24小时热门版块排行榜    

查看: 1992  |  回复: 18
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,是否有哪个蛋白质三维软件可以特定改变某个氨基酸的某个基团

本人想通过软件改变某个特定氨基酸的某个基团,比如说,我想改变某个位点的Lys的氨基,将其变为羟基,有软件可以做到这一点吗?如何做的呀?PDBviewer pymal VMD能做吗?请高手解答。50金币送上.如能指导我顺利做出,有更多金币送上。
回复此楼
我还年轻,我要上路!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-01-26 17:18:32
查看pdb文件?写字板就可以啊。
5楼2013-01-21 15:02:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-21 08:16:55
转基因猴子: 金币+20 2013-01-21 13:51:45
还是直接编辑pdb文件,修改原始数据比较合适。不需要用软件来实现这个。
2楼2013-01-20 21:46:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-21 08:17:07
转基因猴子: 金币+20 2013-01-21 13:51:38
举个例子。4dxd.pdb 175号残基lys 的原子坐标如下:
ATOM   1133  N   LYS A 175       4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26           N  
ATOM   1134  CA  LYS A 175       5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34           C  
ATOM   1135  C   LYS A 175       6.681  20.530   0.331  1.00 28.17           C  
ATOM   1136  O   LYS A 175       7.509  19.928   1.005  1.00 28.22           O  
ATOM   1137  CB  LYS A 175       5.745  18.901  -1.381  1.00 25.70           C  
ATOM   1138  CG  LYS A 175       4.648  17.890  -1.613  1.00 25.52           C  
ATOM   1139  CD  LYS A 175       4.955  16.904  -2.714  1.00 28.78           C  
ATOM   1140  CE  LYS A 175       3.767  15.995  -2.930  1.00 33.76           C  
ATOM   1141  NZ  LYS A 175       3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97           N

把 1141 的NZ改成如下

ATOM   1141  O   LYS A 175       3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97           O
然后你用一些软件加氢,就将氨基改成了羟基。但是这种改变是否有科学依据?你需要自己判断。
3楼2013-01-20 21:56:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-20 21:56:34
举个例子。4dxd.pdb 175号残基lys 的原子坐标如下:
ATOM   1133  N   LYS A 175       4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26           N  
ATOM   1134  CA  LYS A 175       5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34  ...

那如何查看PDB的文件?使用什么软件呢?
我还年轻,我要上路!
4楼2013-01-21 13:51:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[论文投稿] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 0XLacIJUOj8D 2026-08-24 3/150 2026-08-24 21:59 by BZKMTicpDhFj
[基金申请] 人气不行了 +10 fansofjerry 2026-08-21 10/500 2026-08-24 21:03 by zhanghaozhu
[基金申请] 我面上完蛋了 +9 且听虎啸 2026-08-20 10/500 2026-08-24 20:08 by 苦寒来香
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +4 process2012 2026-08-23 5/250 2026-08-23 19:58 by jurkat.1640
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 今天放榜吗? +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +24 yaoyewhu2008 2026-08-20 26/1300 2026-08-22 17:43 by kammury
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
信息提示
请填处理意见