应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】请问VMD中氢键如何统计
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
191/2返回列表12下一页
查看: 9093  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】请问VMD中氢键如何统计 已有8人参与

VMD虽然自带了氢键的分析，但是具体不知道如何操作
一些参数设置尤其是selection部分
另外我是导入的LAMMPS的DUMP文件，不是由VMD建模，不知道这个有没有影响
请教各位，谢谢。

---------
补充，上传了dump文件，导入VMD后的图片如下
【求助】请问VMD中氢键如何统计


这是冰的结构，selection1部分填的name 2 1,按理说应该有的，但是氢键分析里找不到……

【求助】请问VMD中氢键如何统计-1[ Last edited by Luv_XiaoMian on 2014-11-28 at 11:20 ]
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 298K.0.26Bar.dump
    • 2014-11-28 11:17:09, 28.17 M

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子模拟

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

花儿微笑

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-11-12 09:18:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
额整个体系是都是水分子，LAMMPS的时候分别定义了TYPE 1 TYPE2，这个有影响吗？
但是选取的时候不论输1 2 还是 H O， 计算结果都一个都没有
赞一下 回复此楼
2楼2014-11-12 09:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
求指点，谢谢了！
回复此楼
3楼2014-11-13 22:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chuntao118

新虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
在水分子中，是根据氢键的键能作为标准进行统计的，可以参考《the art of molecular dynamics》第八章第四节。嘿嘿。至于软件我不知道。
赞一下 回复此楼
4楼2014-11-14 16:30:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主要的是比方说这样?【求助】请问VMD中氢键如何统计-2
setup.png


【求助】请问VMD中氢键如何统计-3
hbond.png
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : setup.png
    • 2014-11-15 14:46:48, 34.84 K
  • 附件 2 : hbond.png
    • 2014-11-15 14:48:58, 82.25 K
5楼2014-11-15 14:42:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
话说为什么图片上传了却不能显示阿?
赞一下 回复此楼
6楼2014-11-15 14:49:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-11-15 14:42:02
楼主要的是比方说这样?setup.pnghbond.png

setup.png

hbond.png...

对，就是这个。
但是我的导入的lummps的DUMP文件，仅有H,O两种原子，
SELECTION 1应该怎么填呢？
赞一下 回复此楼
7楼2014-11-19 22:09:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Luv_XiaoMian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by gn02530640 at 2014-11-15 14:49:33
话说为什么图片上传了却不能显示阿?

显示了。
请问写的name OH2 H是什么意思啊，是根据导入的模型的来定义的吗，还是水中的氢键就是这样写？
我意思是我导入的lammps数据，H原子定义为type1，O原子type2，以12指代，没有H O，应该怎么写呢？
赞一下 回复此楼
8楼2014-11-26 10:24:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by Luv_XiaoMian at 2014-11-26 10:24:00
显示了。
请问写的name OH2 H是什么意思啊，是根据导入的模型的来定义的吗，还是水中的氢键就是这样写？
我意思是我导入的lammps数据，H原子定义为type1，O原子type2，以12指代，没有H O，应该怎么写呢？...

OH2, H 指的分别是pdb(psf)文件中水分子的氧原子和氢原子的名称，

至于lammps 我没有摸过所以不太清楚，您可以把lammps 里关于氧原子和氢原子的的原子名称(name)，原子次序(index)或原子定义(type1,type2…)等等之类的在selection都试试看，祝您顺利。
赞一下 回复此楼
9楼2014-11-27 10:20:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gn02530640

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
又或者您要不要把lammps的data传上来? 但我不没有把握就是了，最近时间也比较赶可能暂时没办法给您答复，但或许还有其他热心的虫友愿意帮忙。
赞一下 回复此楼
10楼2014-11-27 10:23:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 Luv_XiaoMian 的主题更新
191/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 295求调剂 +14 xndjjj 2026-04-04 15/750 2026-04-06 13:24 by 272061663
[考研] 346分的生物与医药08600求调剂 +6 常雨阳上岸 2026-04-05 7/350 2026-04-06 12:36 by lys0704
[考研] 一志愿南航，数一英一学硕317求调剂！！ +6 Acaciad 2026-04-04 6/300 2026-04-06 12:13 by 考研学校招点人
[考研] 调剂 +9 不逢春 2026-04-05 10/500 2026-04-06 11:58 by 考研学校招点人
[考研] 求调剂 +5 wos666 2026-04-03 5/250 2026-04-06 10:13 by 蓝云思雨
[考研] 生物与医药086000调剂一志愿西北农林320分 +3 美美女士 2026-04-03 3/150 2026-04-05 21:55 by 学员8dgXkO
[考研] 327求调剂 +4 拾光任染 2026-04-05 4/200 2026-04-05 20:16 by 南航~万老师
[考研] 一志愿9材料学硕297已过六级求调剂推荐 +11 adaie 2026-04-04 12/600 2026-04-05 19:04 by 蓝云思雨
[考研] 085500机械专硕初试288求调剂 +3 GZJguo666- 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:06 by jkddd
[考研] 285求调剂 +11 哦呦呼o 2026-04-04 11/550 2026-04-05 08:15 by 544594351
[考研] 085600调剂 +4 1amJJ 2026-04-02 4/200 2026-04-04 21:53 by hemengdong
[考研] 333求调剂 +12 wfh030413@ 2026-04-03 13/650 2026-04-04 21:02 by jj987
[考研] 求调剂 +4 15064154688 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:07 by zrongyan
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +5 崔wj 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:06 by arrow8852
[考研] 建环，能源，土木老师路过看一看！！！ +5 嘿嘿uu 2026-04-01 5/250 2026-04-03 11:47 by znian
[考研] 求调剂 +3 心想事成可 2026-04-03 3/150 2026-04-03 11:22 by wangjy2002
[考研] 调剂 +3 好好读书。 2026-04-01 6/300 2026-04-02 15:49 by liumengping
[考研] 279求调剂 +6 学而思兮知 2026-04-01 6/300 2026-04-02 09:16 by vgtyfty
[考研] 311求调剂 +10 李芷新1 2026-03-31 10/500 2026-04-01 14:38 by chenqifeng666
[考研] 哈尔滨工业大学材料与化工专硕378求调剂 +3 塔比乌斯 2026-03-30 3/150 2026-03-30 22:55 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