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[交流]
vasp中有关自旋
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最近看来一些文献，也做了一些优化，但是遇到了一些问题，求各位大虾帮忙解答。。 1.文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋，All calculations utilize spin polarization，为什么加入自旋呢，这些氧化物貌似没有磁性的？ 2.如果加入自旋的话，是不是只在INCAR里设置ISPIN=2就行了呢，MAGMOM，和NUPDOWN，就不用设置，用默认值呢？ 3.假如OH和H共吸附在Al2O3上，得到稳定吸附，是不是只考虑总能最低（total energy负值最小）就好呢，还需要考虑单重态和三重态问题吗？ 4.如果三重态不如单重态稳定，那么是不是就可以去单重态的计算为最终结构，最终能量呢？ 5.如果是单重态，在INCAR里可不可以不设置，选择默认值呢？ 求大虾指教、。。。。 |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:34:23
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:34:23
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谢谢您的回复，有几个问题。。。 1.吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在 > 那么也就是说吸附的分子之间存在自旋了？ 嗯~ 因為根據你說的 "文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋" 如果文獻是可信賴且正確的 那~會加入自旋計算表示系統一定有磁性 但~如同你說說，氧化物表面應該是沒有磁性 所以推論系統磁性是發生在吸附物上面 就我所知過渡金屬(transition metal)原子吸附的確是會發生這樣的事 2. "一般情況" ISPIN=2，vasp 就會自動幫你找到最佳的自旋態 >就是设置ISPIN=2，MAGMOM不用设置，为默认值，如果要设置的话,slab+absorbate共50个，MAGMOM=50*1对不对呢？还有就是默认值MAGMOM= NIONS*1.0 forISPIN= 2,NIONS是不是就是原子总数呢？ 是，是 假設N顆原子~ 就用 MAGMOM=N*1 不過這樣做，做跟沒做是一樣的，因為默認值就是這樣 如果有兩種原子，第一種 12 顆，第二種 7 顆 那 MAGMOM 可寫成 MAGMOM = 12*1 7*0 或 MAGMOM = 2*1 10*2 7*0 或 MAGMOM = 4*2 3*5 7*1 5*6 就是要有 19 個數字給它就是了 3. ? 默認值? 那一個參數的默認值?vasp 的參數 MAGMOM 的默認值是 "每顆原子初使 spin moment = 1" 不代表整個系統算完就是單重態 >单重态的话，默认值是不是NUPDOWN呢，如果我设置ISPIN=2，NUPDOWN=1的话是不是单重态呢？=3的话是不是就是三重态呢？ NUPDOWN 沒有默認值，你沒在 INCAR 內加入它， vasp 是不會去使用它的 NUPDOWN 就是 spin up 跟 spin down 之電子的差 NUPDOWN = 0 -> S=0, 2S+1 = 1 = SINGLET NUPDOWN = 1 -> S=1/2, 2S+1 = 2 = DOUBLET NUPDOWN = 2 -> S=1, 2S+1 = 3 = TRIPLET [ Last edited by jpchou on 2014-3-14 at 21:35 ] |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
4楼2014-03-14 21:08:35
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-03-14 18:31:57
刘小伟110: 金币+10 2014-03-14 19:37:50
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-03-14 18:31:57
刘小伟110: 金币+10 2014-03-14 19:37:50
