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CD21andEBV新虫 (初入文坛)
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关于蛋白三维结构预测遇到的问题，求解惑！ 已有1人参与
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首先感谢各位能抽空阅读本贴，如蒙指导一二，幸甚幸甚。我只有5金币，已是倾囊而出，希望各位不要嫌我磕碜，只能以谢意略表诚意了。 进入正题，本人目前在做一个蛋白的三维结构预测，NCBI中收录编码该蛋白的基因的两个转录本（人的），其中一个转录本（A）已有空间结构（实验测得），而另一个转录本（B）因与A相比多一个片段（SCR）,所以我希望通过生物信息学预测B的空间结构进而对其功能进行分析，从而比较出这两个转录本相关蛋白的可能存在的功能差异。 基于空间结构预测的方法原则，我选择用同源建模的方式进行，并分别用swiss-model,predictprotein,Discovery studio 2.5分别进行预测。遗憾的是，三个预测途径无疑例外失败，我初步分析了下失败原因，在于模板的选择上出了问题，DS2.5中能比对到的模板中分值最高的也就是转录本A的序列，而e-value却是0，没理解错的话，数据库对这两个转录本的结构默认是一个。 我的问题是，同源建模的方法预测同一基因编码的不同转录本的蛋白空间结构是否无法实现？是否存在其它的方法预测这种情况的蛋白空间结构（本人条件有限，只有PC一台，网线一条）？是否存在一种软件可以对现有的蛋白空间结构进行编辑，比如可以改变其骨架走向，抑或在蛋白骨架上添加一段新的骨架（嘿嘿······）？对我现在这种鸡肋情况，各位有何建议？ 文字较多，有劳各位耐心解答了。  谢谢谢谢谢谢！！！ |
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