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刘小伟110

木虫 (小有名气)

[交流] vasp中有关自旋

最近看来一些文献，也做了一些优化，但是遇到了一些问题，求各位大虾帮忙解答。。
1.文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋，All calculations utilize spin polarization，为什么加入自旋呢，这些氧化物貌似没有磁性的？
2.如果加入自旋的话，是不是只在INCAR里设置ISPIN=2就行了呢，MAGMOM，和NUPDOWN，就不用设置，用默认值呢？
3.假如OH和H共吸附在Al2O3上，得到稳定吸附，是不是只考虑总能最低（total energy负值最小）就好呢，还需要考虑单重态和三重态问题吗？
4.如果三重态不如单重态稳定，那么是不是就可以去单重态的计算为最终结构，最终能量呢？
5.如果是单重态，在INCAR里可不可以不设置，选择默认值呢？
求大虾指教、。。。。
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1楼 2014-03-14 10:41:44
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jpchou

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franch: 金币+5, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:34:23
谢谢您的回复，有几个问题。。。
1.吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在
> 那么也就是说吸附的分子之间存在自旋了？

嗯~ 因為根據你說的  "文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋"
如果文獻是可信賴且正確的
那~會加入自旋計算表示系統一定有磁性
但~如同你說說，氧化物表面應該是沒有磁性
所以推論系統磁性是發生在吸附物上面
就我所知過渡金屬(transition metal)原子吸附的確是會發生這樣的事

2. "一般情況" ISPIN=2，vasp 就會自動幫你找到最佳的自旋態
>就是设置ISPIN=2，MAGMOM不用设置，为默认值，如果要设置的话,slab+absorbate共50个，MAGMOM=50*1对不对呢？还有就是默认值MAGMOM= NIONS*1.0 forISPIN= 2,NIONS是不是就是原子总数呢？

是，是
假設N顆原子~ 就用 MAGMOM=N*1
不過這樣做，做跟沒做是一樣的，因為默認值就是這樣
如果有兩種原子，第一種 12 顆，第二種 7 顆
那 MAGMOM 可寫成
MAGMOM = 12*1  7*0   或
MAGMOM =  2*1  10*2  7*0   或
MAGMOM = 4*2  3*5  7*1  5*6
就是要有 19 個數字給它就是了

3. ? 默認值? 那一個參數的默認值?vasp 的參數 MAGMOM 的默認值是  "每顆原子初使 spin moment = 1"
   不代表整個系統算完就是單重態
>单重态的话，默认值是不是NUPDOWN呢，如果我设置ISPIN=2，NUPDOWN=1的话是不是单重态呢？=3的话是不是就是三重态呢？

NUPDOWN 沒有默認值，你沒在 INCAR 內加入它， vasp 是不會去使用它的
NUPDOWN 就是 spin up 跟 spin down 之電子的差
NUPDOWN = 0 -> S=0,    2S+1 = 1 = SINGLET
NUPDOWN = 1 -> S=1/2, 2S+1 = 2 = DOUBLET
NUPDOWN = 2 -> S=1,    2S+1 = 3 = TRIPLET

[ Last edited by jpchou on 2014-3-14 at 21:35 ]
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刘小伟110
4楼2014-03-14 21:08:35
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jpchou

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fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-03-14 18:31:57
刘小伟110: 金币+10 2014-03-14 19:37:50
1.文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋，All calculations utilize spin polarization，为什么加入自旋呢，这些氧化物貌似没有磁性的？

> 吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在

2.如果加入自旋的话，是不是只在INCAR里设置ISPIN=2就行了呢，MAGMOM，和NUPDOWN，就不用设置，用默认值呢？

> "一般情況" ISPIN=2，vasp 就會自動幫你找到最佳的自旋態

3.假如OH和H共吸附在Al2O3上，得到稳定吸附，是不是只考虑总能最低（total energy负值最小）就好呢，还需要考虑单重态和三重态问题吗？

> 對於未知系統，為求研究完整性，會去確認自旋態
   無自旋，單重，三重，那一個總能最低~
   就能確認穩定吸附態

4.如果三重态不如单重态稳定，那么是不是就可以去单重态的计算为最终结构，最终能量呢？

> 是

5.如果是单重态，在INCAR里可不可以不设置，选择默认值呢？

> ? 默認值? 那一個參數的默認值?
   vasp 的參數 MAGMOM 的默認值是  "每顆原子初使 spin moment = 1"
   不代表整個系統算完就是單重態
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前田庆次
2楼2014-03-14 17:23:00
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jpchou

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刘小伟110: 金币+1 2014-05-02 18:03:14
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:07:11
???????:
16?: Originally posted by ??С?110 at 2014-04-03 22:23:42
jpchou????????ò??????????????????????????????????????????????????????鷳???????
???????????????????????????????????
1. ???vasp tools?????????????????????б????????? ...