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1.文献中，分子或者原子在MgO，V2O5,Al2O3的吸附都加入了自旋，All calculations utilize spin polarization，为什么加入自旋呢，这些氧化物貌似没有磁性的？ > 吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在 2.如果加入自旋的话，是不是只在INCAR里设置ISPIN=2就行了呢，MAGMOM，和NUPDOWN，就不用设置，用默认值呢？ > "一般情況" ISPIN=2，vasp 就會自動幫你找到最佳的自旋態 3.假如OH和H共吸附在Al2O3上，得到稳定吸附，是不是只考虑总能最低（total energy负值最小）就好呢，还需要考虑单重态和三重态问题吗？ > 對於未知系統，為求研究完整性，會去確認自旋態 無自旋，單重，三重，那一個總能最低~ 就能確認穩定吸附態 4.如果三重态不如单重态稳定，那么是不是就可以去单重态的计算为最终结构，最终能量呢？ > 是 5.如果是单重态，在INCAR里可不可以不设置，选择默认值呢？ > ? 默認值? 那一個參數的默認值? vasp 的參數 MAGMOM 的默認值是 "每顆原子初使 spin moment = 1" 不代表整個系統算完就是單重態 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
2楼2014-03-14 17:23:00
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
刘小伟110: 金币+1 2014-05-02 18:03:14
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:07:11
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
刘小伟110: 金币+1 2014-05-02 18:03:14
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:07:11
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>>就是在Vasp TST Tools上下载的脚本，比如关于过渡态插点的，可不可以直接用啊。。。还有就是如果想用CNEB搜素过渡态的话（现在只有asp自带的NEB），是不是要编译呢，不太会。。。 VTST 上面的 vtstscripts.tar.gz 是用 perl 寫的，跟 shell script 是不太一樣的東西~ 不過這兩者都是不需要編譯的 2. 现在用NEB搜寻过渡态，如果在反应物和产物之间线性插入4个image01 02 03 04，没有找到鞍点的话，继续插点，是在02 03之间的POSCAR之间插点呢，还是在02 03优化后的CONTCAR之间插点呢？ 這....... 這要看你的結果是長什麼樣，看你的系統是長什麼樣 我是覺得那邊能量高~就插那一邊 3. 在这4个点中总有一个能量最高点，是不是要把每一次插点的能量最高点计算虚频呢？那岂不是要计算很多。。。判断是不是过渡态的标准有哪些？ 判斷過渡態我也只知道要算 phonon 這可能要請更專業做過渡態研究的人?碇v講 4.有人说看OUTCAR最后一步坐标下的 tangential force (eV/A) -0.044742 left and right image 0.601145 0.557231 A 如果tangential force为0则为鞍点，这对不对呢？我有一个tangential force不为0，但是再插点，没有找到比这更高测度能量了。。。还有就是left and right image什么意思呢？ 不是很肯定~所以我暫不回答 但幫你找到有人在討論這個 http://muchong.com/html/201006/2147544.html 5. 由于01 04比较接近与固定的两个端点，优化必定会向两端点进行，那岂不是鞍点只会出现在02 03中吗？存不存在插不出过渡态呢？ 期待你的回复，再次感谢。。。。 所以只有四點是不保險的做法 七點或九點~這�?的奇數點會比較能看出趨勢 過渡態的找尋是件很辛苦的事 做 NEB 不見得一定能找到過渡態 我是覺得 potential energy surface (PES) 比較能找到過渡態 但 PES 計算很吃資源~~ |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
17楼2014-04-04 00:46:26
