应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问VMD中氢键如何统计
191/2返回列表12下一页
查看: 9353  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问VMD中氢键如何统计 已有8人参与

VMD虽然自带了氢键的分析，但是具体不知道如何操作
一些参数设置尤其是selection部分
另外我是导入的LAMMPS的DUMP文件，不是由VMD建模，不知道这个有没有影响
请教各位，谢谢。

---------
补充，上传了dump文件，导入VMD后的图片如下
【求助】请问VMD中氢键如何统计


这是冰的结构，selection1部分填的name 2 1,按理说应该有的，但是氢键分析里找不到……

【求助】请问VMD中氢键如何统计-1[ Last edited by Luv_XiaoMian on 2014-11-28 at 11:20 ]
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 298K.0.26Bar.dump
    • 2014-11-28 11:17:09, 28.17 M

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

花儿微笑

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-11-12 09:18:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
额整个体系是都是水分子，LAMMPS的时候分别定义了TYPE 1 TYPE2，这个有影响吗？
但是选取的时候不论输1 2 还是 H O， 计算结果都一个都没有
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-12 09:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
求指点，谢谢了！
回复此楼
3楼2014-11-13 22:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在水分子中，是根据氢键的键能作为标准进行统计的，可以参考《the art of molecular dynamics》第八章第四节。嘿嘿。至于软件我不知道。
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-14 16:30:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主要的是比方说这样?【求助】请问VMD中氢键如何统计-2
setup.png


【求助】请问VMD中氢键如何统计-3
hbond.png
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : setup.png
    • 2014-11-15 14:46:48, 34.84 K
  • 附件 2 : hbond.png
    • 2014-11-15 14:48:58, 82.25 K
5楼2014-11-15 14:42:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
话说为什么图片上传了却不能显示阿?
赞一下 回复此楼
6楼2014-11-15 14:49:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-11-15 14:42:02
楼主要的是比方说这样?setup.pnghbond.png

setup.png

hbond.png...

对，就是这个。
但是我的导入的lummps的DUMP文件，仅有H,O两种原子，
SELECTION 1应该怎么填呢？
赞一下 回复此楼
7楼2014-11-19 22:09:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-11-15 14:49:33
话说为什么图片上传了却不能显示阿?

显示了。
请问写的name OH2 H是什么意思啊，是根据导入的模型的来定义的吗，还是水中的氢键就是这样写？
我意思是我导入的lammps数据，H原子定义为type1，O原子type2，以12指代，没有H O，应该怎么写呢？
赞一下 回复此楼
8楼2014-11-26 10:24:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by Luv_XiaoMian at 2014-11-26 10:24:00
显示了。
请问写的name OH2 H是什么意思啊，是根据导入的模型的来定义的吗，还是水中的氢键就是这样写？
我意思是我导入的lammps数据，H原子定义为type1，O原子type2，以12指代，没有H O，应该怎么写呢？...

OH2, H 指的分别是pdb(psf)文件中水分子的氧原子和氢原子的名称，

至于lammps 我没有摸过所以不太清楚，您可以把lammps 里关于氧原子和氢原子的的原子名称(name)，原子次序(index)或原子定义(type1,type2…)等等之类的在selection都试试看，祝您顺利。
赞一下 回复此楼
9楼2014-11-27 10:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
又或者您要不要把lammps的data传上来? 但我不没有把握就是了，最近时间也比较赶可能暂时没办法给您答复，但或许还有其他热心的虫友愿意帮忙。
赞一下 回复此楼
10楼2014-11-27 10:23:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Luv_XiaoMian 的主题更新
191/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 6GojgJvkDudM 2026-08-16 4/200 2026-08-17 11:46 by 4GBAYCdVQoK3
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +7 zju2000 2026-08-16 7/350 2026-08-17 11:31 by Iktsuarpok9
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +10 Ldrop2023 2026-08-13 10/500 2026-08-17 09:59 by 小豌豆_发芽
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +32 医学老男孩 2026-08-13 74/3700 2026-08-16 21:05 by 医学老男孩
[论文投稿] 岩土工程学报什么时候才能终审完呐 25+3 yeager111 2026-08-10 4/200 2026-08-16 20:42 by tfang
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +6 wangze12014 2026-08-14 7/350 2026-08-15 20:12 by gltch
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