>>??????Vasp TST Tools?????????????????????????????????????????????????о??????????CNEB????????????????????asp?????NEB??????????????????????????

VTST ????? vtstscripts.tar.gz ???? perl ??????? shell script ????????|??~ ???^?@??????????????g??


2. ??????NEB?????????????????????????????????4??image01 02 03 04???????????????????????????02 03????POSCAR??????????????02 03??????CONTCAR????????

?@....... ?@??????Y?????L??N??????????y???L??N??
?????X???????????~???????


3. ????4????????????????????????????????β??????????????????????????????????????ж?????ǹ????????????Щ??

?Д??^?ɑB?????????? phonon
?@???????????I???^?ɑB?о????????v?v

4.???????OUTCAR?????????????
  tangential force (eV/A)        -0.044742
  left and right image   0.601145  0.557231 A
???tangential force?0???????????????????????tangential force???0???????????????????????????????????????о???left and right image????????

???????~????????????
??????????????????@??
http://muchong.com/html/201006/2147544.html

5. ????01 04???????????????????????????????????У??????????????????02 03????治????岻??????????
????????????θ?л????????

??????????c??????U??????
???c????c~?@?????攵?c?????^????????
?^?ɑB?????????????????
?? NEB ??????????????^?ɑB
?????X?? potential energy surface (PES) ???^??????^?ɑB
?? PES ??????Y?~~
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刘小伟110
17楼2014-04-04 00:46:26
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jpchou at 2014-03-14 17:23:00
1.文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋，All calculations utilize spin polarization，为什么加入自旋呢，这些氧化物貌似没有磁性的？

> 吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能&quo ...

谢谢您的回复，有几个问题。。。
1.吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在
> 那么也就是说吸附的分子之间存在自旋了？
2. "一般情況" ISPIN=2，vasp 就會自動幫你找到最佳的自旋態
>就是设置ISPIN=2，MAGMOM不用设置，为默认值，如果要设置的话,slab+absorbate共50个，MAGMOM=50*1对不对呢？还有就是默认值MAGMOM= NIONS*1.0 forISPIN= 2,NIONS是不是就是原子总数呢？
3. ? 默認值? 那一個參數的默認值?vasp 的參數 MAGMOM 的默認值是  "每顆原子初使 spin moment = 1"
   不代表整個系統算完就是單重態
>单重态的话，默认值是不是NUPDOWN呢，如果我设置ISPIN=2，NUPDOWN=1的话是不是单重态呢？=3的话是不是就是三重态呢？
求指教。。。
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3楼2014-03-14 20:19:56
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前田庆次

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2楼: Originally posted by jpchou at 2014-03-14 17:23:00
1.文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋，All calculations utilize spin polarization，为什么加入自旋呢，这些氧化物貌似没有磁性的？

> 吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能&quo ...

虽然看不太懂，但是jpchou前辈的这段话收藏了
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5楼2014-03-15 10:23:44
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刘小伟110

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4楼: Originally posted by jpchou at 2014-03-14 21:08:35
谢谢您的回复，有几个问题。。。
1.吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在
> 那么也就是说吸附的分子之间存在自旋了？

嗯~ 因為根據你說的  "文献中，分子或者原子在MgO，V2O5, ...

首先谢谢您的回复，没法给您金币了，送个花吧。。。
我看了vasp手册，还有几个问题，想确认一下，希望您能让我明了，再次谢谢您。。。
1. 对于没有未成对电子，是不是就不用设置NUPDOWN了呢？设置ISPIN=2,NUPDOWN=2是不是就能计算三重态了呢？如果不设置NUPDOWN，是不是vasp默认计算的都是单重态呢？
2. 如果我加入自旋，设置ISPIN=2(MAG默认)，和我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM=47*0 3*1，是不是结果是一样的呢？如果底物没有磁性的话
3. 50个原子，选择MAG默认后，OUTCAR中磁矩在不断减小，一直到0.0015，是不是说明与设置的MAGMOM不符，一直在找最符合呢？如果最小是0.0015，是不是要把INCAR 里的MAGMOM改为0.0015呢
4.在搜寻过渡态的时候用不用考虑单重态还是三重态呢？
5.未加自旋优化的结构，然后添加自旋；和直接加入自旋优化的结构，你感觉会有什么差别呢？出于收敛速率
期待您的回复。。。
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6楼2014-03-16 17:38:13
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jpchou

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franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:10
1. "???????δ????????????????????NUPDOWN?????"
>   ?]??δ?????? -> ?]?д??? -> NUPDOWN=0
     ????O?? NUPDOW=0 ?????????O???????Y?????

