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three姚

银虫 (小有名气)

[求助] DGGE银染,泳道颜色为什么这么深? 已有3人参与

如下图,我这批样品的PCR条带不是特别亮,所以DGGE效果也不好,只能隐约看到一些很浅的条带,但是不知道为什么泳道的颜色特别深,尤其是顶部和底部颜色很深,还有之前一次做的条带很清晰,但是泳道颜色也很深,想请教一下是什么原因?我用的引物是f338-GC/r518,胶的浓度是8%,变性梯度40~65%,染色方法是银染法。具体染色过程是:
1.取下胶板后,放在塑料盘里,用去离子水把胶从玻璃板上洗下来,再多清洗一次(每次清洗1~2min)
2. 加250ml固定液(10%冰醋酸溶液)固定15min
3. 倒掉固定液,去离子水洗两次(每次1~2min)
4. 加250ml印染液(0.2%硝酸银溶液,用之前加200μL甲醛),轻轻摇动,染色15min
5. 倒掉印染液,去离子水洗两次(每次1~2min)
6. 加250ml显色液(1.5% NaOH溶液,用之前加1.25ml甲醛),轻轻摇动,直到条带清晰为止(15~20min)
(所有溶液都没有重复利用,都是从事先配好的溶液里取的)

因为实验比较急,希望大家能提供一些合理的建议和可行的方法,多谢了!

DGGE银染,泳道颜色为什么这么深?
这一次的结果


DGGE银染,泳道颜色为什么这么深?-1
之前一次的结果,条带很清晰,但是泳道颜色还是很深
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思念是一棵没有年轮的树,永不老去
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Rubisco580

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-11-14 14:06:58
看你用的是强碱NaOH,要不试试碳酸钠显色?浓度嘛,我染蛋白是2.5%,不知道你这个应该多大浓度,可以试试。
还有,硝酸银溶液那步要避光摇动,不然背景深。
显色久了背景也会很深。
希望对你有帮助。
2楼2014-11-14 10:57:40
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three姚

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by Rubisco580 at 2014-11-14 10:57:40
看你用的是强碱NaOH,要不试试碳酸钠显色?浓度嘛,我染蛋白是2.5%,不知道你这个应该多大浓度,可以试试。
还有,硝酸银溶液那步要避光摇动,不然背景深。
显色久了背景也会很深。
希望对你有帮助。

谢谢回复,弱碱法我确实没试过,可以试一下。您说显色久了背景会深,但是我这在条带出现之前泳道就显色了,等条带清晰了泳道就变得这么深了,所以可能主要不是时间的问题。。。不过染色那步我都没有避光,这一点您提醒了我,改天要试一下。多谢了!
思念是一棵没有年轮的树,永不老去
3楼2014-11-14 12:14:33
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guo29

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-11-19 09:46:12
我用康为世纪的银染试剂盒效果还可以,但银染麻烦,怎么才能洗多次胶不破能,8%太软了胶。我用SYBR Green I染20分钟也挺清楚果断换 SYBR Green I了。
4楼2014-11-18 19:02:05
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lance-tan

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

1.银染要避光。2.建议第一步固定的时候,固定两次,每次固定完后去离子水洗涤10min(目的去掉尿素)。3.显色时间需要把握好。
新手入门求各位大神指导
5楼2014-11-22 21:04:47
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二月smile

新虫 (初入文坛)

楼主解决了吗?
我现在也遇到这种问题了。不懂啊。
6楼2016-05-01 20:14:37
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