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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问VMD中氢键如何统计
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问VMD中氢键如何统计 已有8人参与

VMD虽然自带了氢键的分析，但是具体不知道如何操作
一些参数设置尤其是selection部分
另外我是导入的LAMMPS的DUMP文件，不是由VMD建模，不知道这个有没有影响
请教各位，谢谢。

---------
补充，上传了dump文件，导入VMD后的图片如下
【求助】请问VMD中氢键如何统计


这是冰的结构，selection1部分填的name 2 1,按理说应该有的，但是氢键分析里找不到……

【求助】请问VMD中氢键如何统计-1[ Last edited by Luv_XiaoMian on 2014-11-28 at 11:20 ]
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1楼 2014-11-12 09:18:27
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
额整个体系是都是水分子，LAMMPS的时候分别定义了TYPE 1 TYPE2，这个有影响吗？
但是选取的时候不论输1 2 还是 H O， 计算结果都一个都没有
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2楼2014-11-12 09:31:01
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
求指点，谢谢了！
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3楼2014-11-13 22:38:44
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chuntao118

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在水分子中，是根据氢键的键能作为标准进行统计的，可以参考《the art of molecular dynamics》第八章第四节。嘿嘿。至于软件我不知道。
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4楼2014-11-14 16:30:14
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gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主要的是比方说这样?【求助】请问VMD中氢键如何统计-2
setup.png


【求助】请问VMD中氢键如何统计-3
hbond.png
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5楼2014-11-15 14:42:02
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gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
话说为什么图片上传了却不能显示阿?
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6楼2014-11-15 14:49:33
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-11-15 14:42:02
楼主要的是比方说这样?setup.pnghbond.png

setup.png

hbond.png...

对，就是这个。
但是我的导入的lummps的DUMP文件，仅有H,O两种原子，
SELECTION 1应该怎么填呢？
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7楼2014-11-19 22:09:27
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Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-11-15 14:49:33
话说为什么图片上传了却不能显示阿?

显示了。
请问写的name OH2 H是什么意思啊，是根据导入的模型的来定义的吗，还是水中的氢键就是这样写？
我意思是我导入的lammps数据，H原子定义为type1，O原子type2，以12指代，没有H O，应该怎么写呢？
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8楼2014-11-26 10:24:00
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gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by Luv_XiaoMian at 2014-11-26 10:24:00
显示了。
请问写的name OH2 H是什么意思啊，是根据导入的模型的来定义的吗，还是水中的氢键就是这样写？
我意思是我导入的lammps数据，H原子定义为type1，O原子type2，以12指代，没有H O，应该怎么写呢？...

OH2, H 指的分别是pdb(psf)文件中水分子的氧原子和氢原子的名称，

至于lammps 我没有摸过所以不太清楚，您可以把lammps 里关于氧原子和氢原子的的原子名称(name)，原子次序(index)或原子定义(type1,type2…)等等之类的在selection都试试看，祝您顺利。
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9楼2014-11-27 10:20:23
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gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
又或者您要不要把lammps的data传上来? 但我不没有把握就是了，最近时间也比较赶可能暂时没办法给您答复，但或许还有其他热心的虫友愿意帮忙。
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10楼2014-11-27 10:23:46
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