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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

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[求助] 分子模拟中刚柔性和亲水性怎么表示已有2人参与

如题，在聚合物链中，由于主链上是否还带其它基团（如甲基）对宏观性能影响很大，现在只能猜测是这两个因素，
一个是链的刚柔性不一样，另一个是链的亲水性不一样，想通过分子模拟来求证，可是要怎么表征呢？
请大侠指点，金币好说

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1楼 2014-12-25 18:17:17

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fanc232

新虫 (小有名气)

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引用回帖:

8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-26 09:39:13
非常感谢您的回复，很有启发，对于亲水性还有些许疑惑：
1. 聚合物在溶剂中做完能量最小化，难道不是所有的原子或基团都暴露在溶液中吗？
2. 基团的面积如何测呢？
再次感谢您...

您好，我是生物背景的，而且经验不多，很抱歉在解答您问题的时候没有跳出我自己的思维圈子。
1.我一直认为长链化合物放在溶剂里，跟溶剂亲和的部位倾向于暴露在外，跟溶剂排斥的部位倾向于互相聚合，被包裹在内。就跟蛋白质折叠似的。所以我不认为所有原子或基团都暴露在溶液中，除非聚合物的链很短。
2.关于基团的亲水面积和疏水面积，我只知道肯定有软件可以自动计算，比如schrodinger、SYBYL、Discovery Studio之类，这些是我自己常用的分子编辑软件。楼主可以翻翻自己常用的分子编辑软件的说明书，找找这个功能应该怎么用。