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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 专家会诊 » 求助，是否有哪个蛋白质三维软件可以特定改变某个氨基酸的某个基团
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by zhangroger at 2013-01-22 11:59:30
mestro也可以啊

mestro是什么软件啊？能提供个官网吗？万分感谢呀
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11楼2013-01-22 12:14:47
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-20 21:56:34
举个例子。4dxd.pdb 175号残基lys 的原子坐标如下：
ATOM   1133  N   LYS A 175       4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26           N  
ATOM   1134  CA  LYS A 175       5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34  ...

我使用你的方法尝试了一下，发现赖氨酸最后的氨基并没有消失，只是在边上出现了一个氧原子呀。我是那边出问题了呀
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12楼2013-01-22 14:25:44
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-01-26 17:19:16
不可能啊，你是不是后面的那个N原子标识没有改过来？不行的话，把你的那段贴出来。
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13楼2013-01-22 19:20:45
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lrf1980

新虫 (小有名气)
mestro应该是schrodinger里面的一个小模块，如果我没有记错的话。
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14楼2013-01-22 19:21:50
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
13楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-22 19:20:45
不可能啊，你是不是后面的那个N原子标识没有改过来？不行的话，把你的那段贴出来。

146  N   LYS A  45     -49.512   6.950  20.072  1.00  1.32 N ATOM    147  CA  LYS A  45    -48.876   7.207  21.373  1.00  1.32 C ATOM    148  C   LYS A  45    -48.885   5.911  22.185  1.00  1.32  C ATOM    149  O   LYS A  45    -49.895   5.203  22.229  1.00  1.32 O ATOM    150  CB  LYS A  45    -49.661   8.269  22.148  1.00  1.32 C ATOM    151  CG  LYS A  45    -49.761   9.607  21.414  1.00  1.32 C ATOM    152  CD  LYS A  45   -50.602  10.577  22.238  1.00  1.32  C  ATOM    153  CE  LYS A  45     -50.757  11.927  21.544  1.00  1.32  C ATOM    154  NZ  LYS A  45     -51.532  12.841  22.394  1.00  1.32  N ATOM
我就是将154的氨基改成O，如下
154  O  LYS A  45     -51.532  12.841  22.394  1.00  1.32  O ATOM
你看这个对吗？
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15楼2013-01-23 11:29:56
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-22 19:21:50
mestro应该是schrodinger里面的一个小模块，如果我没有记错的话。

schrodinger是什么软件？恕我小白
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16楼2013-01-23 11:30:14
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-26 17:19:29
引用回帖:
15楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-01-23 11:29:56
146  N   LYS A  45     -49.512   6.950  20.072  1.00  1.32 N ATOM    147  CA  LYS A  45    -48.876   7.207  21.373  1.00  1.32 C ATOM    148  C   LYS A  45    -48.885   5.911  22.185  1.00  1.32  C  ...

你这个怎么这么乱啊？ 我建议你用写字板或者word打开，不要用记事本打开。
原子坐标的排列顺序应该是

atom 154 NZ lys A 45 -51.532 12.841 22.394 1.00 1.32 N
你需要改成
atom 154 O  lys A 45 -51.532 12.841 22.394 1.00 1.32 O
注意对齐。

另外你确定你该的这个氨基是游离的氨基，不是酰胺键上的氨基么？
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17楼2013-01-23 20:57:35
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lrf1980

新虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by 转基因猴子 at 2013-01-23 11:30:14
schrodinger是什么软件？恕我小白...

这个你google一下吧。
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18楼2013-01-23 20:57:52
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转基因猴子

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-23 20:57:35
你这个怎么这么乱啊？ 我建议你用写字板或者word打开，不要用记事本打开。
原子坐标的排列顺序应该是

atom 154 NZ lys A 45 -51.532 12.841 22.394 1.00 1.32 N
你需要改成
atom 154 O  lys A 45 -51.532 12 ...

是赖氨酸ε-位上面的氨基
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19楼2013-01-24 10:59:36
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