"????ISPIN=2,NUPDOWN=2?????????????????????"
NUPDOWN = 0 -> S=0,    2S+1 = 1 = SINGLET
NUPDOWN = 1 -> S=1/2, 2S+1 = 2 = DOUBLET
NUPDOWN = 2 -> S=1,    2S+1 = 3 = TRIPLET

?????????NUPDOWN???????vasp?????????????????
> ?]???@?N?f??
   ?]???O?? NUPDOWN?? vasp ?????????
   ????????? moment=1
   ???????????B??????????????B???@?????????y?Y?????ó???Y??

2. ??????????????????ISPIN=2(MAG???)??????????(47????????????3??)??MAGMOM=47*0 3*1????????????????????????????д?????
> ????? ????????N? substrate?
   ???f"??????(47????????????3??)??MAGMOM" ~ ?@?e?????????? 47 ???????
   ?@ 47 ????????а??? 3 ????????? ???]?????
   ?????? "?????????д?????"~ ??~~????????? ??????????N?|??? ?Пo?????

3. 50?????????MAG????OUTCAR?д????????С??????0.0015?????????????????MAGMOM?????????????????????????С??0.0015??????????INCAR ???MAGMOM???0.0015??
> ??
   ????????????Y???????f~??С?? 0.0015
   ??......?????????????? ???????????? INCAR ?? MAGMOM ??? 0.0015 ?????N??
   ??..... ??????.....

4.????????????????ò??????????????????????
> ????N?????@?N????

5.δ?????????????????????????????????????????????????о?????????????????????????
> ????????f??"δ?????????????????????????" ?@????????????^?????^??_????????B
   ??]????H???^?^??N???????r?g??..
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刘小伟110
10楼2014-03-17 03:37:30
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刘小伟110

木虫 (小有名气)
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引用回帖:
10楼: Originally posted by jpchou at 2014-03-17 03:37:30
1. "对于没有未成对电子，是不是就不用设置NUPDOWN了呢？"
>   沒有未成對電子 -> 沒有磁性 -> NUPDOWN=0
     你要設定 NUPDOW=0 也可以，不設也可以，結果一樣

"设置ISPIN=2,NUPDOW ...

谢谢前辈的解释，很受启发。。。容我再无耻的请教您几个问题吧
1.  如果我加入自旋，设置ISPIN=2(MAG默认)，和我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM=47*0 3*1，是不是结果是一样的呢？如果底物没有磁性的话
> 底物? 底物是什麼? substrate?
   你說"我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM" ~ 這裡你指的底物是 47 個原子嬤?
   這 47 個原子是有包括 3 個吸附物? 還是沒包括?
   你又提到 "如果底物没有磁性的话"~ 那~~吸附物呢? 吸附物是什麼東西? 有無磁性?
>>我这里说47个原子是底物，而3个原子是吸附物，假设底物没有磁性而吸附物有磁性，这样设置MAGMOM没啥问题吧？
2. 在搜寻过渡态的时候用不用考虑单重态还是三重态呢？
> 為什麼會有這種想法??
>>如果反应物是单重态稳定，而中间体是三重态稳定的时候，在两者之间找过渡态，那岂不是也要设置NUP吧，该怎么做呢？
3. 对于MgO，V2O5,Al2O3这些金属氧化物，设置不同的ISMEAR有什么影响呢，对于结构和能量？金属氧化物是不是设置ISMEAR = 0; SIGMA = 0.05比较好呢。。。
期待您的解答，万分感谢。。。
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12楼2014-03-18 22:22:29
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jpchou

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???????:
12?: Originally posted by ??С?110 at 2014-03-18 22:22:29
лл???????????????????????????????????????????????
1.  ??????????????????ISPIN=2(MAG???)??????????(47????????????3??)??MAGMOM=47*0 3*1????????????????????????????д?????
&g ...

>>???????47????????????3??????????????????????д???????????д????????????MAGMOM????????

?]???}
?????O?? MAGMOM ???]???O?? MAGMOM???Y??????????????
???y?f???????y????N

>>??????????????????????м???????????????????????????????????????????????NUP?????????????

