应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子模拟中刚柔性和亲水性怎么表示
161/2返回列表12下一页
查看: 2156  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 分子模拟中刚柔性和亲水性怎么表示 已有2人参与

如题，在聚合物链中，由于主链上是否还带其它基团（如甲基）对宏观性能影响很大，现在只能猜测是这两个因素，
一个是链的刚柔性不一样，另一个是链的亲水性不一样，想通过分子模拟来求证，可是要怎么表征呢？
请大侠指点，金币好说
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-12-25 18:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-12-26 14:27:44
关于在分子模拟里表征高分子链的柔顺性，你可考虑去计算
（1）二面角内旋转位能曲线，这一点fanc232已经提到了，表征链的静态柔顺性的重要参数是旁式与反式的势能位垒，位垒越低，链越柔顺；
（2）计算链的末端距与聚合度的关系，然后构建高斯等效链段模型，由此可以得到Flory特征比或者Kuhn链段长度，这两个值越小，链越柔顺；
（3）计算键取向的相关函数(correlation function of bond orientation), 相关函数衰减的越快，链越柔顺。根据相关函数的衰减你可以可以得到链的持久长度，持久长度越小，链越柔顺。

关于在分子模拟里表征链的水溶性，你可以考虑去计算聚合物和水各自的Hildebrand溶度参数（solubility parameter）(注：其实这些对于常见高分子，你查表也可以查得到），然后得到Flory-Huggin Chi-parameter,  chi值越小，说明聚合物的水溶性与好。

聚合物和蛋白还是不太一样，我个人觉得fanc232提出的方案可能行不通。

另外，就你给的两个分子，看上去柔顺性和水溶性应该都是PAA要比PCA好一点吧，你想通过分子模拟证实这一点么？
赞一下(2人) 回复此楼
好好学习，天天向上。
10楼2014-12-26 14:03:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
补充一点，这个聚合物本身就具有一定的水溶性，我看论坛里都说用接触角仪测接触角，对于水溶性的聚合物也适用吗？
赞一下 回复此楼
2楼2014-12-25 18:25:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ktwyw

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
没看懂你具体的问题。高分子物理里表征链的静态柔顺性的参数是持久长度，水溶性你可以去查聚合物与水的Flory-huggins参数，这些物理量实验上都可以测，分子模拟里面原则上也可以算，这样算回答你的问题么？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
赞一下 回复此楼
好好学习，天天向上。
3楼2014-12-25 18:46:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
打个比方，如下图，左边和右边聚合物的区别在于右边的主链上挂了一个甲基，那么我现在想比较两者的分子刚柔性和亲水性，请问如何通过分子模拟来表征呢？
分子模拟中刚柔性和亲水性怎么表示
1.png
赞一下 回复此楼
4楼2014-12-25 19:00:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ktwyw at 2014-12-25 18:46:12
没看懂你具体的问题。高分子物理里表征链的静态柔顺性的参数是持久长度，水溶性你可以去查聚合物与水的Flory-huggins参数，这些物理量实验上都可以测，分子模拟里面原则上也可以算，这样算回答你的问题么？
...

非常感谢您的回复，请看看我下面的补充
赞一下 回复此楼
5楼2014-12-25 19:01:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
亲水性疏水性，你把没加甲基的体系，和加了甲基的体系，分别放在溶剂里做个比较彻底的能量最小化，找到它在溶剂里最可能的构象，然后分别测一下暴露在溶剂中的亲水性基团和疏水基团的面积，做个比例，二者比较一下大小。
刚柔性，你指的是，加入甲基引进了空间位阻和其它作用力，有没有影响链的构象变化吧。要不你试试在链上选几个重要的可旋转键形成的二面角，看看在分子模拟过程中，二面角的范围有没有变狭窄，如果是，那估计就是刚性增加柔性减弱了。
NOTE！！我没做过那么多分子动力学模拟，这就是我一个想法而已，你再跟其他人多商量商量再确定吧。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
6楼2014-12-26 09:01:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
柔顺性 的话可以看看高分子物理，里面讲到均方末端距、无扰尺寸什么的
赞一下 回复此楼
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
7楼2014-12-26 09:16:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fanc232 at 2014-12-26 09:01:43
亲水性疏水性，你把没加甲基的体系，和加了甲基的体系，分别放在溶剂里做个比较彻底的能量最小化，找到它在溶剂里最可能的构象，然后分别测一下暴露在溶剂中的亲水性基团和疏水基团的面积，做个比例，二者比较一下大 ...

非常感谢您的回复，很有启发，对于亲水性还有些许疑惑：
1. 聚合物在溶剂中做完能量最小化，难道不是所有的原子或基团都暴露在溶液中吗？
2. 基团的面积如何测呢？
再次感谢您
赞一下 回复此楼
8楼2014-12-26 09:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-26 09:39:13
非常感谢您的回复，很有启发，对于亲水性还有些许疑惑：
1. 聚合物在溶剂中做完能量最小化，难道不是所有的原子或基团都暴露在溶液中吗？
2. 基团的面积如何测呢？
再次感谢您...

您好，我是生物背景的，而且经验不多，很抱歉在解答您问题的时候没有跳出我自己的思维圈子。
1.我一直认为长链化合物放在溶剂里，跟溶剂亲和的部位倾向于暴露在外，跟溶剂排斥的部位倾向于互相聚合，被包裹在内。就跟蛋白质折叠似的。所以我不认为所有原子或基团都暴露在溶液中，除非聚合物的链很短。
2.关于基团的亲水面积和疏水面积，我只知道肯定有软件可以自动计算，比如schrodinger、SYBYL、Discovery Studio之类，这些是我自己常用的分子编辑软件。楼主可以翻翻自己常用的分子编辑软件的说明书，找找这个功能应该怎么用。
赞一下 回复此楼
我很喜欢计算机辅助药物设计
9楼2014-12-26 10:46:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Andsharia 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