24小时热门版块排行榜    

查看: 1976  |  回复: 18
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

[求助] 求助,是否有哪个蛋白质三维软件可以特定改变某个氨基酸的某个基团

本人想通过软件改变某个特定氨基酸的某个基团,比如说,我想改变某个位点的Lys的氨基,将其变为羟基,有软件可以做到这一点吗?如何做的呀?PDBviewer pymal VMD能做吗?请高手解答。50金币送上.如能指导我顺利做出,有更多金币送上。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

我还年轻,我要上路!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-26 17:18:43
最好是用mgltools或者pymol查看一下,确认好。我给你的例子就是我用pymol标记出来的。确切的知道这个氨基上N的序列号才这么做的。因为有的时候很难单独从pdb文件里面直接看出来,如果对pdb文件格式不是非常熟悉的话。
7楼2013-01-21 18:10:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2013-01-21 08:16:55
转基因猴子: 金币+20 2013-01-21 13:51:45
还是直接编辑pdb文件,修改原始数据比较合适。不需要用软件来实现这个。
2楼2013-01-20 21:46:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2013-01-21 08:17:07
转基因猴子: 金币+20 2013-01-21 13:51:38
举个例子。4dxd.pdb 175号残基lys 的原子坐标如下:
ATOM   1133  N   LYS A 175       4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26           N  
ATOM   1134  CA  LYS A 175       5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34           C  
ATOM   1135  C   LYS A 175       6.681  20.530   0.331  1.00 28.17           C  
ATOM   1136  O   LYS A 175       7.509  19.928   1.005  1.00 28.22           O  
ATOM   1137  CB  LYS A 175       5.745  18.901  -1.381  1.00 25.70           C  
ATOM   1138  CG  LYS A 175       4.648  17.890  -1.613  1.00 25.52           C  
ATOM   1139  CD  LYS A 175       4.955  16.904  -2.714  1.00 28.78           C  
ATOM   1140  CE  LYS A 175       3.767  15.995  -2.930  1.00 33.76           C  
ATOM   1141  NZ  LYS A 175       3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97           N

把 1141 的NZ改成如下

ATOM   1141  O   LYS A 175       3.995  15.043  -4.046  1.00 46.97           O
然后你用一些软件加氢,就将氨基改成了羟基。但是这种改变是否有科学依据?你需要自己判断。
3楼2013-01-20 21:56:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

转基因猴子

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-20 21:56:34
举个例子。4dxd.pdb 175号残基lys 的原子坐标如下:
ATOM   1133  N   LYS A 175       4.266  20.656  -0.448  1.00 24.26           N  
ATOM   1134  CA  LYS A 175       5.425  19.788  -0.168  1.00 24.34  ...

那如何查看PDB的文件?使用什么软件呢?
我还年轻,我要上路!
4楼2013-01-21 13:51:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 h4CP7TrQR8Lg 2026-08-22 3/150 2026-08-23 16:30 by lXgU0RvNTDC9
[论文投稿] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 15:33 by KM5EcsNQRBPn
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 4/200 2026-08-23 15:30 by KM5EcsNQRBPn
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +3 process2012 2026-08-23 4/200 2026-08-23 12:54 by huixian257
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +15 羊腰板 2026-08-21 16/800 2026-08-23 10:45 by process2012
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 9/450 2026-08-23 10:44 by IXZuIJ2Q7OVy
[论文投稿] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 4/200 2026-08-23 04:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 7/350 2026-08-23 03:55 by OEbVnUOu01ol
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +3 zjuhero 2026-08-22 4/200 2026-08-22 20:02 by mycsru
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +10 kulium 2026-08-21 13/650 2026-08-21 21:58 by alongwaytogo
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见