??~???
????^?ɑB??????????????????????
?????????]???????B~??????????}?s
????????A???^?ɑB??spin????????????O?? NUPDOWN

3. ????MgO??V2O5,Al2O3??Щ?????????????ò????ISMEAR??????????????????????????????????????????ISMEAR = 0; SIGMA = 0.05???????????

ISMEAR ???O??
?????X??~????? "??????" ?c "???Y??" ????^???@
??K?????????c?Y????????????????
?@???????????????Q?? wavefunction ?? partial occupation
??????????]?? gap ????????? "???h" ?? ISMEAR=1
?????????? gap??"???h" ?? ISMEAR=0 or -5
??????c?Y?????^?c????~??????????????????????
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刘小伟110
13楼2014-03-18 23:35:26
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刘小伟110

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13楼: Originally posted by jpchou at 2014-03-18 23:35:26
>>我这里说47个原子是底物，而3个原子是吸附物，假设底物没有磁性而吸附物有磁性，这样设置MAGMOM没啥问题吧？

沒問題
但有設定 MAGMOM 跟沒有設定 MAGMOM，結果會不會一樣呢?
很難說，要看系統是什麼
...

对于前辈的指点，是very very感谢。。。还是有个问题，还想问您。。。不好意思。。。
1. 对于LREAL的设置，FALSE是在倒空间进行计算，；Auto 应该是在实空间进行吧（也有说是自动选择空间，不太清楚），但是如果用FALSE进行，vasp会提示用Auto比较好，但是好多文献都用平面波基组，而非积分球法啊？这有什么区别呢。。。
2. 我在做vasp计算时总出现   WARNING: If single coordinates had been selected the selection of coordinates  is made according to the corresponding   d i r e c t   coordinates! Don't support selection of single cartesian coordinates -- sorry ...，他的意思是不是我用的笛卡尔坐标输入POSCAR，输出的话不会是笛卡尔，只会是分数坐标呢。。。
3. 使用vasp tools的脚本文件，是不是可以不进行编译，直接复制到vasp的根目录下进行呢？
期待您的解答，谢谢。。。
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14楼2014-03-23 10:17:52
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jpchou

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franch: 金币+5, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:39
???????:
14?: Originally posted by ??С?110 at 2014-03-23 10:17:52
??????????????very very??л???????????и????????????????????????????????
1. ????LREAL???????FALSE??????????м?????Auto ?????????????а??????????????????????????????????? ...

1. ????LREAL???????FALSE??????????м?????Auto ?????????????а???????????????????????????????????FALSE???У?vasp???????Auto????????????????????沨???飬?????????????????????????????
> ???ε??f??LREAL=Auto ?????  "?? LREAL=.F. ??? LREAL=.T. ~ ? VASP ????Д????"
   vasp ??????沨??????????w?????????g?????g~???a?????

2. ??????vasp??????????   WARNING: If single coordinates had been selected the selection of coordinates  is made according to the corresponding   d i r e c t   coordinates! Don't support selection of single cartesian coordinates -- sorry ...???????????????????????????????POSCAR???????????????????????????????????????
> ???ě]???^?@??~??????????
   ????????? IBRION=1 ??????F?@???
   ???h???? IBRION=2 (CG algorithm)
   IBRION ???????????  http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/guide/node110.html

3. ???vasp tools?????????????????????б??????????vasp?????????????
> ? ???????
   ?_??~????? shell script ????
   shell script ???????
   ??? chmod ????
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刘小伟110
15楼2014-03-24 02:26:24
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刘小伟110

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15楼: Originally posted by jpchou at 2014-03-24 02:26:24
1. 对于LREAL的设置，FALSE是在倒空间进行计算，；Auto 应该是在实空间进行吧（也有说是自动选择空间，不太清楚），但是如果用FALSE进行，vasp会提示用Auto比较好，但是好多文献都用平面波基组，而非积分球法啊？这 ...

