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转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,是否有哪个蛋白质三维软件可以特定改变某个氨基酸的某个基团

本人想通过软件改变某个特定氨基酸的某个基团,比如说,我想改变某个位点的Lys的氨基,将其变为羟基,有软件可以做到这一点吗?如何做的呀?PDBviewer pymal VMD能做吗?请高手解答。50金币送上.如能指导我顺利做出,有更多金币送上。
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
VMD Chimera 都可以。VMD  的mutate命令就可以修改。具体操作请查阅user guide 或是manual
戒微博
9楼2013-01-22 08:46:05
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普通回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-21 08:16:55
转基因猴子: 金币+20 2013-01-21 13:51:45
还是直接编辑pdb文件,修改原始数据比较合适。不需要用软件来实现这个。
2楼2013-01-20 21:46:18
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-21 08:17:07
转基因猴子: 金币+20 2013-01-21 13:51:38
举个例子。4dxd.pdb 175号残基lys 的原子坐标如下:
ATOM   1133  N   LYS A 175       4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26           N  
ATOM   1134  CA  LYS A 175       5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34           C  
ATOM   1135  C   LYS A 175       6.681  20.530   0.331  1.00 28.17           C  
ATOM   1136  O   LYS A 175       7.509  19.928   1.005  1.00 28.22           O  
ATOM   1137  CB  LYS A 175       5.745  18.901  -1.381  1.00 25.70           C  
ATOM   1138  CG  LYS A 175       4.648  17.890  -1.613  1.00 25.52           C  
ATOM   1139  CD  LYS A 175       4.955  16.904  -2.714  1.00 28.78           C  
ATOM   1140  CE  LYS A 175       3.767  15.995  -2.930  1.00 33.76           C  
ATOM   1141  NZ  LYS A 175       3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97           N

把 1141 的NZ改成如下

ATOM   1141  O   LYS A 175       3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97           O
然后你用一些软件加氢,就将氨基改成了羟基。但是这种改变是否有科学依据?你需要自己判断。
3楼2013-01-20 21:56:34
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-20 21:56:34
举个例子。4dxd.pdb 175号残基lys 的原子坐标如下:
ATOM   1133  N   LYS A 175       4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26           N  
ATOM   1134  CA  LYS A 175       5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34  ...

那如何查看PDB的文件?使用什么软件呢?
我还年轻,我要上路!
4楼2013-01-21 13:51:28
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-01-26 17:18:32
查看pdb文件?写字板就可以啊。
5楼2013-01-21 15:02:42
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转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-21 15:02:42
查看pdb文件?写字板就可以啊。

ATOM   1138  CG  LYS A 175       4.648  17.890  -1.613  1.00 25.52           C 里面的CG是第三个C的意思吗?

ATOM   1141  NZ  LYS A 175       3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97           N里面的NZ就是氨基吗?
我还年轻,我要上路!
6楼2013-01-21 18:01:19
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-26 17:18:43
最好是用mgltools或者pymol查看一下,确认好。我给你的例子就是我用pymol标记出来的。确切的知道这个氨基上N的序列号才这么做的。因为有的时候很难单独从pdb文件里面直接看出来,如果对pdb文件格式不是非常熟悉的话。
7楼2013-01-21 18:10:00
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83739113

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
转基因猴子: 金币+10 2013-01-22 12:02:17
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-26 17:18:54
pdb的主页上有对pdb格式内容的介绍,稍微读下啦
8楼2013-01-21 22:24:32
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zhangroger

新虫 (初入文坛)

mestro也可以啊
10楼2013-01-22 11:59:30
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