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谢谢您的回复，有几个问题。。。 1.吸附物若是有自旋，吸附表面後 "可能" 自旋還是存在 > 那么也就是说吸附的分子之间存在自旋了？ 2. "一般情況" ISPIN=2，vasp 就會自動幫你找到最佳的自旋態 >就是设置ISPIN=2，MAGMOM不用设置，为默认值，如果要设置的话,slab+absorbate共50个，MAGMOM=50*1对不对呢？还有就是默认值MAGMOM= NIONS*1.0 forISPIN= 2,NIONS是不是就是原子总数呢？ 3. ? 默認值? 那一個參數的默認值?vasp 的參數 MAGMOM 的默認值是 "每顆原子初使 spin moment = 1" 不代表整個系統算完就是單重態 >单重态的话，默认值是不是NUPDOWN呢，如果我设置ISPIN=2，NUPDOWN=1的话是不是单重态呢？=3的话是不是就是三重态呢？ 求指教。。。 |
3楼2014-03-14 20:19:56
5楼2014-03-15 10:23:44
送红花一朵|
首先谢谢您的回复，没法给您金币了，送个花吧。。。 我看了vasp手册，还有几个问题，想确认一下，希望您能让我明了，再次谢谢您。。。 1. 对于没有未成对电子，是不是就不用设置NUPDOWN了呢？设置ISPIN=2,NUPDOWN=2是不是就能计算三重态了呢？如果不设置NUPDOWN，是不是vasp默认计算的都是单重态呢？ 2. 如果我加入自旋，设置ISPIN=2(MAG默认)，和我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM=47*0 3*1，是不是结果是一样的呢？如果底物没有磁性的话 3. 50个原子，选择MAG默认后，OUTCAR中磁矩在不断减小，一直到0.0015，是不是说明与设置的MAGMOM不符，一直在找最符合呢？如果最小是0.0015，是不是要把INCAR 里的MAGMOM改为0.0015呢 4.在搜寻过渡态的时候用不用考虑单重态还是三重态呢？ 5.未加自旋优化的结构，然后添加自旋；和直接加入自旋优化的结构，你感觉会有什么差别呢？出于收敛速率 期待您的回复。。。 |
6楼2014-03-16 17:38:13
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:10
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:10
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1. "对于没有未成对电子，是不是就不用设置NUPDOWN了呢？" > 沒有未成對電子 -> 沒有磁性 -> NUPDOWN=0 你要設定 NUPDOW=0 也可以，不設也可以，結果一樣 "设置ISPIN=2,NUPDOWN=2是不是就能计算三重态了呢？" NUPDOWN = 0 -> S=0, 2S+1 = 1 = SINGLET NUPDOWN = 1 -> S=1/2, 2S+1 = 2 = DOUBLET NUPDOWN = 2 -> S=1, 2S+1 = 3 = TRIPLET 如果不设置NUPDOWN，是不是vasp默认计算的都是单重态呢？ > 沒有這種說法 沒有設定 NUPDOWN， vasp 就會自己去算 所有原子初始 moment=1 可能算出三重態，也可能算出單重態，這是根據你系統結構而得出的結果 2. 如果我加入自旋，设置ISPIN=2(MAG默认)，和我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM=47*0 3*1，是不是结果是一样的呢？如果底物没有磁性的话 > 底物? 底物是什麼? substrate? 你說"我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM" ~ 這裡你指的底物是 47 個原子嬤? 這 47 個原子是有包括 3 個吸附物? 還是沒包括? 你又提到 "如果底物没有磁性的话"~ 那~~吸附物呢? 吸附物是什麼東西? 有無磁性? 3. 50个原子，选择MAG默认后，OUTCAR中磁矩在不断减小，一直到0.0015，是不是说明与设置的MAGMOM不符，一直在找最符合呢？如果最小是0.0015，是不是要把INCAR 里的MAGMOM改为0.0015呢 > 是 如果你算完之後結果跟你說~最小是 0.0015 那......你就算完了不是嬤? 後面你問是否要將 INCAR 內 MAGMOM 改為 0.0015 是為什麼?? 都..... 算完了..... 4.在搜寻过渡态的时候用不用考虑单重态还是三重态呢？ > 為什麼會有這種想法?? 5.未加自旋优化的结构，然后添加自旋；和直接加入自旋优化的结构，你感觉会有什么差别呢？出于收敛速率 > 手冊上是說，"未加自旋优化的结构，然后添加自旋" 這樣的作法可以較快且較準確找到自旋態 我沒有�?際比較過兩種方式計算的時間差.. |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
