.0186
   31     12.0909      7.0073      3.1651      0.2166      0.7426    208.1479
   32     13.4343      9.3130      2.9656      0.2470      0.8393    276.3374
   33      6.4532      5.0665      6.3322      0.4041      1.1704   1573.1101
   34      8.9269      0.7977      6.3483      0.4013      1.2092   1512.3734
--------------------------------------------------------------------------------
    VACUUM CHARGE:               0.0000
    VACUUM VOLUME:               0.0000
    NUMBER OF ELECTRONS:         8.6116
第三个文件 BCF.dat：
    #         X           Y           Z        CHARGE     ATOM    DISTANCE
  -------------------------------------------------------------------------
    1      0.3579     17.9751      2.7779      0.1142       1      1.1153
    2      0.3579      0.6198      3.1747      0.0797       1      0.7262
    3      0.7157      1.6529      3.1747      0.1137       2      0.9336
    4     15.3879      9.2975      2.7779      0.0959       1      1.1297
    5      1.0736      3.0991      3.1747      0.0741       2      0.8195
    6      0.3579      3.9256      3.1747      0.1020       9      0.8392
    7      0.3579      5.1652      3.1747      0.0845       9      0.6410
    8     15.3879     -4.7520      2.7779      0.0771       9      1.1051
    9      1.0736      6.4049      2.7779      0.0888      10      0.6835
   10      1.0736      7.6446      2.7779      0.0658      10      0.7067
   11      0.3579      8.4710      2.7779      0.1061      17      0.9401
   12      0.3579     10.1239      2.7779      0.0813      17      0.8815
   13     15.3879      0.2066      2.7779      0.0990      17      1.1553
   14      1.0736     10.9503      2.7779      0.0914      18      0.7679
   15      1.0736     12.1900      2.7779      0.0932      18      0.6305
   16     15.3879      4.7520      3.1747      0.1068      25      1.1426
   17      0.3579     13.4297      2.7779      0.0813      25      0.6641
   18      0.3579     14.6693      2.7779      0.0788      25      0.8117
   19      1.0736     15.4957      2.7779      0.0951      26      0.8668
   20      1.0736     17.1486      2.7779      0.0892      26      0.9202
   21      6.4415      5.3719      6.3495      0.3821      33      0.3061
   22      2.1472     11.5702      2.7779      0.0634      18      0.8156
   23      2.1472     16.1156      3.1747      0.0925      26      0.8374
   24      2.1472      2.4793      3.1747      0.0730       2      0.8270
   25      2.1472      7.0247      3.1747      0.0701      10      0.8390
   26      3.2207      2.2727      3.1747      0.0815      11      0.8168
   27      5.0100      5.3719      3.5716      0.0883      12      0.7543
   28      3.2207      7.2313      3.1747      0.0925      19      0.7912
   29      3.2207     16.3222      3.1747      0.0924       3      0.9052
   30      4.2943      2.8925      3.5716      0.0637      11      0.6939
   31      4.2943      6.1983      3.1747      0.0449      19      0.9075
   32      3.2207     11.7768      2.7779      0.0965      27      0.8522
   33      4.2943      1.6529      3.5716      0.0762      11      0.7217
   34      5.0100     -0.8264      3.1747      0.0719       4      0.9252
   35      4.2943     -1.6529      3.1747      0.0947       3      0.7191
   36      5.0100      0.8264      3.5716      0.0931       4      0.8859
   37      5.0100      4.1322      3.5716      0.0895      12      0.6847
   38      4.2943      7.8512      3.1747      0.1217      19      0.8602
   39      5.0100      9.9173      3.1747      0.0722      20      0.7067
   40      4.2943     12.3966      2.7779      0.0860      27      0.8027
   41      8.5886      0.8264      6.3495      0.3709      34      0.3396
   42      4.6522     10.9503      2.7779      0.0913      27      0.9407
   43      5.0100     14.8759      3.1747      0.0954      28      0.9944
   44      4.2943     15.7024      3.1747      0.0777       3      1.0349
   45      5.0100     13.2230      2.7779      0.0693      28      0.8630
   46      5.0100      8.6776      3.1747      0.0637      20      0.7414
