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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » ms吸附模拟建模问题
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mzlwait

木虫 (正式写手)

[求助] ms吸附模拟建模问题 已有2人参与

把吸附物表面模型建立好之后，被吸附的物质模型怎么加到表面上去，距离表面多少，这个距离是怎样定的，还是估计合适就好，谢谢
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1楼 2014-11-25 13:39:15
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mzlwait(abinitio代发): 金币+3, 鼓励交流 2014-11-29 11:36:12
复制被吸附物质，粘贴进表面即可。被吸附物放置的位置，有不少方法，最常用手动放置即可，位置一般选在盒子中心，文献常描述“随机放在盒子的中央”，被吸附物质与表明的距离问题，最简单的，手动拖动，别太远别太近即可，稍复杂点，选中被吸附物，Build--Close contacts--勾选 Monitor close contacts，然后拖动被吸附物靠近表面，直到出现粉色的虚线为止，停止。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
3楼2014-11-25 14:55:34
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 夏陌86℃ at 2014-11-28 17:19:14
请问，如果通过先建真空层为零的表面，然后用AC模块建含有有机分子的立方盒子，在build layer 两层建在一起。和直接将有机分子复制到表面层在进行动力学模拟有什么差别，刚接触不太懂，求指教。...

个人觉得， 没什么差别。

[ 发自小木虫客户端 ]
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
8楼2014-11-28 18:17:17
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普通回帖

zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
mzlwait(abinitio代发): 金币+1, 鼓励交流 2014-11-29 11:36:24
帮顶一下
MS建模疑难问题详解
http://wenku.baidu.com/view/4dc9b4b581c758f5f61f6779.html
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2楼2014-11-25 14:02:48
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suihg

金虫 (职业作家)
顺便学习了！！！
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4楼2014-11-27 10:05:47
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-11-25 14:55:34
复制被吸附物质，粘贴进表面即可。被吸附物放置的位置，有不少方法，最常用手动放置即可，位置一般选在盒子中心，文献常描述“随机放在盒子的中央”，被吸附物质与表明的距离问题，最简单的，手动拖动，别太远别太近 ...

请问我想做聚合物在CaCO3表面的吸附，CaCO3固体表面怎么建啊？它好像不是晶体呢
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5楼2014-11-27 13:59:30
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xylz6188

铁杆木虫 (著名写手)
一般2.5-4A左右吧，太小会发生化学吸附，太长花费计算时间
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6楼2014-11-27 21:18:00
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夏陌86℃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-11-25 14:55:34
复制被吸附物质，粘贴进表面即可。被吸附物放置的位置，有不少方法，最常用手动放置即可，位置一般选在盒子中心，文献常描述“随机放在盒子的中央”，被吸附物质与表明的距离问题，最简单的，手动拖动，别太远别太近 ...

请问，如果通过先建真空层为零的表面，然后用AC模块建含有有机分子的立方盒子，在build layer 两层建在一起。和直接将有机分子复制到表面层在进行动力学模拟有什么差别，刚接触不太懂，求指教。
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7楼2014-11-28 17:19:14
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mzlwait

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xylz6188 at 2014-11-27 21:18:00
一般2.5-4A左右吧，太小会发生化学吸附，太长花费计算时间

看文献的时候一直有个疑问，吸附能的计算是吸附后的系统能量减去吸附前两者的能量，但是吸附后发现是化学吸附，那这个化学吸附是系统计算的结果还是在计算前知道是化学吸附，然后把距离缩小了呢，同时，吸附能的总能指的是什么呢？ 新手，希望大牛知道下，谢谢
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9楼2014-11-28 18:54:54
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夏陌86℃

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 月只蓝 at 2014-11-28 18:17:17
个人觉得， 没什么差别。
...

我想利用AC模块建个只含一个有机分子的盒子，大概52个原子，选择construction后改变了a、b的值，总是失败，结果文件中显示：
Warning:Energy:The CMM may not work for systems with less than 200 atoms.
Warning:Energy:IF so,the Ewald method is suggested.怎么解决？
求指教，谢谢
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10楼2014-11-28 19:32:58
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