10楼2014-03-17 03:37:30
送红花一朵|
谢谢前辈的解释，很受启发。。。容我再无耻的请教您几个问题吧 1. 如果我加入自旋，设置ISPIN=2(MAG默认)，和我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM=47*0 3*1，是不是结果是一样的呢？如果底物没有磁性的话 > 底物? 底物是什麼? substrate? 你說"我把底物(47个原子，吸附物3个)的MAGMOM" ~ 這裡你指的底物是 47 個原子嬤? 這 47 個原子是有包括 3 個吸附物? 還是沒包括? 你又提到 "如果底物没有磁性的话"~ 那~~吸附物呢? 吸附物是什麼東西? 有無磁性? >>我这里说47个原子是底物，而3个原子是吸附物，假设底物没有磁性而吸附物有磁性，这样设置MAGMOM没啥问题吧？ 2. 在搜寻过渡态的时候用不用考虑单重态还是三重态呢？ > 為什麼會有這種想法?? >>如果反应物是单重态稳定，而中间体是三重态稳定的时候，在两者之间找过渡态，那岂不是也要设置NUP吧，该怎么做呢？ 3. 对于MgO，V2O5,Al2O3这些金属氧化物，设置不同的ISMEAR有什么影响呢，对于结构和能量？金属氧化物是不是设置ISMEAR = 0; SIGMA = 0.05比较好呢。。。 期待您的解答，万分感谢。。。 |
12楼2014-03-18 22:22:29
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:27
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:27
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>>我这里说47个原子是底物，而3个原子是吸附物，假设底物没有磁性而吸附物有磁性，这样设置MAGMOM没啥问题吧？ 沒問題 但有設定 MAGMOM 跟沒有設定 MAGMOM，結果會不會一樣呢? 很難說，要看系統是什麼 >>如果反应物是单重态稳定，而中间体是三重态稳定的时候，在两者之间找过渡态，那岂不是也要设置NUP吧，该怎么做呢？ 嗯~是地 找尋過渡態本身就是一件不容易的事情 若是要再考慮自旋的狀態~那事情更是複雜 如果你能預估過渡態的spin，那當然爾是要設定 NUPDOWN 3. 对于MgO，V2O5,Al2O3这些金属氧化物，设置不同的ISMEAR有什么影响呢，对于结构和能量？金属氧化物是不是设置ISMEAR = 0; SIGMA = 0.05比较好呢。。。 ISMEAR 的設定 我的感覺是~主要對 "計算收斂" 與 "電子結構" 影響比較明顯 最終得到的總能與結構其�?都非常非常接近 這個參數用途是用?頉Q定 wavefunction 的 partial occupation 對於金屬，因為沒有 gap 存在，所以 "建議" 用 ISMEAR=1 非金屬因為有 gap，"建議" 用 ISMEAR=0 or -5 ?目偰芘c結構的觀點?砜磣其�?算出?淼哪芰慷际且粯拥� |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
13楼2014-03-18 23:35:26
送红花一朵|
对于前辈的指点，是very very感谢。。。还是有个问题，还想问您。。。不好意思。。。 1. 对于LREAL的设置，FALSE是在倒空间进行计算，；Auto 应该是在实空间进行吧（也有说是自动选择空间，不太清楚），但是如果用FALSE进行，vasp会提示用Auto比较好，但是好多文献都用平面波基组，而非积分球法啊？这有什么区别呢。。。 2. 我在做vasp计算时总出现 WARNING: If single coordinates had been selected the selection of coordinates is made according to the corresponding d i r e c t coordinates! Don't support selection of single cartesian coordinates -- sorry ...，他的意思是不是我用的笛卡尔坐标输入POSCAR，输出的话不会是笛卡尔，只会是分数坐标呢。。。 3. 使用vasp tools的脚本文件，是不是可以不进行编译，直接复制到vasp的根目录下进行呢？ 期待您的解答，谢谢。。。 |
14楼2014-03-23 10:17:52
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:39