   47      6.0836      4.7520      3.5716      0.0422      12      0.8518
   48      6.4415      4.5454      6.3495      0.0217      33      0.5215
   49      6.0836     -0.2066      3.5716      0.0756       4      0.8168
   50      7.1572      0.0000      3.5716      0.0678      13      0.9396
   51      6.0836     13.8429      3.1747      0.0832      28      0.7380
   52      6.0836      9.2974      3.1747      0.0611      20      0.7324
   53      8.2308      0.6198      3.5716      0.0494      13      0.7705
   54      6.4415      8.2644      6.3495      0.0001      33      3.1980
   55      7.1572     14.0495      2.7779      0.0836       5      0.9995
   56      7.5150      4.7520      3.9684      0.0688      21      0.5987
   57      7.1572      9.5041      3.1747      0.0815      29      0.9454
   58      8.5886      9.9173      3.1747      0.0778      29      0.7901
   59      8.5886     -4.1322      3.1747      0.0836       5      0.7437
   60      8.9465     -3.0991      3.1747      0.0828       6      0.8852
   61      8.5886     -0.8264      3.5716      0.0864      13      0.9534
   62      9.3043      1.6529      3.9684      0.0578      14      0.7270
   63      9.3043      2.8925      4.3653      0.0877      14      0.6345
   64      8.5886      5.3719      3.9684      0.0716      21      0.8017
   65      8.5886      8.6776      3.1747      0.0820      29      0.8163
   66      8.9465      7.6446      3.1747      0.0800      22      0.7911
   67      8.9465     12.1900      2.7779      0.0707      30      0.7465
   68      8.5886     13.2230      2.7779      0.1009       5      1.2674
   69      8.9465     10.9503      3.1747      0.0791      30      0.8684
   70      8.9465     -1.8595      3.1747      0.0652       6      0.7091
   71      8.5886      4.1322      4.3653      0.0723      21      0.8450
   72      8.9465      6.4049      3.5716      0.0623      22      0.8477
   73     10.3779     -2.2727      3.1747      0.1011       6      0.9427
   74     10.3779      2.2727      3.9684      0.0747      14      0.8977
   75     12.5251      3.0991      3.1747      0.0687      23      0.8693
   76     10.3779      7.2313      3.1747      0.1022      22      0.9723
   77      9.3043      0.4132      6.3495      0.0302      34      0.5387
   78     11.4515      2.4793      3.5716      0.0613      23      0.7498
   79     10.3779     11.7768      2.7779      0.0898      30      0.9793
   80     11.0936     -2.2727      3.1747      0.0789      15      0.9975
   81     12.8829      0.8264      3.1747      0.1744      16      0.9605
   82     11.4515      7.0247      3.1747      0.0660      31      0.6397
   83     13.2408      3.9256      3.1747      0.0965      24      0.7666
   84     11.4515     11.5702      2.7779      0.0903       7      0.8195
   85     12.5251     -1.4463      3.1747      0.0567      15      0.9822
   86     12.8829      5.3719      3.1747      0.0782      24      0.9060
   87     12.5251      7.6446      3.1747      0.0805      31      0.7712
   88     12.5251     -6.4049      2.7779      0.0773       7      0.7191
   89     13.2408     -0.6198      3.1747      0.0851      16      0.6905
   90     12.5251      6.4049      3.1747      0.0700      31      0.7426
   91     12.8829      8.6776      3.1747      0.0764      32      0.8669
   92     12.8829     -5.3719      2.7779      0.0903       8      0.9428
   93     13.2408     -3.9256      2.7779      0.0720       8      0.7511
   94     12.5251     -3.0991      3.1747      0.0814      15      0.9072
   95     12.8829      9.9173      2.7779      0.0747      32      0.8393
   96     12.5251     10.9503      2.7779      0.0970       7      1.1938
   97     14.3144      0.0000      3.1747      0.0645      16      0.8842
   98     14.3144      4.5454      3.1747      0.0660      24      0.8745
   99     14.3144     -4.5454      2.7779      0.0810       8      0.8951
  100     14.3144      9.5041      2.7779      0.0959      32      0.9199
  -------------------------------------------------------------------------
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