jpchou前辈好，好久不见，最近打篮球脑震荡了，就没思考问题。。。哈哈。。又来给你找麻烦了。。。
前面的问题都得到了解决，还想问您几个问题。。
1. 使用vasp tools的脚本文件，是不是可以不进行编译，直接复制到vasp的根目录下进行呢？
> ? 看不懂?
   腳本~也就是 shell script 對吧
   shell script 是不用編輯
   只需 chmod 即可
>>就是在Vasp TST Tools上下载的脚本，比如关于过渡态插点的，可不可以直接用啊。。。还有就是如果想用CNEB搜素过渡态的话（现在只有asp自带的NEB），是不是要编译呢，不太会。。。
2. 现在用NEB搜寻过渡态，如果在反应物和产物之间线性插入4个image01 02 03 04，没有找到鞍点的话，继续插点，是在02 03之间的POSCAR之间插点呢，还是在02 03优化后的CONTCAR之间插点呢？
3. 在这4个点中总有一个能量最高点，是不是要把每一次插点的能量最高点计算虚频呢？那岂不是要计算很多。。。判断是不是过渡态的标准有哪些？
4.有人说看OUTCAR最后一步坐标下的
  tangential force (eV/A)        -0.044742
  left and right image   0.601145  0.557231 A
如果tangential force为0则为鞍点，这对不对呢？我有一个tangential force不为0，但是再插点，没有找到比这更高测度能量了。。。还有就是left and right image什么意思呢？
5. 由于01 04比较接近与固定的两个端点，优化必定会向两端点进行，那岂不是鞍点只会出现在02 03中吗？存不存在插不出过渡态呢？
期待你的回复，再次感谢。。。。
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16楼2014-04-03 22:23:42
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刘小伟110

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17楼: Originally posted by jpchou at 2014-04-04 00:46:26
>>就是在Vasp TST Tools上下载的脚本，比如关于过渡态插点的，可不可以直接用啊。。。还有就是如果想用CNEB搜素过渡态的话（现在只有asp自带的NEB），是不是要编译呢，不太会。。。

VTST 上面的 vtstscri ...

jpchou前辈，好久不见,你还好吧？最近忙的很，也不知在忙什么，难道我为去虫友互识蓄势。。。。唉，瞎忙。。。每次找你都得添点麻烦，过意不去。。。我想问您几个问题，麻烦您给解释一下，谢谢了。。。
1. 先前问过您，我在VTST上面下载的vtstscripts.tar.gz ，我该怎么用呢，就是要怎么安装呢，因为我没安装过vasp，所以也不知道把这个压缩文件放在哪里，主要是想用CINEB，都说NEB算出来的能垒偏小。。。这个问题蛮幼稚的，您就骂我小白吧。。
2. 我在搜寻过渡态，能量最高值进行频率计算，总能找到唯一虚频，得到的有点容易，我在想这个f/i的值有要求吗？是不是要大于某个值才算呢？是不是我弛豫原子数目有点少的原因（只弛豫吸附分子）
3. 我在计算中间体的时候，假如为H2O,中间体为HO,H。找到H和OH单一的最稳定吸附位，在各自稳定位计算最稳定的共吸附，但是优化完之后，OH和H又结合为H2O了，这是怎么回事呢，是不是我要改变一下共吸附时OH和H的相对高度呢？
4. 在什么情况下，需要考虑远程作用范德华力的影响呢，这个范德华力是不是就是周期性条件吸附分子之间的相互作用？
5. 最近遇到了一个灾难，绝对是一个灾难。。。要计算分子吸附过程的速率常数。吸附过程没有能垒也没有过渡态，怎么用TST理论计算呢，文献中把计算反应的能垒Ea改为ΔG(计算过态度的G与气态分子之间的G之差)，这该怎么理解呢，怎么计算呢
6. 还有就是，前辈，我用小木虫问您，这是否是合理且有礼貌的方式呢。。。比如邮箱什么呢，我尽量不扰您，要不，我不思考，也会显得太幼稚。。。哈哈
期待您的解答，再次感谢。。。
vasp中有关自旋
306EVTWPH8R@GUS8`_S8YG2.jpg
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18楼2014-05-02 19:17:13
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jpchou

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franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:07:55
刘小伟110: 金币+5 2014-05-14 17:20:23
???????:
18?: Originally posted by ??С?110 at 2014-05-02 19:17:13
jpchou???????ò???,???????????????????????????????????????????????????????????????????????????鷳??????????????????????????????鷳????????????лл???????
1. ??? ...

1. ??????????????VTST?????????vtstscripts.tar.gz ??????????????????????????????????????vasp????????????????????????????????????????CINEB?????NEB????????????С?????????????????????????????С??ɡ???

> ?@??? LINUX ???}
   vtstscripts.tar.gz ?e?棬??????]??e??????????? perl ?n
   ?????????????? PATH ?e??????? (???....  /home/???/bin  ???)
   ????.... ????v????.... ?@..... ?@????????Щ linux ???P???
   ?@Щ???? linux ?????????????v??????