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 应助指数+1, 谢谢回帖交流。。。 2014-03-24 17:35:39
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1. 对于LREAL的设置，FALSE是在倒空间进行计算，；Auto 应该是在实空间进行吧（也有说是自动选择空间，不太清楚），但是如果用FALSE进行，vasp会提示用Auto比较好，但是好多文献都用平面波基组，而非积分球法啊？这有什么区别呢。。。 > 簡單的說，LREAL=Auto 就是指 "用 LREAL=.F. 還是 LREAL=.T. ~ 請 VASP 幫忙判斷一下" vasp 就是平面波基底的計算軟體，跟�?空間倒空間~是兩碼子的事 2. 我在做vasp计算时总出现 WARNING: If single coordinates had been selected the selection of coordinates is made according to the corresponding d i r e c t coordinates! Don't support selection of single cartesian coordinates -- sorry ...，他的意思是不是我用的笛卡尔坐标输入POSCAR，输出的话不会是笛卡尔，只会是分数坐标呢。。。 > 我?臎]看過這�?~但我查了一下 主要是你用 IBRION=1 才會出現這�?息 建議你用 IBRION=2 (CG algorithm) IBRION 詳細內容可以看 http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/guide/node110.html 3. 使用vasp tools的脚本文件，是不是可以不进行编译，直接复制到vasp的根目录下进行呢？ > ? 看不懂? 腳本~也就是 shell script 對吧 shell script 是不用編輯 只需 chmod 即可 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
15楼2014-03-24 02:26:24
送红花一朵|
jpchou前辈好，好久不见，最近打篮球脑震荡了，就没思考问题。。。哈哈。。又来给你找麻烦了。。。 前面的问题都得到了解决，还想问您几个问题。。 1. 使用vasp tools的脚本文件，是不是可以不进行编译，直接复制到vasp的根目录下进行呢？ > ? 看不懂? 腳本~也就是 shell script 對吧 shell script 是不用編輯 只需 chmod 即可 >>就是在Vasp TST Tools上下载的脚本，比如关于过渡态插点的，可不可以直接用啊。。。还有就是如果想用CNEB搜素过渡态的话（现在只有asp自带的NEB），是不是要编译呢，不太会。。。 2. 现在用NEB搜寻过渡态，如果在反应物和产物之间线性插入4个image01 02 03 04，没有找到鞍点的话，继续插点，是在02 03之间的POSCAR之间插点呢，还是在02 03优化后的CONTCAR之间插点呢？ 3. 在这4个点中总有一个能量最高点，是不是要把每一次插点的能量最高点计算虚频呢？那岂不是要计算很多。。。判断是不是过渡态的标准有哪些？ 4.有人说看OUTCAR最后一步坐标下的 tangential force (eV/A) -0.044742 left and right image 0.601145 0.557231 A 如果tangential force为0则为鞍点，这对不对呢？我有一个tangential force不为0，但是再插点，没有找到比这更高测度能量了。。。还有就是left and right image什么意思呢？ 5. 由于01 04比较接近与固定的两个端点，优化必定会向两端点进行，那岂不是鞍点只会出现在02 03中吗？存不存在插不出过渡态呢？ 期待你的回复，再次感谢。。。。 |
16楼2014-04-03 22:23:42
送红花一朵|
jpchou前辈，好久不见,你还好吧？最近忙的很，也不知在忙什么，难道我为去虫友互识蓄势。。。。唉，瞎忙。。。每次找你都得添点麻烦，过意不去  。。。我想问您几个问题，麻烦您给解释一下，谢谢了。。。1. 先前问过您，我在VTST上面下载的vtstscripts.tar.gz ，我该怎么用呢，就是要怎么安装呢，因为我没安装过vasp，所以也不知道把这个压缩文件放在哪里，主要是想用CINEB，都说NEB算出来的能垒偏小。。。这个问题蛮幼稚的，您就骂我小白吧。。 2. 我在搜寻过渡态，能量最高值进行频率计算，总能找到唯一虚频，得到的有点容易，我在想这个f/i的值有要求吗？是不是要大于某个值才算呢？是不是我弛豫原子数目有点少的原因（只弛豫吸附分子） 3. 