soft study 计算资源

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
有志者，事竟成。
1楼2014-11-11 16:53:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Illusionist

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-11-12 01:28:39
笑笑愁: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-12 09:43:46
One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the correct total core charge. It is essential to do a few calculations, increasing NG(X,Y,Z)F until the total charge is correct.
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-11 20:51:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
引用回帖:
2楼: Originally posted by Illusionist at 2014-11-11 20:51:44
One finally note is that you need a fine fft grid to accurately reproduce the correct total core charge. It is essential to do a few calculations, increasing NG(X,Y,Z)F until the total charge is corr ...

I still don't know what to do. Can you be more specific ? I mean which software should be used, what method is needed, what steps could be followed. Many thanks.
赞一下 回复此楼
有志者，事竟成。
3楼2014-11-12 09:46:22
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bird007

荣誉版主 (职业作家)

踩单车的季节

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
笑笑愁: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-11-12 16:31:20
笑笑愁: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-11-12 17:15:24
ACF中CHARGE所对应的列是每个原子的电荷，减去未成键状态原子的电荷即为原子的电量。
赞一下 回复此楼
一日,老师在课堂上教偶认字——帅.偶百思不得其解,正在这时,同桌mm递来一面镜子,偶照之,顿时恍然大悟......[此广告位招商！][此广告位招商！]
4楼2014-11-12 14:20:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
引用回帖:
4楼: Originally posted by bird007 at 2014-11-12 14:20:30
ACF中CHARGE所对应的列是每个原子的电荷，减去未成键状态原子的电荷即为原子的电量。

NUMBER OF ELECTRONS:         8.6116
你看ACF中的这一行，不能简单的减去未键原子的电子数吧；应该跟量化时选取的电子数有关
赞一下 回复此楼
有志者，事竟成。
5楼2014-11-12 16:34:20
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bird007

荣誉版主 (职业作家)

踩单车的季节
引用回帖:
5楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-11-12 16:34:20
NUMBER OF ELECTRONS:         8.6116
你看ACF中的这一行，不能简单的减去未键原子的电子数吧；应该跟量化时选取的电子数有关...

NUMBER OF ELECTRONS:         8.6116
这个指的是所有原子总的电荷
赞一下 回复此楼
一日,老师在课堂上教偶认字——帅.偶百思不得其解,正在这时,同桌mm递来一面镜子,偶照之,顿时恍然大悟......[此广告位招商！][此广告位招商！]
6楼2014-11-12 16:39:33
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bird007

荣誉版主 (职业作家)

踩单车的季节
我算的Ca/MoS2 ACF 如下

  #         X           Y           Z        CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1      2.0003      2.9682     13.9030      6.8067      1.1113     27.7434
    2      1.9752      2.9931     10.8320      6.5462      1.0916     80.9959
    3      4.7557      4.6110     14.0352      6.7350      1.1101     40.1176
    4      4.7482      4.6037     10.6896      6.5118      1.0671    122.0679
    5      2.0004      6.2537     13.8956      6.8123      1.1041     27.7097
    6      1.9753      6.2154     10.8250      6.5471      1.1014     84.6901
    7      4.7107      7.8182     13.8865      6.8080      1.1114     27.4788
    8      4.7402      7.8116     10.8153      6.5330      1.0912     79.9445
    9      1.0567      4.6155     15.7719      8.8684      1.0709    315.3102
   10      0.9361      1.4001     12.3579      4.9657      1.0424     13.3623
   11      3.8822      3.1008     12.3477      4.9635      1.0327     13.4132
   12      1.0486      4.6076     12.3744      4.9468      1.0282     13.1829
   13      3.8824      6.1140     12.3410      4.9556      1.0425     13.2989
--------------------------------------------------------------------------------
   NUMBER OF ELECTRONS:       82.00000
赞一下 回复此楼
一日,老师在课堂上教偶认字——帅.偶百思不得其解,正在这时,同桌mm递来一面镜子,偶照之,顿时恍然大悟......[此广告位招商！][此广告位招商！]
7楼2014-11-12 16:42:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
引用回帖:
7楼: Originally posted by bird007 at 2014-11-12 16:42:05
我算的Ca/MoS2 ACF 如下

  #         X           Y           Z        CHARGE     MIN DIST    ATOMIC VOL
--------------------------------------------------------------------------------
    1     ...

NUMBER OF ELECTRONS:         8.6116
这个指的是所有原子总的电荷
我明白总电荷。但是我算的体系是C32O2，这么多原子只有8.6个电子。如何理解
赞一下 回复此楼
有志者，事竟成。
8楼2014-11-12 16:45:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bird007

荣誉版主 (职业作家)

踩单车的季节
引用回帖:
8楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-11-12 16:45:46
NUMBER OF ELECTRONS:         8.6116
这个指的是所有原子总的电荷
我明白总电荷。但是我算的体系是C32O2，这么多原子只有8.6个电子。如何理解...

我的是用VASP算的电荷密度，然后bader得到的
你的是MS不知道和VASP有区别没
赞一下 回复此楼
一日,老师在课堂上教偶认字——帅.偶百思不得其解,正在这时,同桌mm递来一面镜子,偶照之,顿时恍然大悟......[此广告位招商！][此广告位招商！]
9楼2014-11-12 17:02:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
引用回帖:
9楼: Originally posted by bird007 at 2014-11-12 17:02:30
我的是用VASP算的电荷密度，然后bader得到的
你的是MS不知道和VASP有区别没...

所以，我不明白这一点
赞一下 回复此楼
有志者，事竟成。
10楼2014-11-12 17:14:57
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 笑笑愁 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