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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

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[求助] 分子模拟中刚柔性和亲水性怎么表示已有2人参与

如题，在聚合物链中，由于主链上是否还带其它基团（如甲基）对宏观性能影响很大，现在只能猜测是这两个因素，
一个是链的刚柔性不一样，另一个是链的亲水性不一样，想通过分子模拟来求证，可是要怎么表征呢？
请大侠指点，金币好说

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1楼 2014-12-25 18:17:17

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ktwyw

木虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-12-26 14:27:44

关于在分子模拟里表征高分子链的柔顺性，你可考虑去计算
（1）二面角内旋转位能曲线，这一点fanc232已经提到了，表征链的静态柔顺性的重要参数是旁式与反式的势能位垒，位垒越低，链越柔顺；
（2）计算链的末端距与聚合度的关系，然后构建高斯等效链段模型，由此可以得到Flory特征比或者Kuhn链段长度，这两个值越小，链越柔顺；
（3）计算键取向的相关函数(correlation function of bond orientation), 相关函数衰减的越快，链越柔顺。根据相关函数的衰减你可以可以得到链的持久长度，持久长度越小，链越柔顺。

关于在分子模拟里表征链的水溶性，你可以考虑去计算聚合物和水各自的Hildebrand溶度参数（solubility parameter）(注：其实这些对于常见高分子，你查表也可以查得到），然后得到Flory-Huggin Chi-parameter, chi值越小，说明聚合物的水溶性与好。

聚合物和蛋白还是不太一样，我个人觉得fanc232提出的方案可能行不通。

另外，就你给的两个分子，看上去柔顺性和水溶性应该都是PAA要比PCA好一点吧，你想通过分子模拟证实这一点么？