我在计算中间体的时候，假如为H2O,中间体为HO,H。找到H和OH单一的最稳定吸附位，在各自稳定位计算最稳定的共吸附，但是优化完之后，OH和H又结合为H2O了，这是怎么回事呢，是不是我要改变一下共吸附时OH和H的相对高度呢？ 4. 在什么情况下，需要考虑远程作用范德华力的影响呢，这个范德华力是不是就是周期性条件吸附分子之间的相互作用？ 5. 最近遇到了一个灾难，绝对是一个灾难。。。要计算分子吸附过程的速率常数。吸附过程没有能垒也没有过渡态，怎么用TST理论计算呢，文献中把计算反应的能垒Ea改为ΔG(计算过态度的G与气态分子之间的G之差)，这该怎么理解呢，怎么计算呢 6. 还有就是，前辈，我用小木虫问您，这是否是合理且有礼貌的方式呢。。。比如邮箱什么呢，我尽量不扰您，要不，我不思考，也会显得太幼稚。。。哈哈 期待您的解答，再次感谢。。。  306EVTWPH8R@GUS8`_S8YG2.jpg |
18楼2014-05-02 19:17:13
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:07:55
刘小伟110: 金币+5 2014-05-14 17:20:23
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-05-05 23:07:55
刘小伟110: 金币+5 2014-05-14 17:20:23
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1. 先前问过您，我在VTST上面下载的vtstscripts.tar.gz ，我该怎么用呢，就是要怎么安装呢，因为我没安装过vasp，所以也不知道把这个压缩文件放在哪里，主要是想用CINEB，都说NEB算出来的能垒偏小。。。这个问题蛮幼稚的，您就骂我小白吧。。 > 這是個 LINUX 問題 vtstscripts.tar.gz 裡面，我如果沒記錯，應該是一堆的 perl 檔 你只要把它放在你 PATH 裡即可使用 (比方.... /home/帳號/bin 之�?) 細�?.... 真的講不完.... 這..... 這只能請你多看一些 linux 相關的書 這些都是 linux 最基本的章�?會講到的事 但，?哪汜岚攵翁岬搅� VASP，其�?我很困惑 你是想要用 Henkelman's group 開發的小程式呢 (vtstscripts.tar.gz) ? 還是想要用 Henkelman's group 開發的 CNEB + vasp 呢 ? 這兩件事是完全不一樣的，前者你可以自行解決，後者需要VASP程式原始碼才能解決 2. f/i 這個值..... 就我所知 若這個值很小，可視為計算誤差，所以可以視為 0 但~所謂 "很小" 是要多小呢? 似乎沒有一個準確的定值，這應該是要依系統而定 3. 我在计算中间体的时候，假如为H2O,中间体为HO,H。找到H和OH单一的最稳定吸附位，在各自稳定位计算最稳定的共吸附，但是优化完之后，OH和H又结合为H2O了，这是怎么回事呢，是不是我要改变一下共吸附时OH和H的相对高度呢？ > 施主，您這問題太難回答了 您給的線索太少，很難知道發生什麼事 1) H and OH 吸在什麼東西上面? 表面? 原子團簇 (cluster) ? 2) 系統多大 ? 3) 原本相對高度是多高? 相對位置又是如何? 若單單就你描述的內容?碚f OH和H又結合為 H2O.... 表示..... 在你設計的系統下，它們倆就是想變成 H2O 一般?碚f~就是 H 和 OH 靠很近，就形成 H2O .............. 我這樣的回答其�?跟沒有回答是一樣的.... 但我還真不知要?暮位卮鹌鹧�.... 4. 在什么情况下，需要考虑远程作用范德华力的影响呢，这个范德华力是不是就是周期性条件吸附分子之间的相互作用？ > 在凡德瓦力的作用系統影響很大時，就必須要考慮 (好像是?U話) http://zh.wikipedia.org/wiki/%E8 ... 3%E6%96%AF%E5%8A%9B 好好思考"凡德瓦力"的定義 這跟週不週期性, ?K無直接關係 5. 看不懂~ 你是想問....? 6. 教學相長 我能回答的~我盡力 ^__^ |
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19楼2014-05-04 04:23:53
送红花一朵|
