| 查看: 755 | 回复: 3 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
CD21andEBV新虫 (初入文坛)
|
[求助]
关于蛋白三维结构预测遇到的问题，求解惑！已有1人参与
|
|
|
首先感谢各位能抽空阅读本贴，如蒙指导一二，幸甚幸甚。我只有5金币，已是倾囊而出，希望各位不要嫌我磕碜，只能以谢意略表诚意了。 进入正题，本人目前在做一个蛋白的三维结构预测，NCBI中收录编码该蛋白的基因的两个转录本（人的），其中一个转录本（A）已有空间结构（实验测得），而另一个转录本（B）因与A相比多一个片段（SCR）,所以我希望通过生物信息学预测B的空间结构进而对其功能进行分析，从而比较出这两个转录本相关蛋白的可能存在的功能差异。 基于空间结构预测的方法原则，我选择用同源建模的方式进行，并分别用swiss-model,predictprotein,Discovery studio 2.5分别进行预测。遗憾的是，三个预测途径无疑例外失败，我初步分析了下失败原因，在于模板的选择上出了问题，DS2.5中能比对到的模板中分值最高的也就是转录本A的序列，而e-value却是0，没理解错的话，数据库对这两个转录本的结构默认是一个。 我的问题是，同源建模的方法预测同一基因编码的不同转录本的蛋白空间结构是否无法实现？是否存在其它的方法预测这种情况的蛋白空间结构（本人条件有限，只有PC一台，网线一条）？是否存在一种软件可以对现有的蛋白空间结构进行编辑，比如可以改变其骨架走向，抑或在蛋白骨架上添加一段新的骨架（嘿嘿······）？对我现在这种鸡肋情况，各位有何建议？ 文字较多，有劳各位耐心解答了。  谢谢谢谢谢谢！！！ |
回复此楼» 猜你喜欢
筑牢营养安全线：以精准检测，护健康基石
已经有0人回复
-
推荐一些20种氨基酸检测的实际应用案例
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有274人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：实验器材的 “乌龙”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验中的趣事：和实验材料的 “斗智斗勇”
已经有0人回复
-
蛋白质检测：精准分析，解锁生物分子的密码
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之小鼠实验：严谨设计，解析生命机制的重要载体
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- BCA法测蛋白含量遇到一点问题，求解惑
已经有34人回复
- 求助蛋白质三维建模
已经有11人回复
- 求助，是否有哪个蛋白质三维软件可以特定改变某个氨基酸的某个基团
已经有18人回复
- 用SwissModel预测只能得到蛋白质的一大部分的三维结构，why？
已经有14人回复
- 求助蛋白质分子三维尺寸
已经有12人回复
- 关于同源建模预测蛋白三维结构
已经有4人回复
- 蛋白质三维结构预测
已经有10人回复
- 外源蛋白诱导表达量特别少，求大侠解惑
已经有10人回复
- 【求助/交流】除了swiss-model还有别的预测基因蛋白三维结构的工具吗？
已经有8人回复
3楼2014-11-30 22:01:12
CD21andEBV
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 0.8
- 帖子: 10
- 在线: 1.8小时
- 虫号: 3506521
- 注册: 2014-10-29
- 性别: GG
- 专业: 头颈部及颌面肿瘤
2楼2014-11-30 20:10:45
CD21andEBV
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 0.8
- 帖子: 10
- 在线: 1.8小时
- 虫号: 3506521
- 注册: 2014-10-29
- 性别: GG
- 专业: 头颈部及颌面肿瘤
4楼2014-12-01 19:20:52