   ???????????????? VASP????????????
   ????????? Henkelman's group  ?_?l??С????? (vtstscripts.tar.gz) ?
   ???????? Henkelman's group  ?_?l?? CNEB + vasp ?? ?
   ?@????????????????????????????н?Q?????????VASP??????a?????Q

2. f/i ?@???..... ???????
   ???@?????С???????????`???????????? 0
   ??~???^ "??С" ?????С??? ????]???????_???????@??????????y????
   

3. ????????м???????????H2O,?м????HO,H?????H??OH??????????????λ??????????λ??????????????????????????????OH??H?????H2O?????????????????????????????????????OH??H??????????
> ????????@???}??y?????
   ???o????????????y????l????N??
   1) H and OH ??????N?|??????? ????? ???F?? (cluster) ?
   2) ??y??? ?
   3) ??????????????? ????λ??????????
   ???ξ???????????????f
   OH??H??Y??? H2O.... ???..... ?????O?????y????????z????????? H2O
   ??????f~???? H ?? OH ??????????γ? H2O ..............
   ???@???????????]?л????????.... ??????治????λ?????....

4. ???????????????????????÷?????????????????????????????????????????????????????????????
> ?????????????????y????r??????????] (???????U?)
   http://zh.wikipedia.org/wiki/%E8 ... 3%E6%96%AF%E5%8A%9B
   ?ú????"????????"????x
   ?@???L???L????, ?K?o????P?S

5. ??????~ ??????....?

6. ??W???L
   ???????~??M?? ^__^
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19楼2014-05-04 04:23:53
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19楼: Originally posted by jpchou at 2014-05-04 04:23:53
1. 先前问过您，我在VTST上面下载的vtstscripts.tar.gz ，我该怎么用呢，就是要怎么安装呢，因为我没安装过vasp，所以也不知道把这个压缩文件放在哪里，主要是想用CINEB，都说NEB算出来的能垒偏小。。。这个问题蛮 ...

jpchou前辈，谢谢您回复，我仔细想了一下，仍有几个问题想要请教您，望您能给与一定的解答。
1.  其实我想用Henkelman's group开发的小程式，在过渡态计算时，自动插点；用 Henkelman's group开发的 CNEB + vasp去寻找过渡态。后者要自己重新编译vasp吗？
2.  在进行热力学计算时，转动熵或者转动配分函数中，都要涉及到转动惯量的计算，多原子分子的转动惯量该怎么计算呢，比如H2O的各个方向转动惯量Ix，Iy，Iz，是不是有个表呢
3. 前几天我计算了一个稳定气态分子的吸附，并找了一下频率，按理说，应该没有虚频的，难道不稳定，可是已经达到收敛标准了啊，怎么会有虚频呢，能不能消除呢？我是不是过分执着啦
4. 范德华力校正是不是就是传说中的偶极校正呢，如果一个非极性分子吸附在金属表面上，是分子与面的作用，还是分子周期性的作用呢？但是我原来看过，偶极校正就是最顶层版和最底层板是否对称。我该怎么理解呢
5. 要是算Bader电荷分析的话，我的版本有点低，算不了，能不能自己升级呢，还是要重新自己买vasp高版本呢
期待你的解答，再次膜拜，万分感谢。。。
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20楼2014-05-14 21:54:09
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fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-07-17 08:24:28
???????:
20?: Originally posted by ??С?110 at 2014-05-14 21:54:09
jpchou?????лл???????????????????????м?????????????????????????????????
1.  ?????????Henkelman's group??????С?????????????????????????? Henkelman's group?????? CNEB + vasp? ...

1.  ?????????Henkelman's group??????С?????????????????????????? Henkelman's group?????? CNEB + vasp?????????????????????±???vasp??

> ???~??????????????VASP
   ??????????????????????????????(???????)

2.  ???????????????????????????????????У?????漰??????????????????????????????????????????????H2O????????????????Ix??Iy??Iz????????и?????

??????..................

3. ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????ǹ????????

> ?????l???С
   ?????С???t?ǔ???????}?????????
   ???????С???t????OUTCAR???????l?????? vibration mode
   ????? vibration mode ????С??λ????
   ???\?????
   ??????????l????

4. ???????У?????????????е????У?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????У???????????????????????????????????

> ????....?@??????????|??
   ???У???@??]??????^~????????????

5. ?????Bader??????????????汾?е?????????????????????????????????????vasp??汾??

