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pappi

新虫 (初入文坛)

[求助] 如何把mRNA上的启动子对应到染色体上？ 已有1人参与

我刚刚研一，以前没有接触过生物信息学方面的工具。我老师让我把mRNA上找到的启动子在对应染色体上的位置找到。
请问是有什么软件可以做？还是直接就用NCBI上查找就可以了？我也是刚刚用NCBI没多久，用的不熟。
还请大家指点一下，谢谢。
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1楼 2014-12-04 16:53:53
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pappi

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-12-04 18:21:34
不同基因启动子区域不完全相同，一般认为一个基因的启动子序列位于起始密码子上游约2000bp范围内，而基因mRNA序列起始密码子前面5‘UTR一般也就几十到几百bp，如果你序列不多，可以直接用你的mRNA序列对该物种的基因 ...

谢谢你的指点。我有一点问错了，我导师是让我把起始密码子对应到染色体上。我用的是clustalX把cDNA和DNA作比对，第一个出现的ATG就是起始密码子，然后我把DNA的位置告诉了导师，导师说不对，是要染色体的位置，我是不是再把DNA所在染色体的位置告诉他就行了？
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3楼2014-12-05 16:12:14
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
pappi(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-12-04 19:52:31
pappi: 金币+3, ★★★很有帮助 2014-12-11 19:34:18
不同基因启动子区域不完全相同，一般认为一个基因的启动子序列位于起始密码子上游约2000bp范围内，而基因mRNA序列起始密码子前面5‘UTR一般也就几十到几百bp，如果你序列不多，可以直接用你的mRNA序列对该物种的基因组序列做blast比对，找到你mRNA起始密码子对应的基因组位置，往前移动2000bp就得到你基因启动子所在区域，如果你mRNA序列很多，可以编程完成这些工作。
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2楼2014-12-04 18:21:34
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by pappi at 2014-12-05 16:12:14
谢谢你的指点。我有一点问错了，我导师是让我把起始密码子对应到染色体上。我用的是clustalX把cDNA和DNA作比对，第一个出现的ATG就是起始密码子，然后我把DNA的位置告诉了导师，导师说不对，是要染色体的位置，我是 ...

对，比对的时候推荐用blast，用你的mRNA序列与基因组数据（里面有染色体位置信息）比对。
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4楼2014-12-05 16:35:03
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