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叶绿体基因组注释的几个问题
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金虫
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虫号: 802137
注册: 2009-07-02
性别: GG
专业: 植物分类学
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叶绿体基因组注释的几个问题
已有2人参与
本人初步接触叶绿体基因组,其中有几个问题想大家请教下:
1. 叶绿体基因组在DOGMA中注释完后之后如何分别提取其中蛋白质编码序列,trn基因序列等,DOGMA网站中点击“Extract Sequence”提取的似乎是该网站自动注释的相关序列,而不是手动注释过的序列。
2. 在DOGMA网站上注释的不含内含子的基因出现两段,这两段有部分重叠
,这个怎么解释啊,是序列拼接有问题吗?
3. 这种一个基因注释有重叠的怎么注释?
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2014-11-01 21:54:05
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铁虫
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虫号: 6279723
注册: 2017-04-10
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MM
专业: 生物信息学
楼主你好,请教一下你在DOGMA上注释好的序列是怎么导出来的?
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4楼
2017-04-10 10:20:01
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棉花糖甜
禁虫
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西门吹雪170: 应助指数-1, 无应助
2014-11-25 13:21:42
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2楼
2014-11-25 01:54:37
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nn219
新虫
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虫号: 2774046
注册: 2013-11-03
【答案】应助回帖
我也才刚接触,师兄说DOGMA注释的基因组必须手动修改,即用squin导入NCBI的格式手动将错误的地方改过来。但是具体怎么做我还不太清楚。
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3楼
2015-01-08 10:10:30
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