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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 活性位点问题
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六点早茶

木虫 (正式写手)

[求助] 活性位点问题 已有1人参与

我是分子对接软件Autodock的初学者，想问一下各位大神，从文献中看到活性位点后想和小分子做对接时，grid box怎么选择？谢谢
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给我一个太阳去对抗荒凉。
1楼 2014-11-12 20:11:01
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
六点早茶: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-11-16 21:07:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by 六点早茶 at 2014-11-13 10:40:42
谢谢，但是盒子只要包裹住就好吗？盒子应该选择多大呢？...

盒子大小不是问题，你只要包裹了活性位点就可以，当然盒子越大，对接的时间会越长。
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4楼2014-11-14 19:57:43
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autodockytu

捐助贵宾 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
abinitio: 金币+1, 感谢应助 2014-11-13 08:06:05
这个问题已经探讨多次了
1：移动盒子位置到活性位点，包裹住活性位点
2：可以选择几个特定的活性位点残基，然后选中将盒子以这些残基为中心设置
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2楼2014-11-12 21:25:12
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六点早茶

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-11-12 21:25:12
这个问题已经探讨多次了
1：移动盒子位置到活性位点，包裹住活性位点
2：可以选择几个特定的活性位点残基，然后选中将盒子以这些残基为中心设置

谢谢，但是盒子只要包裹住就好吗？盒子应该选择多大呢？
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给我一个太阳去对抗荒凉。
3楼2014-11-13 10:40:42
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