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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 基因组里找出具有某类功能的全部基因
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jyxd

铁虫 (小有名气)

[求助] 基因组里找出具有某类功能的全部基因已有1人参与

一菌种已知基因组序列也有相应的注释。 请问 如何查找出其中具有某类功能的全部基因？
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1楼2014-06-18 21:21:57
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jyxd

铁虫 (小有名气)
都没有找到相应的相应的方法！谢谢！
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2楼2014-06-18 23:05:27
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-06-19 10:08:11
看看gene ontology 数据库里有没有这个细菌基因的注释，有的话可以从里头找。
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3楼2014-06-19 10:02:05
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jyxd

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2014-06-19 10:02:05
看看gene ontology 数据库里有没有这个细菌基因的注释，有的话可以从里头找。

基因组里面是有GO注释的 但就是不是怎么查出某类功能的全部同源基因
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4楼2014-06-20 22:31:35
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-21 00:55:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by jyxd at 2014-06-20 22:31:35
基因组里面是有GO注释的 但就是不是怎么查出某类功能的全部同源基因...

用你想了解的功能的名称到GO里头search，比如oxidoreductase，search选项是可选的，选Genes and gene products，然后搜索结果再用taxon限定物种。要是你也不清楚你这类基因的功能，那就挑一个已知的基因来搜索，搜出的结果里有详细的描述和相关链接的。
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5楼2014-06-21 00:27:08
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jyxd

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuderong at 2014-06-21 00:27:08
用你想了解的功能的名称到GO里头search，比如oxidoreductase，search选项是可选的，选Genes and gene products，然后搜索结果再用taxon限定物种。要是你也不清楚你这类基因的功能，那就挑一个已知的基因来搜索，搜 ...

谢谢！我去试一下。
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6楼2014-06-23 20:54:29
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