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六点早茶

木虫 (正式写手)

[求助] 活性位点问题 已有1人参与

我是分子对接软件Autodock的初学者,想问一下各位大神,从文献中看到活性位点后想和小分子做对接时,grid box怎么选择?谢谢
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给我一个太阳去对抗荒凉。
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autodockytu

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【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
abinitio: 金币+1, 感谢应助 2014-11-13 08:06:05
这个问题已经探讨多次了
1:移动盒子位置到活性位点,包裹住活性位点
2:可以选择几个特定的活性位点残基,然后选中将盒子以这些残基为中心设置
2楼2014-11-12 21:25:12
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六点早茶

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by autodockytu at 2014-11-12 21:25:12
这个问题已经探讨多次了
1:移动盒子位置到活性位点,包裹住活性位点
2:可以选择几个特定的活性位点残基,然后选中将盒子以这些残基为中心设置

谢谢,但是盒子只要包裹住就好吗?盒子应该选择多大呢?
给我一个太阳去对抗荒凉。
3楼2014-11-13 10:40:42
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autodockytu

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
六点早茶: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-11-16 21:07:17
引用回帖:
3楼: Originally posted by 六点早茶 at 2014-11-13 10:40:42
谢谢,但是盒子只要包裹住就好吗?盒子应该选择多大呢?...

盒子大小不是问题,你只要包裹了活性位点就可以,当然盒子越大,对接的时间会越长。
4楼2014-11-14 19:57:43
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