jpchou前辈，谢谢您回复，我仔细想了一下，仍有几个问题想要请教您，望您能给与一定的解答。 1. 其实我想用Henkelman's group开发的小程式，在过渡态计算时，自动插点；用 Henkelman's group开发的 CNEB + vasp去寻找过渡态。后者要自己重新编译vasp吗？ 2. 在进行热力学计算时，转动熵或者转动配分函数中，都要涉及到转动惯量的计算，多原子分子的转动惯量该怎么计算呢，比如H2O的各个方向转动惯量Ix，Iy，Iz，是不是有个表呢 3. 前几天我计算了一个稳定气态分子的吸附，并找了一下频率，按理说，应该没有虚频的，难道不稳定，可是已经达到收敛标准了啊，怎么会有虚频呢，能不能消除呢？我是不是过分执着啦 4. 范德华力校正是不是就是传说中的偶极校正呢，如果一个非极性分子吸附在金属表面上，是分子与面的作用，还是分子周期性的作用呢？但是我原来看过，偶极校正就是最顶层版和最底层板是否对称。我该怎么理解呢 5. 要是算Bader电荷分析的话，我的版本有点低，算不了，能不能自己升级呢，还是要重新自己买vasp高版本呢 期待你的解答，再次膜拜，万分感谢。。。 |
20楼2014-05-14 21:54:09
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-07-17 08:24:28
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fzx2008: 金币+5, 谢谢指导 2014-07-17 08:24:28
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1. 其实我想用Henkelman's group开发的小程式，在过渡态计算时，自动插点；用 Henkelman's group开发的 CNEB + vasp去寻找过渡态。后者要自己重新编译vasp吗？ > 是地~後者是需要重新編VASP 可以自己編，或是由電算中心的人處理(應該可以) 2. 在进行热力学计算时，转动熵或者转动配分函数中，都要涉及到转动惯量的计算，多原子分子的转动惯量该怎么计算呢，比如H2O的各个方向转动惯量Ix，Iy，Iz，是不是有个表呢 不知道耶.................. 3. 前几天我计算了一个稳定气态分子的吸附，并找了一下频率，按理说，应该没有虚频的，难道不稳定，可是已经达到收敛标准了啊，怎么会有虚频呢，能不能消除呢？我是不是过分执着啦 > 要看虛頻的大小 若是很小，則是數值上的問題，可看成零 若不是很小，則可?腛UTCAR內找到虛頻對應的 vibration mode 然後沿 vibration mode 做很小的位移後 再運算一次 應該可以把虛頻消掉 4. 范德华力校正是不是就是传说中的偶极校正呢，如果一个非极性分子吸附在金属表面上，是分子与面的作用，还是分子周期性的作用呢？但是我原来看过，偶极校正就是最顶层版和最底层板是否对称。我该怎么理解呢 > 我想....這兩者是不同的東西 偶极校正這我沒有處理過~有請高手?斫饣� 5. 要是算Bader电荷分析的话，我的版本有点低，算不了，能不能自己升级呢，还是要重新自己买vasp高版本呢 > 這問題跟處理 CNEB+VASP 一樣 如果你有 source code (VASP) 可選擇自行編輯 或是請電算中心人協助 若是沒有......那就......沒有嘍 |
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21楼2014-05-15 20:32:29
22楼2014-07-16 22:10:56
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+3, 谢谢指导 2014-07-17 08:25:02
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fzx2008: 金币+3, 谢谢指导 2014-07-17 08:25:02
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1. 对与一个分子吸附在表面，我算的是分子吸附，而我看的文献上说是自发的解离吸附（就是这个分子放上去，优化完之后，就解离了），请问这是什么原因呢，是哪里出错了呢？ ??? "文献上说是自发的解离吸附（就是这个分子放上去，优化完之后，就解离了），请问这是什么原因呢" 你是要問 ??? 什麼東西是 "什麼原因" 什麼東西出錯? 你是想要講~你計算結果發現沒有自動解離嬤??? ???? 2. 看到文献中，画的吸附结构的图都比较漂亮，而我用的chem3D画的比较丑，请问您能不能给推荐几个画结构图比较好的软件呢？ 我自己都是用 VESTA or XCrysDen 畫面還不差 想要看起?砀鼌柡Φ母杏X 那可以用 VMD or opendx 不過這兩個軟體就沒有這麼好上手 要花很多功夫去學 |
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23楼2014-07-16 23:52:28
24楼2014-07-17 21:19:50