> ?@???}????? CNEB+VASP ???
    ??????? source code (VASP)
    ???x?????о??
    ??????????????f??
    ????]??......???......?]??D
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刘小伟110
21楼2014-05-15 20:32:29
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21楼: Originally posted by jpchou at 2014-05-15 20:32:29
1.  其实我想用Henkelman's group开发的小程式，在过渡态计算时，自动插点；用 Henkelman's group开发的 CNEB + vasp去寻找过渡态。后者要自己重新编译vasp吗？

> 是地~後者是需要重新編VASP
   可以自己編 ...

jpchou前辈，好久不见，您还好吧。。。扎西德勒。。。
我又有问题要问您，打扰啦哈。。。
1. 对与一个分子吸附在表面，我算的是分子吸附，而我看的文献上说是自发的解离吸附（就是这个分子放上去，优化完之后，就解离了），请问这是什么原因呢，是哪里出错了呢？
2. 看到文献中，画的吸附结构的图都比较漂亮，而我用的chem3D画的比较丑，请问您能不能给推荐几个画结构图比较好的软件呢？
期待您的回复，在此谢过啦。。。
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22楼2014-07-16 22:10:56
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22楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2014-07-16 22:10:56
jpchou前辈，好久不见，您还好吧。。。扎西德勒。。。
我又有问题要问您，打扰啦哈。。。
1. 对与一个分子吸附在表面，我算的是分子吸附，而我看的文献上说是自发的解离吸附（就是这个分子放上去，优化完之后，就 ...

1. 对与一个分子吸附在表面，我算的是分子吸附，而我看的文献上说是自发的解离吸附（就是这个分子放上去，优化完之后，就解离了），请问这是什么原因呢，是哪里出错了呢？

??? "文献上说是自发的解离吸附（就是这个分子放上去，优化完之后，就解离了），请问这是什么原因呢"
你是要問 ???
什麼東西是 "什麼原因"
什麼東西出錯?
你是想要講~你計算結果發現沒有自動解離嬤???
????

2. 看到文献中，画的吸附结构的图都比较漂亮，而我用的chem3D画的比较丑，请问您能不能给推荐几个画结构图比较好的软件呢？

我自己都是用 VESTA or XCrysDen
畫面還不差
想要看起?砀鼌柡Φ母杏X
那可以用 VMD or opendx
不過這兩個軟體就沒有這麼好上手
要花很多功夫去學
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刘小伟110
23楼2014-07-16 23:52:28
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23楼: Originally posted by jpchou at 2014-07-16 23:52:28
1. 对与一个分子吸附在表面，我算的是分子吸附，而我看的文献上说是自发的解离吸附（就是这个分子放上去，优化完之后，就解离了），请问这是什么原因呢，是哪里出错了呢？

??? "文献上说是自发的解离吸附（ ...

jpchou前辈，谢谢您的回复。。。
1.>你是想要講~你計算結果發現沒有自動解離嬤???
>>我的意思是，文献中是自动解离吸附，而我算的是不解离的分子吸附；我想问我是不是算错了，但反复检查就是不解离，如果是我错了，你认为我出错在哪里了，我该怎么办？
2.>我自己都是用 VESTA or XCrysDen
>>我用VESTA试过，打开之后都不成键，如果设置键长的话，又会出现连接超晶胞之外的键和原子，而且有的原子在超胞的顶端，要是都弄好了，我该怎么导成图片格式呢？
还望你指教。。。
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24楼2014-07-17 21:19:50
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jpchou

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fzx2008: 金币+4, 谢谢指导 2014-07-30 23:55:26
???????:
24?: Originally posted by ??С?110 at 2014-07-17 21:19:50
jpchou?????лл????????????
1.>????????v~?????Y???l?F?]???????x?????
>>???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? ...

?????U????

   ???X??~?????? PAPER ????????@???????
      "????????????????????????"
    PAPER ???????f?@??y??? "?????x????"
    ???? PAPER ??????????ú???????????????????????x~ ???PAPER ????o??~???????

?P???????]???????x???????????c
1. ???????λ?ò??? (adsorption site)
   ??Q????: ?Q?? site ??
2. ?????????????? metastable state
   ??Q????: ???????????g????????_???????x metastable state
3. ?????????????? ENCUT or KPOINTS ?????@??????Y???????
   ??Q????: ??? ENCUT or KPOINTS
4. ?????????????`????? POTCAR ?????????o?e????Y????????e????????????]???
   ??Q????: ??????????м??м???z?????? input files

?? VESTA ??
File -> Export Raster Image
?????шD????? jpg, png .... ?????n??
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刘小伟110
25楼2014-07-17 22:42:05
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taoyanyaya

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4楼: Originally posted by jpchou at 2014-03-14 21:08:35
谢谢您的回复，有几个问题。。。
1.吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在
> 那么也就是说吸附的分子之间存在自旋了？

嗯~ 因為根據你說的  "文献中，分子或者原子在MgO，V2O5, ...

