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jyxd

铁虫 (小有名气)

[求助] 基因组里找出具有某类功能的全部基因 已有1人参与

一菌种已知基因组序列也有相应的注释。 请问 如何查找出其中具有某类功能的全部基因?
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jyxd

铁虫 (小有名气)

都没有找到相应的相应的方法!谢谢!
2楼2014-06-18 23:05:27
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-06-19 10:08:11
看看gene ontology 数据库里有没有这个细菌基因的注释,有的话可以从里头找。
3楼2014-06-19 10:02:05
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jyxd

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2014-06-19 10:02:05
看看gene ontology 数据库里有没有这个细菌基因的注释,有的话可以从里头找。

基因组里面是有GO注释的 但就是不是怎么查出某类功能的全部同源基因
4楼2014-06-20 22:31:35
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-21 00:55:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by jyxd at 2014-06-20 22:31:35
基因组里面是有GO注释的 但就是不是怎么查出某类功能的全部同源基因...

用你想了解的功能的名称到GO里头search,比如oxidoreductase,search选项是可选的,选Genes and gene products,然后搜索结果再用taxon限定物种。要是你也不清楚你这类基因的功能,那就挑一个已知的基因来搜索,搜出的结果里有详细的描述和相关链接的。
5楼2014-06-21 00:27:08
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jyxd

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by liuderong at 2014-06-21 00:27:08
用你想了解的功能的名称到GO里头search,比如oxidoreductase,search选项是可选的,选Genes and gene products,然后搜索结果再用taxon限定物种。要是你也不清楚你这类基因的功能,那就挑一个已知的基因来搜索,搜 ...

谢谢!我去试一下。
6楼2014-06-23 20:54:29
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