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+4, 谢谢指导 2014-07-30 23:55:26
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fzx2008: 金币+4, 谢谢指导 2014-07-30 23:55:26
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容我?U言幾句 我覺得~很少有 PAPER 會直接用這樣的描述 "分子放上去，优化完之后，就解离了" PAPER 內頂多會說這系統是會 "自動解離吸附" 若是 PAPER 真的用英文寫得很清楚，分子放上去後就會自動解離~ 請把PAPER 編號給我~我想看一下 關於你的計算沒有自動解離的可能性有幾點 1. 你可能放的位置不對 (adsorption site) 解決方法: 換個 site 試試 2. 你的計算可能陷到了 metastable state 解決方法: 把分子內的原子間距稍微拉開，讓它脫離 metastable state 3. 計算參數不夠，可能是 ENCUT or KPOINTS 不足，這也會造成結果不一致 解決方法: 加大 ENCUT or KPOINTS 4. 其他人為可能的失誤，比方 POTCAR 內元素跟本給錯，或結構跟本弄錯，或計算跟本還沒收斂 解決方法: 再再再再次仔細仔細地檢查所有 input files 在 VESTA 中 File -> Export Raster Image 就可以把圖輸出成 jpg, png .... 之�?的檔案 |
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25楼2014-07-17 22:42:05
26楼2015-01-20 16:42:58
27楼2015-01-20 16:45:01
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jpchou前辈，好久好久不见，我又来麻烦您了呢。。。 现在想做关于LDA+U的计算，有几个问题想要请教您一下，还望您能指导！！ 1.>所说的+U贯穿整个计算，是不是晶胞优化的时候，就开始+U计算了呢，+U与不+U的区别是不是只改变计算的总能，不改变结构呢？有的文献中给出的U值是一个范围，如果用U值最大的点，是不是影响计算速度呢？ 2.>ADVICE TO THIS USER RUNNING 'VASP/VAMP' (HEAR YOUR MASTER'S VOICE ...): You have switched METAGGA and/or ASPHERICAL radial calculations on but ions are moved based on forces. METAGGA and ASPH change only the exchange and correlation energy. You might reconsider your choices. Current values: LASPH= T, and LMETAGGA= F 这是什么情况呢，不过计算还能进行，是不是不重要呢？GGA+U不是和LDA+U一样吗 3.>ALGO = F LDAU= .TRUE. LDAUTYPE = 2 LASPH = .TRUE. LMAXMIX = 6 LDAUPRINT = 0 LDAUL = -1 3 LDAUU = 0.0 5.9 LDAUJ = 0.0 0.9 这样设置U=5的计算合理吗，是不是U和J随便设计呢，只要保持=5. 期待你的解答，再次膜拜，万分感谢。。。 |
28楼2015-05-26 22:53:28
29楼2015-05-27 04:06:46
30楼2016-01-04 21:34:10
31楼2016-12-12 15:42:14
32楼2018-08-05 09:55:46
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2014-03-16 18:03
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2014-03-16 18:09
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goldxmc9楼
2014-03-16 18:18
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sjmr122111楼
2014-03-17 06:48
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