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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 分子模拟中刚柔性和亲水性怎么表示
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by ktwyw at 2014-12-26 14:03:37
关于在分子模拟里表征高分子链的柔顺性，你可考虑去计算
（1）二面角内旋转位能曲线，这一点fanc232已经提到了，表征链的静态柔顺性的重要参数是旁式与反式的势能位垒，位垒越低，链越柔顺；
（2）计算链的末端距 ...

非常感谢您的回答，回答的很详细页很专业，那个图只是方便大家理解，我的分子比这个复杂
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11楼2014-12-26 14:27:34
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by ktwyw at 2014-12-26 14:03:37
关于在分子模拟里表征高分子链的柔顺性，你可考虑去计算
（1）二面角内旋转位能曲线，这一点fanc232已经提到了，表征链的静态柔顺性的重要参数是旁式与反式的势能位垒，位垒越低，链越柔顺；
（2）计算链的末端距 ...

说着说着，觉得不对劲了，亲水性和水溶性好像不太一样吧
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12楼2014-12-26 15:46:10
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ktwyw

木虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-12-26 15:46:10
说着说着，觉得不对劲了，亲水性和水溶性好像不太一样吧...

我是这么想的：
亲水，说明聚合物喜欢和水（溶剂）呆在一起，那么水就是聚合物的良溶剂，Flory-Huggins参数就是用来表征溶剂的质量(good, theta, poor)的。

另外，能私信给我你在的公司么，我学生现在毕业要找工作，让她参考一下。
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好好学习，天天向上。
13楼2014-12-26 17:44:58
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fanc232

新虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by ktwyw at 2014-12-26 14:03:37
关于在分子模拟里表征高分子链的柔顺性，你可考虑去计算
（1）二面角内旋转位能曲线，这一点fanc232已经提到了，表征链的静态柔顺性的重要参数是旁式与反式的势能位垒，位垒越低，链越柔顺；
（2）计算链的末端距 ...

我很想学习您提到的这些知识。您可以告诉我，这些知识从哪个学科类别里可以看到吗？我做过分子动力学模拟，可我总感觉自己背景知识很缺，动力学模拟的书看过几本，可是在论坛里还总是听到陌生的概念。
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我很喜欢计算机辅助药物设计
14楼2014-12-26 19:04:09
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by ktwyw at 2014-12-26 17:44:58
我是这么想的：
亲水，说明聚合物喜欢和水（溶剂）呆在一起，那么水就是聚合物的良溶剂，Flory-Huggins参数就是用来表征溶剂的质量(good, theta, poor)的。

另外，能私信给我你在的公司么，我学生现在毕业要找 ...

nice的王老师，已经给你私信了
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15楼2014-12-26 21:41:39
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by fanc232 at 2014-12-26 09:01:43
亲水性疏水性，你把没加甲基的体系，和加了甲基的体系，分别放在溶剂里做个比较彻底的能量最小化，找到它在溶剂里最可能的构象，然后分别测一下暴露在溶剂中的亲水性基团和疏水基团的面积，做个比例，二者比较一下大 ...

测一下暴露在溶剂中的亲水性基团和疏水基团的面积，请问楼主这个怎么测？是自己编程还是用软件里的功能？能说一下原理么？
我近期用VMD算SASA，只会算整个分子的SASA，我想算亲水部分和疏水部分分别的SASA，不知道如何操作。
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16楼2015-11-17 16:59:48
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