您好，请问没有设置NUPDOWN，体系计算出来磁矩是2点几，我设置了NUPDOWN=0，体系磁矩是0，这说明这个体系是否具有磁矩呢？
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26楼2015-01-20 16:42:58
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taoyanyaya

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3楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2014-03-14 20:19:56
谢谢您的回复，有几个问题。。。
1.吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在
> 那么也就是说吸附的分子之间存在自旋了？
2. "一般情況" ISPIN=2，vasp 就會自動幫你找到最佳的 ...

您好，请问不设置NUPDOWN，体系计算出来具有磁矩，设置了NUPDOWN=0，体系计算出来的磁矩是0，请问这样是否具有磁性呢？
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27楼2015-01-20 16:45:01
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刘小伟110

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25楼: Originally posted by jpchou at 2014-07-17 22:42:05
容我?U言幾句

   我覺得~很少有 PAPER 會直接用這樣的描述
      "分子放上去，优化完之后，就解离了"
    PAPER 內頂多會說這系統是會 "自動解離吸附"
    若是 PAPER 真的用英文寫得很 ...

jpchou前辈，好久好久不见，我又来麻烦您了呢。。。
现在想做关于LDA+U的计算，有几个问题想要请教您一下，还望您能指导！！
1.>所说的+U贯穿整个计算，是不是晶胞优化的时候，就开始+U计算了呢，+U与不+U的区别是不是只改变计算的总能，不改变结构呢？有的文献中给出的U值是一个范围，如果用U值最大的点，是不是影响计算速度呢？

2.>ADVICE TO THIS USER RUNNING 'VASP/VAMP'   (HEAR YOUR MASTER'S VOICE ...):  
                                                                           
You have switched METAGGA and/or ASPHERICAL radial calculations on but ions are moved based on forces.                                     METAGGA and ASPH change only the exchange and correlation energy.      
You might reconsider your choices.                                    
Current values: LASPH= T, and LMETAGGA= F
这是什么情况呢，不过计算还能进行，是不是不重要呢？GGA+U不是和LDA+U一样吗

3.>ALGO = F
LDAU= .TRUE.                    
LDAUTYPE = 2                    
LASPH = .TRUE.                  
LMAXMIX = 6                     
LDAUPRINT = 0                  
LDAUL = -1  3                  
LDAUU = 0.0    5.9              
LDAUJ = 0.0    0.9   
这样设置U=5的计算合理吗，是不是U和J随便设计呢，只要保持=5.
期待你的解答，再次膜拜，万分感谢。。。
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28楼2015-05-26 22:53:28
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jpchou

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28楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2015-05-26 22:53:28
jpchou前辈，好久好久不见，我又来麻烦您了呢。。。
现在想做关于LDA+U的计算，有几个问题想要请教您一下，还望您能指导！！
1.>所说的+U贯穿整个计算，是不是晶胞优化的时候，就开始+U计算了呢，+U与不+U的区 ...

我......我沒有做過 +U 計算....
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29楼2015-05-27 04:06:46
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yxlllzj1314

铁虫 (初入文坛)
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28楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2015-05-26 22:53:28
jpchou前辈，好久好久不见，我又来麻烦您了呢。。。
现在想做关于LDA+U的计算，有几个问题想要请教您一下，还望您能指导！！
1.>所说的+U贯穿整个计算，是不是晶胞优化的时候，就开始+U计算了呢，+U与不+U的区 ...

我测试过，只要有效u值一样，得到的结果几乎没差别。一般j值设置为有效u值的10%左右。
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30楼2016-01-04 21:34:10
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ailixue

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28楼: Originally posted by 刘小伟110 at 2015-05-26 22:53:28
jpchou前辈，好久好久不见，我又来麻烦您了呢。。。
现在想做关于LDA+U的计算，有几个问题想要请教您一下，还望您能指导！！
1.>所说的+U贯穿整个计算，是不是晶胞优化的时候，就开始+U计算了呢，+U与不+U的区 ...

你好，楼主，我刚接触vasp不久看你也计算过渡金属，我看你这个incar参数中LASPH = .TRUE.    LDAUPRINT = 0  这两个是什么意思啊，谢谢解答不胜感激
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31楼2016-12-12 15:42:14
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醒神星期一

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感谢各位的交流
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32楼2018-08-05 09:55:46
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2014-03-16 18:18   回复  
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