应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 如何把mRNA上的启动子对应到染色体上？
41/1返回列表
查看: 1412  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pappi

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何把mRNA上的启动子对应到染色体上？ 已有1人参与

我刚刚研一，以前没有接触过生物信息学方面的工具。我老师让我把mRNA上找到的启动子在对应染色体上的位置找到。
请问是有什么软件可以做？还是直接就用NCBI上查找就可以了？我也是刚刚用NCBI没多久，用的不熟。
还请大家指点一下，谢谢。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-12-04 16:53:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pappi(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-12-04 19:52:31
pappi: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-12-11 19:34:18
不同基因启动子区域不完全相同，一般认为一个基因的启动子序列位于起始密码子上游约2000bp范围内，而基因mRNA序列起始密码子前面5‘UTR一般也就几十到几百bp，如果你序列不多，可以直接用你的mRNA序列对该物种的基因组序列做blast比对，找到你mRNA起始密码子对应的基因组位置，往前移动2000bp就得到你基因启动子所在区域，如果你mRNA序列很多，可以编程完成这些工作。
赞一下 回复此楼
2楼2014-12-04 18:21:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pappi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-12-04 18:21:34
不同基因启动子区域不完全相同，一般认为一个基因的启动子序列位于起始密码子上游约2000bp范围内，而基因mRNA序列起始密码子前面5‘UTR一般也就几十到几百bp，如果你序列不多，可以直接用你的mRNA序列对该物种的基因 ...

谢谢你的指点。我有一点问错了，我导师是让我把起始密码子对应到染色体上。我用的是clustalX把cDNA和DNA作比对，第一个出现的ATG就是起始密码子，然后我把DNA的位置告诉了导师，导师说不对，是要染色体的位置，我是不是再把DNA所在染色体的位置告诉他就行了？
赞一下 回复此楼
3楼2014-12-05 16:12:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pappi at 2014-12-05 16:12:14
谢谢你的指点。我有一点问错了，我导师是让我把起始密码子对应到染色体上。我用的是clustalX把cDNA和DNA作比对，第一个出现的ATG就是起始密码子，然后我把DNA的位置告诉了导师，导师说不对，是要染色体的位置，我是 ...

对，比对的时候推荐用blast，用你的mRNA序列与基因组数据（里面有染色体位置信息）比对。
赞一下 回复此楼
4楼2014-12-05 16:35:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pappi 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 高分子化学与物理调剂 +4 好好好1233 2026-02-28 8/400 2026-03-01 09:26 by 好好好1233
[考研] 272求调剂 +4 材紫有化 2026-02-28 4/200 2026-03-01 09:20 by L135790
[考研] 0856求调剂285 +5 吕仔龙 2026-02-28 5/250 2026-03-01 09:18 by L135790
[考研] 284求调剂 +5 天下熯 2026-02-28 5/250 2026-03-01 08:49 by ms629
[考研] 298求调剂 +5 axyz3 2026-02-28 5/250 2026-03-01 06:45 by 刘兵
[考研] 272求调剂 +4 田智友 2026-02-28 4/200 2026-03-01 06:43 by 刘兵
[基金申请] 面上模板改不了页边距吧？ +5 ieewxg 2026-02-25 6/300 2026-03-01 00:10 by addressing
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +5 Soliloquy_Q 2026-02-28 8/400 2026-02-28 23:36 by xyx2012xyx
[考研] 化工专硕348，一志愿985求调剂 +4 弗格个 2026-02-28 6/300 2026-02-28 22:00 by wang_dand
[考研] 292求调剂 +3 yhk_819 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:57 by gaoxiaoniuma
[考博] 26申博 +4 想申博！ 2026-02-26 4/200 2026-02-28 21:37 by limorning
[考研] 材料学调剂 +5 提神豆沙包 2026-02-28 5/250 2026-02-28 21:34 by gaoxiaoniuma
[考研] 264求调剂 +3 巴拉巴拉根556 2026-02-28 3/150 2026-02-28 21:31 by gaoxiaoniuma
[考研] 求调剂 +4 repeatt?t 2026-02-28 4/200 2026-02-28 21:16 by gaoxiaoniuma
[考研] 085600材料工程一志愿中科大总分312求调剂 +8 吃宵夜1 2026-02-28 10/500 2026-02-28 20:27 by L135790
[考研] 298求调剂 +8 人间唯你是清欢 2026-02-28 11/550 2026-02-28 20:26 by L135790
[考研] 276求调剂 +3 路lyh123 2026-02-28 4/200 2026-02-28 19:45 by 路lyh123
[考博] 博士自荐 +3 kkluvs 2026-02-28 3/150 2026-02-28 16:59 by StarAura
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
[考研] 265分求调剂不调专业和学校有行学上就 +4 礼堂丁真258 2026-02-28 6/300 2026-02-28 16:18 by 求调剂zz
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