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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 功能基因的处理
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qx4117

银虫 (小有名气)

[求助] 功能基因的处理已有1人参与

高通量测序nifH基因序列，不知道用哪个数据库比对来确定分类。好不容易在FunGene中找见了nifH基因的数据库，却没办法下载。希望熟悉这方面的虫虫给予指点。
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1楼2014-11-26 15:24:42
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wjt5856

木虫 (小有名气)
nifh现在貌似有库了吧
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2楼2015-03-05 22:06:56
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ectoine

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wjt5856 at 2015-03-05 22:06:56
nifh现在貌似有库了吧

请教楼主一个问题啊，你用什么引物P出来的nifH基因啊？我p两周了，都没出来，
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3楼2015-03-17 18:27:57
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wjt5856

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ectoine at 2015-03-17 18:27:57
请教楼主一个问题啊，你用什么引物P出来的nifH基因啊？我p两周了，都没出来，...

是不是条件不太好啊，优化下，或者换个酶啥的。我没p过nifH，只是帮别人处理过数据
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4楼2015-03-17 20:58:42
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qx4117

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wjt5856 at 2015-03-05 22:06:56
nifh现在貌似有库了吧

但是不知道怎么下载，做的是高通量的。
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5楼2015-04-20 00:19:30
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qx4117

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by ectoine at 2015-03-17 18:27:57
请教楼主一个问题啊，你用什么引物P出来的nifH基因啊？我p两周了，都没出来，...

不知道你扩增出来了没有。我们是高通量的，不过之前我们用nifH1，nifH2，nifH3，nifH4扩增的。
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6楼2015-04-20 00:24:38
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南北0297

新虫 (初入文坛)
请问楼主你做出来了吗？
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7楼2016-02-15 10:37:02
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qx4117

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 南北0297 at 2016-02-15 10:37:02
请问楼主你做出来了吗？

后面再没做，在测序公司比对的基础上处理的。
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8楼2016-02-17 14:30:56
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sky邹大侠

新虫 (小有名气)
请问楼主，后面是交给测序公司去比对的么？
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just fighting
9楼2017-09-04 09:19:46
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sky邹大侠

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

选择你想分析的基因，点进去，选择，然后begin analysis就能下载了，不过每次只能下载10000条序列。想请教一下楼主，下载完之后如何比对呢？
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just fighting
10楼2017-09-04 09:25:35
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